درپی رحلت عالم مجاهد، مرحوم‌مغفور آیت‌الله آقای حاج آقا حسن طباطبائی قمی رضوان‌الله تعالی علیه حضرت آیت الله خامنه‌ای رهبر معظم انقلاب اسلامی پیام تسلیتی صادر فرمودند.
متن پیام به این شرح است:
بسم‌الله الرحمن الرحیم
رحلت عالم مجاهد، مرحوم مغفور آیت‌الله آقای حاج آقا حسن طباطبائی قمی رضوان الله تعالی علیه را به حضرات علماء اعلام و حوزه‌ی علمیه‌ی مشهد مقدس و به عموم مردم انقلابی و با ایمان آن شهر شهیدپرور و بخصوص به علاقمندان و ارادت ورزان آن مرحوم وبالاخص به بازماندگان مکرم‌ایشان وبیت رفیع طباطبائی قمی تسلیت عرض می‌کنم.سالیان درازی از عمر با برکت این فقیه مجاهد در راه مبارزه با رژیم طاغوت گذشت و بیانات پرشور ایشان گرمابخش نیروهای مبارز بود.
رنج و محنت زندان و تبعید نتوانست در عزم راسخ آن بزرگوار خلل وارد آورد و تا لحظه‌ی پیروزی انقلاب تلاش ایشان را متوقف سازد.
ازخداوند متعال علو درجات و حشر با اولیاء مکرمین را برای‌ایشان مسالت می‌کنم.
والسلام علیه و رحمه‌الله و برکاته
سید علی خامنه‌ای
21 خرداد