شاید همین رفتار، هم یکی از دلایل متمایز شدن او از دیگر رهبران جهان می‌شد. امام خمینی(ره) همیشه بهترین درس یک معلم را رفتار او می‌دانستند و به شاگردانشان می‌فرمودند: «اگر می‌خواهید شاگردان خوب تربیت کنید ابتدا باید خود را اصلاح کنید. اصلا اصلاح جهان پیرامون ما نیز باید از اصلاح خود شروع شود». امام داشتن نظم و ترتیب را در رفتارشان نشان می‌دادند و به انجام برنامه‌ریزی روزمره‌شان بسیار اصرار داشتند. وظیفه سنگین رهبری انقلاب، نشستن بر کرسی استادی حوزه علمیه و تربیت شاگردان متعدد، ملاقات با مبارزان انقلابی و جریان‌سازی برای به پیروزی‌نشستن فعالیت‌های انقلابی و انجام وظایف فردی و خانوادگی هیچ‌یک مانعی برای تشویش و بی‌نظمی در زندگی ایشان نشد و تا آخرین لحظات عمر با برکت‌شان پایبندی به این سبک زندگی را ترک نکردند. دانستن این برنامه و کارهایی که ایشان به‌طور مکرر در شبانه‌روز به آن مشغول بودند خالی از لطف نیست و آموختنی‌های زیادی به همراه دارد.
۳ تا ۴ صبح
فعالیت روزانه امام ره از ساعت 3 بامداد و با نماز شب شروع می‌شد.نماز شب ایشان با وجود مشغله زیاد به هیچ وجه ترک نمی‌شد.ایشان هر شب برای مناجات با خدا از خواب بر می‌خاستند. امام در بیماری، در صحت، در زندان، در خلاصی، در تبعید، حتی در روی تخت بیمارستان قلب هم نماز شب می‌خواند. ایشان هنگام بیدار شدن در نیمه شب هیچ وقت مزاحم دیگران نمی‌شدند. همسر امامره نقل کرده‌اند: «تا حالا نشده که من از نماز شب ایشان بیدار شوم، چون مطلقا چراغ روشن نمی کردند. حتی چراغ دستشویی را روشن نمی کردند.» ایشان حتی هنگام وضوی نماز شب، یک ابر زیر شیر آب می‌گذاشتند که صدای چکه و ریزش آب موجب بیدار شدن کسی نشود.
یک ساعت بعد از نماز صبح
همواره در کنار دست امام خمینی کتاب‌هایی برای مطالعه قرار داشت. ایشان بعد از به جا آوردن نماز صبح و انجام تعقیبات و مستحبات، ساعتی را به مطالعه در نخستین دقایق روز اختصاص می‌دادند. ایشان علاوه بر کتاب‌های حوزوی و فقهی به دیگر کتاب‌ها هم نظر ویژه‌ای داشتند. ذکر خاطره‌ای از جلال آل احمد نشانگر این است که ایشان نسبت به دانستن مسائل روز و کتاب‌های مطرح زمان خود بسیار اصرار داشتند. جلال به همراه برادرش یک روز به ملاقات امام می‌روند. وقتی جلال روبه‌روی امام می‌نشیند با کمال تعجب می‌بیند که گوشه‌ای از کتاب غربزدگی که تازه به بازار کتاب عرضه شده و سر و صدایی در جامعه روشنفکری آن زمان به پا کرده بود از زیر لحافی که امام روی آن نشسته بودند بیرون آمده است. جلال با اشاره به کتاب می‌گوید: «آقا شما هم از این اباطیل و پرت و پلا‌ها می‌خوانید»؟ امام نیز در جواب با مهربانی می‌گویند که این کتاب «غربزدگی» قابل استفاده است و من خواندن آن را به دیگران هم توصیه می‌کنم.
رأس ساعت ۷ صبح
امامره همزمان با روشن‌شدن هوا و بالا آمدن آفتاب صبحانه‌شان را صرف می‌کردند. این برنامه‌ای بود که هر روز تکرار می‌شد و در زمان بیماری و خستگی و مشغله‌های بسیار نیز ایشان به مقدار کم و در زمان معین صبحانه ساده‌ای میل می‌کردند.
رأس ساعت ۸ صبح
زمانی که ایشان به تربیت شاگردان در حوزه علمیه مشغول بودند کلاس‌‌هایشان رأس ساعت ۸ صبح آغاز می‌شد. ایشان در زمان معینی مسیر خانه تا حوزه را طی می‌کردند و اجازه نمی‌دادند چیزی مانع به‌موقع رسیدنشان بر سر کلاس‌ها شود. گاهی مردم که ایشان را می‌شناختند جلوی ایشان را می‌گرفتند و سؤالی می‌پرسیدند اما ایشان در این هنگام هم از رفتن باز نمی‌ماندند. می‌رفتند و در مسیر پیاده‌رویشان به سؤال‌ها هم پاسخ می‌دادند. بعد از نقل مکان ایشان از قم و پس از انقلاب اسلامی، ایشان این ساعت از روز را تا ۹ صبح به بررسی درباره مسائل ایران و اخبار روز می‌پرداختند.
از ۹ تا ۱۰ صبح
امام ره از انجام وظایفی که در خانواده و به‌عنوان پدر و همسر داشتند غافل نمی‌شدند. ایشان زمان ویژه‌ای را نیز به انجام کار‌های شخصی خود اختصاص می‌دادند و اینگونه نبود که تمام وقت خود را صرف عبادت و یا کار‌های اجتماعی کنند. پرداختن به کار‌ها و وظایف شخصی برنامه روزانه امام بود و ایشان معمولا از ساعت ۹ تا ۱۰ صبح به این قبیل کار‌ها مشغول بودند. یکی از برنامه‌های امام در این ساعت خواندن زیارت عاشورا مخصوصا در دهه اول محرم بو.
۱۰ تا ۱۲ ظهر
امام خمینی ره در زمان رهبری خود ملاقات‌کننده‌های بی‌شماری از طیف‌های مختلف مسئولان تا خبرنگاران و سفرای خارجی داشتند. همه می‌دانستند که ایشان اینگونه ملاقات‌ها را در ساعت ۱۰ تا ۱۲ ظهر انجام می‌دادند و درخواست ملاقاتشان را منطبق با این ساعت به دفتر امامره عرضه می‌کردند. ایشان معمولا در این ساعت‌ها با جمع خاصی از مسئولین درباره مسائل کشور و جهان‌بینی اسلام و انقلاب به گفت‌وگو می‌نشستند و برای همه گروه‌ها هم پذیرایی و میزان وقت، یکسان بود. ملاقات‌های مردمی امام هم معمولا در همین ساعت انجام می‌شد.
نیم ساعت مانده به ظهر
اهل خانه و کسانی که به‌طور روزانه با امامره ملاقات داشتند از عادت‌های روزمره ایشان باخبر بودند. او همیشه نیم ساعت مانده به ظهر در حیاط خانه پیاده‌روی می‌کرد و این عادت تا آخرین روزهای عمر ایشان و پیش از آنکه در بیمارستان بستری شوند نیز ادامه داشت. عکس‌های مختلف از پیاده‌روی امام در حیاط خانه‌شان در جماران به یادگار باقی مانده است.
از ساعت یک تا ۳ بعد از ظهر
این ساعت از روز مختص برنامه‌هایی مانند اقامه نماز و صرف ناهار بود. امام این وعده غذایی را همراه خانواده میل می‌کردند. پس از انجام این کار‌ها امام یک ساعت را به استراحت اختصاص می‌دادند.
از ساعت ۳ تا ۵ بعد از ظهر
امام همواره نسبت به مسائل ایران حساس بودند. ایشان با جدیت اخبار داخلی و خارجی را دنبال می‌کردند و‌گاه اتفاق می‌افتاد که برای برون‌رفت از یک مسئله حساس، ساعت‌ها به بحث و بررسی با مسئولان و یا جست‌وجو در اخبار می‌پرداختند. ایشان از ساعت ۳ تا ۵ بعد از ظهر به مطالعه و بررسی در مورد جریان‌های سیاسی داخلی و خارجی روز می‌پرداختند.
از ساعت ۵ تا هنگام نماز مغرب
اهمیت به رسانه در زندگی روزمره امام ره به خوبی به چشم می‌آمد. ایشان همواره مقید به شنیدن، دیدن و خواندن اخبار روز ایران و جهان از طریق رسانه‌هایی مانند رادیو و تلویزیون و روزنامه‌ها بودند. بیشتر وقت‌ها از ساعت ۵ صدای رادیوی کوچک امام که از آن اخبار پخش می‌شد به گوش می‌رسید و این برنامه معمولا تا هنگام نماز مغرب ادامه پیدا می‌کرد.
از ساعت ۹ تا ۱۱ شب
امام برنامه غذایی بسیار منظمی داشتند و راس ساعت ۹ شب شام مختصری میل می‌کردند. بعد از آن دوباره به وظایف رهبری خود مشغول می‌شدند. پاسخ به نامه‌های بی‌شمار، بررسی اخبار روز و مطالعه از دیگر برنامه‌هایی بودند که در این ساعت به آن مشغول می‌شدند. امام در ساعت ۱۱ شب این فعالیت‌ها را پایان می‌دادند و با تجدید وضو به خواب می‌رفتند.
ساعت ۱۱ شب تا ۳ صبح
اطرافیان امام ره می‌گویند ایشان همیشه ۱۱ شب می‌خوابیدند و ساعت ۳ نیمه‌‌شب بیدار می‌شدند. حتی‌شبی که بنی‌صدر متواری شد اغلب مسئولان به این فکر می‌کردند که حالا چه باید بکنند، امّا امام در ساعت مشخص آماده خوابیدن شدند، اطرافیان گفتند: چنین شده است، امام فرمودند: آنچه باید بشود، خواهد شد. شما تکلیف خود را انجام دهید بقیه‌اش دست خداست. حالا از اینکه من بخوابم یا نخوابم که کاری نمی‌توانم انجام دهم، جز اینکه کارهایی که باید پس از استراحت انجام دهم دچار نقص و کاستی می‌شود.
اوقات فراغت قدم‌زدن در هوای آزاد
شاید خیلی‌ها فکر می‌کنند سیاستمدار بزرگی که از جوانی پا به عرصه مبارزاتی گذاشته است، به اوقات فراغت توجه چندانی نداشته، اما خاطرات نزدیکان امام خمینی (ره) حقیقت دیگری را بیان می‌کند. شهید محلاتی در کتاب ۱۵ خرداد نقل کرده است: «امام(ره) در جوانی طلبه خشکی نبودند که همیشه روزه بگیرند، ذکر بگویند، نخندند و تفریح نکنند بلکه اوقات فراغت هم داشتند. به‌عنوان مثال شب‌های پنجشنبه دور هم جمع می‌شدند تا کبابی بخورند یا در مدرسه کته‌ای درست کنند». پیاده‌روی و قدم‌زدن امام (ره) مشهور است و از روزهای نوجوانی آن را ترک نمی‌کردند. می‌گویند در دوران جوانی بیشتر روز‌ها همراه دوستانش قدم‌زنان به سوی باغ‌های اطراف قم می‌رفتند و علاوه بر تفریح سالم و نشاط بخش، با یکدیگر مباحثه می‌کردند.
کمک به خانواده همکاری در نگهداری از بچه‌ها
احترام به دیگر اعضای خانواده و نیز کمک به آنها در امور منزل، از رفتارهای انسانی‌ای بود که در زندگی بسیاری از بزرگان ازجمله امام خمینی(ره) به خوبی نمود دارد. فاطمه طباطبایی، عروس حضرت امام(ره) از قول همسر امام(ره) می‌گوید: «خانم می‌گفتند چون بچه‌ها شب تا صبح گریه می‌کردند و ایشان مجبور بودند تا صبح بیدار بمانند، امام(ره) نگهداری از بچه‌ها در شب را تقسیم کرده بودند. به‌عنوان مثال 2 ساعت ایشان بچه را ساکت می‌کردند و خانم می‌خوابیدند و بعد 2 ساعت خودشان می‌خوابیدند و خانم بچه را نگه می‌داشتند. البته روز‌ها که مشغول درس و بحث بودند، فرصتی برای نگهداری بچه‌ها نداشتند».
ورزش یک ساعت و نیم پیاده‌روی
در کتاب «پا به پای آفتاب» به نقل از یکی از نزدیکان بنیانگذار انقلاب نوشته شده: «امام(ره) ورزش را دوست داشت ولی رشته خاصی را ترجیح نمی‌داد. شاید بشود گفت که به کشتی و ورزش باستانی، بیشتر علاقه داشت ولی ژیمناستیک، بیشتر از سایر ورزش‌ها، نظر ایشان را جلب می‌کرد. در پرش طول و ارتفاع، خودش در کودکی تمرین می‌کرد و 2 دست و یک پای او بر اثر همین ورزش، شکسته بود. بیش از 10جای سر و چند جای پیشانی وی نیز شکستگی داشت. امام تا همین اواخر روزی یک ساعت و نیم پیاده‌روی می‌کرد و حرکت‌های ورزشی را به راحتی انجام می‌داد».
آراستگی بهترین عطر‌ها را انتخاب می‌کرد
نزدیکان امام(ره) درباره اهمیت و توجه ایشان به ظاهر و آراستگی حرف‌های بسیاری برای گفتن دارند؛ «امام(ره) همیشه و در هر شرایطی تمایل داشتند صورتی آراسته و سیمایی تمیز و مرتب داشته باشند. در نجف وقتی می‌خواستند به حرم مشرف شوند به کفش‌های خود دستمال می‌کشیدند، جلوی آینه محاسن خود را شانه می‌زدند، سپس عطر استعمال می‌کردند. هنگامی که از کوچه‌ای عبور می‌کردند رایحه عطر امام(ره) در آن مسیر مشام‌ها را نوازش می‌داد.» دختر امام(ره) می‌گوید: «وقتی وارد اتاق آقا می‌شدیم، فضای آن معطر بود، همه نوع عطری مصرف می‌کردند. در نجف وقتی از مسجد یا بارگاه مطهر باز می‌گشتند و به‌دلیل گرمی شدید هوا خیس عرق می‌شدند، لباس خود را تعویض می‌کردند. هنگام مشرف شدن به حرم نیز خود را معطر می‌ساختند». در کتاب «برداشت‌هایی از سیره امام خمینی(ره)» به نقل از یکی دیگر از نزدیکان ایشان نوشته شده است: «امام نمونه کامل ساده‌زیستی، قناعت و صرفه‌جویی در استفاده از امکانات زندگی بودند ولی همیشه فضای محیط زندگی، اتاق کار و محل عبادت و خواب ایشان، از بوی دل‌انگیز عطرهای بسیار خوشبو، آکنده بود. وقتی دوستان امام(ره) از دور و نزدیک، انواع عطرهای داخلی و خارجی را به ایشان اهدا می‌کردند، امام(ره) تنها در این زمینه بود که با ذوق سرشار و زیباپسند خود، بهترین‌ها را انتخاب می‌کرد».