آیت‌الله العظمی مکارم شیرازی، مرجع تقلید شیعیان در قم دیروز از عدم‌پذیرش وزیر علوم در سفر اخیرش به قم خبر داد و گفت: وزیر محترم علوم روز پنجشنبه به قم آمد، بعضی از آقایان مصلحت دیدند با ایشان ملاقات کردند ولی در بعضی از جراید معروف نوشته شده بود که آیت‌الله العظمی مکارم هم با ایشان ملاقات کرده‌اند‌که من آن را جداً تکذیب می‌کنم. او ادامه داد: افرادی واسطه شدند گفتم من آمادگی ملاقات با ایشان را ندارم. گفتند: چرا؟ گفتم: عزل و نصب‌های زیادی توسط ایشان در دانشگاه‌ها صورت گرفته که نه به مصلحت دانشگاه و دانشجویان عزیز ما بوده و نه به مصلحت نظام جمهوری اسلامی.
آیت‌الله العظمی مکارم شیرازی البته بر این نکته هم تأکید می‌کند که «دولت محترم کارهای خوبی انجام می‌دهد که ما از آن تقدیر می‌کنیم و احیاناً بعضی از خطاها صادر می‌شود که بر ما شرعاً لازم است تذکر دهیم» تا نشان دهد که تعامل میان روحانیت و دولت روحانی آنقدرها هم بد نیست و اگر هم مشکلی هست موارد جزئی و موردی و البته قابل حل است. در واقع دولت روحانی تاکنون توانسته نظر روحانیون را تا حد زیادی به‌خودش جلب کند؛ هرچند که روحانی بودن روحانی، در این ارتباط حسنه بی‌تأثیر نیست اما او برای به‌دست آوردن دل روحانیون قم اقدامات عملی‌ای هم انجام داده. ازجمله عدم‌انتخاب وزیر زن در پاسخ به حساسیت‌های روحانیت و مراجع، یا انتخاب استاندار روحانی برای قم و سفرهای دوره‌ای اعضای هیأت دولت به قم و دیدارها و گزارش‌های آنان به مراجع. در هفته‌های اخیر علاوه بر وزیر علوم، محمدجواد ظریف وزیر امور خارجه، اسحاق جهانگیری معاون اول دولت و عباس عراقچی مذاکره‌کننده ارشد کشورمان سفرهایی جداگانه به قم داشتند. حتی خود روحانی که به‌نظر می‌رسد به خوبی از اهمیت و نقش روحانیت در نظام جمهوری اسلامی آگاه است، خیلی زود و پیش از تنفیذ‌ش به قم رفت تا با علما و مراجع این شهر دیدار کند. بعد از او هم بارها وزیر کشور و سخنگو و بسیاری از وزرای دولتش را به این شهر فرستاد تا تعاملش را با روحانیت مستمر کرده باشد.
با این حال دربرخی موارد انتقادهایی از قم خطاب به زیر مجموعه‌های دولت بیان می‌شد.آنها در جاهایی مثل نمایش فیلم «رستاخیز» اعتراض خود را اعلام کردند. آیت‌الله العظمی مکارم شیرازی در آن زمان با ارسال نامه‌ای به رئیس سازمان سینمایی کشور، انتقاد خود را از نمایش فیلم رستاخیز اعلام کرد و گفت: « آیا بنا بر این است که سازمان سینمایی قداست مقدّسات را بشکند و از خطوط قرمز بگذرد.» این نوع انتقادها معطوف به حوزه فرهنگی بود. برخی دیگر از آیات عظام هم به این فیلم و وزارت ارشاد معترض شدند . آنچنان که در مقطعی آیت‌الله العظمی مکارم شیرازی با اشاره به برخی سخنانی که از وزارت ارشاد شنیده می‌شود، گفت: «بعضی از این سخنان نگرانی‌هایی را به‌دنبال داشته؛ نمی‌دانم اگر بحث عفاف و حجاب به‌دست ارشاد سپرده شود کاری صورت می‌گیرد یا تعطیل می‌شود.» وی تصریح کرد: «چرا گفته می‌شود ممیزی در کتاب نباشد یا اینکه روزنامه توهین‌کننده به حضرت علی(ع) تعطیل نشود یا اینکه اصرار به رفع فیلتر فیس‌بوک چه معنایی دارد؟» پیش از این البته رابطه دولت روحانی با روحانیت در حوزه سیاست خارجی هم به‌دست‌اندازهایی افتاده بود که باعث شد سیدعباس عراقچی عازم قم شود و علمای قم را در جزئیات کم و کیف قرارداد ژنو و داد‌و ستدهای ایران و گروه 1+5 قرار دهد.
این نگرانی‌ها و انتقادها به حوزه اقتصادی هم البته تسری پیدا کرد. آنجا که آیت‌الله نوری همدانی درباره مسئله گرانی در جامعه، تصریح کرد: مسئله گرانی و اقتصاد در داخل کشور هنوز وجود دارد و انتظار مردم این است که هر چه سریع‌تر به این موضوع رسیدگی شود، چرا که دشمنان در حال فعالیت و گام نهادن در این موضوع هستند. روابط دولت جدید با روحانیون قابل مقایسه با دولت قبل نیست. دولت اما اهتمام ویژه‌ای به حفظ این رابطه دارد و برای این منظور استاندار قم را با وسواس زیاد و از میان یکی از روحانیون مورد وثوق رهبری و روحانیت و مراجع قم برگزیده است. صالحی منش که اتفاقا تنها استانداری است که روحانی خودش برای معرفی او پیشقدم شده، سابقه تحصیل نزد مراجع و علمای بنامی چون آیات عظام جوادی آملی، وحید خراسانی، مصلحی اراکی، میرزا جواد تبریزی و مرحوم فاضل لنکرانی و مجتبی تهرانی را داشته است. با این حال روحانی برای اطمینان، در روز معرفی یک‌بار دیگر او را به توجه کامل به برقراری ارتباط مناسب با مراجع بزرگوار، علما و فضلا توصیه می‌کند و می‌گوید که «مراجع عظام تقلید تنها مرجع امور فقهی مردم نیستند بلکه مورد رجوع مردم در همه امور هستند و خواست مردم متوجه آنان است، بنابراین بایستی به‌گونه‌ای تدبیر شود که امکان آگاهی از دیدگاه ارزشمند آنان، مسائل و رهنمودهایی که اعلام می‌کنند، فراهم شود.» با وجود این نوع حساسیت‌ها در انتخاب استانداران، البته در برخی استان‌ها، برخی اتفاقات باز صدای مراجع را در آورد. بعد از سخنرانی یکی از چهره های افراطی اصلاح‌طلب در همدان آیت‌الله نوری همدانی واکنش تندی نشان داد و گفت که «همه کسانی که در این ماجرا دخیل بودند باید به‌نحوی گوشمالی داده شوند تا درس عبرتی برای سایرین باشد و دیگر هیچ‌کس در هیچ کجا جرأت تکرار چنین اقدامی را نداشته باشد؛ ما منتظر اقدامات بعدی مسئولان هستیم، فقط محکوم کردن کافی نیست.» این روزها می‌توان گفت اگرچه دولت روحانی تاکنون و تا حد زیادی توانسته اعتماد روحانیت را به‌دست آورد، برای حفظ این اعتماد و تعامل راه دشواری را در پیش دارد.