خبرگزاری آلمان از نیویورک گزارش داد، باراک اوباما، رییس جمهور آمریکا قرار است فردا پیش از گشایش رسمی این موزه از آن دیدن کند. پس از بازدید اوباما، این موزه آماده بازدید بستگان قربانیان و جان به در بردگان از این حملات می‌شود و پس از آن 21 مه برای بازدید عموم گشایش می‌یابد.
اما این موزه تحت الشعاع گلایه‌هایی در این باره قرار گرفته که این موزه نه به اسلام احترام گذاشته و نه به یاد قربانیان این حملات تروریستی.
روحانیون مسلمان نگرانی‌هایی را در این باره ابراز داشته‌اند که فیلم مستند این موزه به شیوه‌ای "غیرعادلانه" اسلام و تروریسم را به هم مرتبط دانسته است، در همین حال اعتراض یک گروه دیگر این است که چرا بقایای شناسایی نشده از قربانیان مفقودالاثر ساختمان مرکز تجارت جهانی در محوطه زیرین موزه قرار داده شده است.
خیزش القاعده، مستندی هفت دقیقه‌ای است که در این موزه به نمایش در خواهد آمد. در این مستند از "افراطی‌گری اسلامی" و "جهادگرایی" به عنوان منشا رشد القاعده در سال‌های منتهی به حملات 2001 به نیویورک و واشنگتن یاد شده است.
شورای روابط آمریکایی - اسلامی (CAIR) در بیانیه‌ای اعلام کرد: این اصطلاحات به ویژه به گونه‌ای که در این فیلم به کار رفته، اسلام و تروریسم را با هم مرتبط می‌کند و این خطر را با خود همراه دارد که به طور خاص به کسانی که با اسلام آشنایی ندارند، اطلاعات اشتباه بدهد.
این شورا از "همه آمریکایی‌ها" خواسته تا با رهبران سیاسی خود لابی کنند تا "ترمینولوژی ضداسلامی" پیش از گشایش رسمی این موزه حذف شود.
یک گروه 400 نفری از پژوهشگران تاریخ‌شناسی، دینی و مطالعات موزه از مسئولان این موزه خواسته‌اند تا به گروهی از پژوهشگران مستقل اجازه ارزیابی این فیلم را بدهند.