كاوش‌هاي باستان‌شناسي آنطور كه خبرگزاري ميراث فرهنگي منتشر كرده است در اين شهر مشخص كرده است كه حتي يك مورد ابزار جنگي يا واقعه‌اي خشونت‌بار در اين شهر مشاهده نشده است. اما مشاهده چند مورد مرگ مشكوك در كاوش‌هاي باستان‌شناسي از حدود ۱۲۰۰ مورد تدفين در اين شهر باستاني، باستان‌شناس‌ها را با اين پرسش مواجه كرد كه دليل اين مرگ‌ها با توجه به آنكه حتي يك مورد خشونت در اين شهر مشاهده نشده است چيست؟
سيد منصور سجادي سرپرست هيأت باستان‌شناسي شهر سوخته درخصوص علت و چرايي مرگ‌هاي مشكوك شهر سوخته به خبرگزاري ميراث فرهنگي گفته است كه پس از كاوش 1200قبر از سال 1354 تا به امروز تنها چند نمونه گور در شهر سوخته وجود دارد كه نوع تدفين آنها مشكوك به‌نظر مي‌رسند.
براساس اين گزارش، قبر شماره1003 يكي از گورهاي مشكوك شهر سوخته است كه پيش از انقلاب توسط باستان‌شناسان ايتاليايي حفاري شد و نمونه ديگري از آن وجود ندارد. اين قبر به‌صورت دايره ساخته شده و اسكلت مردي 45ساله به‌همراه 12جمجمه انساني و جمجمه سگ در اطراف آن وجود دارد. سجادي مي‌گويد: قبر شماره 1003 به‌دليل وجود يك مرد با 12جمجمه انسان تبديل به كشف بسيار مبهمي شده است و اين ترديد را در باستان‌شناس‌ها ايجاد كرد كه آيا در شهر سوخته قرباني انسان رواج داشت؟ جمجمه‌هاي موجود كنار اسكلت مرد دفن شده در قبر شماره 1003متعلق به افرادي در فاصله سني 10 تا 30سال است.
اما اينكه چرا 12جمجمه انسان در اطراف اين مرد به همراه بقاياي اسكلت‌هاي آنها در قبر پراكنده شده است، سؤال اصلي باستان‌شناس‌هاست. قبر شماره 2810شهر سوخته نيز اسكلت‌هاي مردي را در خود دارد كه سر او از بدنش جدا شده و همراه با آلت قتاله زيرپايش گذاشته شده است. اين قبر متعلق به مرد جواني است كه باستان‌شناس‌ها سن او را 25 تا 30سال تخمين زده‌اند و البته با تشريفات آييني عهد باستان در آن منطقه دفن شده است. باستان‌شناس‌ها هنوز نتوانسته‌اند از اين قبر رمزگشايي كنند اما احتمال مي‌دهند كه اين شيوه قتل نوعي اعدام بوده است.