به گزارش ايرنا، یک منبع آگاه در اين باره اظهار کرد: دكتر توفیقی مشاور شخص فرجی‌دانا بوده و نه مشاور وزیر علوم؛ بنابراين طبیعی است که با رفتن وزیر سابق، مشاور عالي وزير نيز از این وزارتخانه می‌رود.
برخی سایت‌هاي خبري، تلاش توفیقی برای خارج کردن وزارت علوم، تحقيقات و فناوري از حواشی در دوران سرپرستی محمدعلی نجفی را علت خداحافظی وی با این وزارتخانه اعلام می‌کنند.
رضا فرجی‌دانا چهارشنبه 29 مرداد ماه با رأی استیضاح نمایندگان مجلس شوراي اسلامي، از وزارت علوم، تحقيقات و فناوري رفت و توفیقی نيز که 12 آبان ماه 92 به عنوان مشاور وزیر علوم منصوب شده بود، اين وزارتخانه را ترك كرد.
به گزارش همشهري آنلاين، دكتر جعفر توفيقي استاد تمام دانشگاه تربيت مدرس است كه وزير علوم كابينه هشتم و سرپرست وزارت علوم در ماه‌هاي نخست استقرار كابينه يازدهم بود.