روزنامه شرق نوشت: او برکناری وزیر علوم را یک نقطه منفی برای مجلس نهم توصیف کرد و گفت که فرجی‌دانا قربانی رقابت‌های سیاسی شد. او که خود در فراکسیون رهروان‌ولایت عضویت دارد، درباره عملکرد این فراکسیون در روز استیضاح به «ایسنا» گفت: «فراکسیون رهروان فعال نبود. می‌توانست جلسه‌ای با وزیر بگذارد و روی نمایندگان اثرگذاری کند ولی این کار را نکرد. گویی توافق نانوشته‌ای با فراکسیون دیگر داشتند و به‌گونه‌ای رفتار کردند که برکناری وزیر برایشان مهم نبود. در‌حالی‌که اگر دنبال حق بودند باید با جدیت از وزیر دفاع می‌کردند چون این مساله لااقل برای سرانشان روشن بود که این استیضاح سیاسی و ناشی از جنگ قدرت است.»
مطهری در مورد استیضاح گفت: «اشکالات کار آقای فرجی‌دانا در حد استیضاح و برکناری نبود و ایشان مظلوم واقع و قربانی رقابت‌های سیاسی شد چون اصل حرف محرکان استیضاح که ممکن است در بیرون مجلس هم باشند این است که دانشگاه‌ها باید تحت کنترل ما باشد و فضای امنیتی گذشته بر آنها همچنان باقی بماند و افزایش آزادی بیان در دانشگاه‌ها را مضر به حال نظام می‌دانند، در حالی که اینطور نیست و نگرانی آنها بیجاست. البته محرکان این استیضاح به هدف خود نرسیدند چون آقای نجفی همان راه را با سرعت بیشتری ادامه می‌دهد و سیاسی‌تر از آقای فرجی‌داناست.»
مطهری درباره اینکه چرا از وزیر علوم دفاع نکردید؟ نیز گفت: «در مجلس اینطور نیست که ما هروقت بخواهیم بتوانیم حرف بزنیم. در استیضاح، فقط دونفر از نمایندگان مخالف استیضاح به انتخاب وزیر و به‌طورکلی دولت، می‌توانند صحبت کنند. من از سه‌روز قبل به مسوولان مربوطه دولتی گفته بودم که آماده‌ام از وزیر علوم دفاع کنم و نکات مهمی را آماده کرده‌ام اما آنها دونفر دیگر را معرفی کردند، حتما ملاحظاتی داشته‌اند. اما توجه نداشتند که در مقابل افرادی مثل آقایان زاکانی و نادران که تجربه چند استیضاح را دارند باید افراد باتجربه صحبت کنند.»
تحلیل علی مطهری از برخورد دولت در این استیضاح نیز با تاکید بر ضعف کار دولت است و می‌گوید: «ارتباط قوی و گسترده با نمایندگان نداشت. رییس‌جمهوری هم در جلسه شرکت نکرد و این خطا بود. من پیغام داده بودم که ایشان حتی پنج‌دقیقه حضور پیدا کند و چند جمله سخن بگوید و بعد به سفر استانی برود ولی نیامدند. در انتخاب دو نماینده مخالف استیضاح هم خوب عمل نکردند. خلاصه دولت به‌گونه‌ای رفتار کرد که گویی عزل وزیر برایش چندان مهم نبود، در حالی‌که با اندکی تلاش بیشتر و تغییر رای 10نماینده می‌شد این اتفاق نیفتد. آقای فرجی‌دانا در مجموع خوب از خودش دفاع کرد گرچه در نیم‌ساعت آخر اگر بیشتر به شبهاتی که در ذهن نمایندگان بود، پاسخ می‌داد بهتر بود تا اینکه در بخشی از آن به تشریح نمودارهای حاکی از رشد علمی کشور می‌پرداخت.»
مطهری همچنین درباره رفتار استیضاح‌کنندگان نیز گفته: «استیضاح‌کنندگان در برخی موارد اخلاق اسلامی را رعایت نکردند، مثلا چند جمله‌ای که از آقای توفیقی روی مانیتور مجلس پخش کردند، توضیح ندادند که آن جلسه یک‌روز بعد از حمله به کوی دانشگاه بوده و دانشجویان حاضر که دوستانشان در آن حادثه مصدوم یا بازداشت شده و وسایل اتاقشان تخریب شده بود در حال انفجار برای ریختن به خیابان بودند و وزیر وقت علوم و رییس دانشگاه تهران از آقای توفیقی خواسته بودند که بیاید دانشجویان را کنترل و مدیریت کند و حتی نماینده ولی‌فقیه در دانشگاه‌ها نیز در آن جلسه حضور داشته است. این کارها بداخلاقی سیاسی و استفاده از وسیله نامقدس برای هدف مقدس است که اسلام اجازه نمی‌دهد.»