به گزارش همشهري آنلاين، دكتر رضا فرجي‌دانا 29 بهمن ماه 1392 همراه با پايان يافتن دوره رياست دكتر فرهاد رهبر در دانشگاه تهران، دكتر محمدحسين اميد استاد پرديس كشاورزي و منابع طبيعي دانشگاه تهران كه معاون وزارت علوم، تحقيقات و فناوري نيز است را عنوان سرپرست اين دانشگاه منصوب كرد.
وزير علوم، تحقيقات و فناوري در حالي كه تنها سه ماه و 20 روز از عمر سرپرستي اميد در دانشگاه تهران مي‌گذشت، دوشنبه 19 خرداد ماه 1393، طي حكمي دكتر محمود نيلي احمدآبادي استاد پرديس دانشكده‌هاي فني دانشگاه تهران را جايگزين اميد كرد.
در پي اين حكم فرجي‌دانا، قاسم جعفري نماينده مردم بجنورد و عضو كميسيون آموزش و تحقيقات مجلس شوراي اسلامي در خصوص تغییر زودهنگام سرپرستان دانشگاه تهران به فرجي‌دانا تذكر كتبي داد كه اين تذكر توسط حسین سبحانی‌نیا در جلسه علنی سه‌شنبه 20 خرداد ماه مجلس شوراي اسلامي قرائت شد.
همچنين دكتر غلامعلي حداد عادل نيز با انتقاد از انتخاب مجدد سرپرست برای دانشگاه تهران، به خانه ملت گفت: با این اقدام وزارت علوم، تحقيقات و فناوري؛ روابط مجلس با این وزارتخانه روز به روز تیره‌تر می‌شود.
نماینده مردم تهران، ری، شمیرانات و اسلامشهر در مجلس شورای اسلامی با بیان اینکه بهبود روابط مجلس شوراي اسلامي و وزارت علوم، تحقيقات و فناوري خواسته نمایندگان است، افزود: متأسفانه علی‌رغم میل نمایندگان، انتصاب سرپرست برای دانشگاه تهران از سوی فرجی‌دانا منجر به تیره شدن روابط مجلس و وزارت علوم می‌شود.