اين انتخاب در واقع ترجيح گزينه آمريكا و انگليس به گزينه كشورهاي جهان سوم و غيرمتعهدها در آژانس بين‌المللي انرژي اتمي بود و اين، نه به لحاظ تركيب اكثريتي كشورهاي غربي در آژانس كه به‌دليل نفوذ سياسي و تعيين‌كننده آنها در اين نهاد بود. روايتي كه حسن روحاني رئيس‌جمهور از دوران مسئوليتش در شوراي‌عالي امنيت ملي و جلسه‌اش با محمود احمدي‌نژاد در مردادماه سال 84نقل مي‌كند، ميزان و دلايل اين نفوذ را به‌دست مي‌دهد: «... بعد بحث شد كه آژانس تحت نفوذ غرب است. پرسيدند چرا آژانس تحت نفوذ آنهاست؟
گفتم براي اينكه هم بيشتر بودجه آژانس را آنها مي‌دهند و هم بر اكثر كشورهاي عضو، نفوذ دارند. ايشان (آقاي احمدي‌نژاد) گفتند هزينه‌هاي آژانس در سال چقدر است؟ گفتم نمي‌دانم، مثلا چندصد ميليون دلار. گفتند شما همين حالا به البرادعي زنگ بزنيد و بگوييد ما كل مخارج آژانس را مي‌دهيم. گفتم اولا آژانس نمي‌تواند بپذيرد، چون براي مخارج آژانس و بودجه آن، مقرراتي وجود دارد و ثانيا ما هم چنين حق و اختياري نداريم چون اگر به جايي بخواهيم كمك بلاعوض كنيم، مجلس بايد تصويب كند». (كتاب امنيت ملي و ديپلماسي هسته‌اي - صفحه ۵۹۴)يوكيا آمانو كه از همان روز اول انتخابش متهم بود مواضعش به مواضع آمريكا نزديك است يك جمله گفت تا خود را از اين اتهام تبرئه كند: «تلاش مي‌كنم كه دبيركلي بي‌طرف، مطمئن و متخصص باشم.»
درباره تخصصش جاي قضاوت نيست اما درباره بي‌طرفي و مطمئن‌بودنش همين بس كه تقريبا 2سال بعد از آنكه آمانو اين جمله را گفت نشريه گاردين چاپ انگليس در گزارشي به قلم جوليان بورجر نوشت كه «با كمال تأسف اكنون آژانس، صرفاً به محفظه‌اي صوتي براي پژواك اظهارنظرات شكاكانه غرب عليه برنامه هسته‌اي ايران تبديل شده و هيچ مناظره يا مباحثه جدي براي ارزيابي منصفانه اسناد و مدارك ادعايي عليه ايران در آژانس انجام نمي‌شود.
اين در حالي است كه در دوران مديركلي محمد البرادعي چنين مناظرات پرشوري برگزار مي‌شد و هر سند ارائه شده توسط يكي از اعضاي آژانس، به سادگي به‌عنوان مدركي قطعي و خدشه‌ناپذير پذيرفته نمي‌شد.»
اين نشريه نوشته بود كه گروگوري شولتي، نماينده وقت آمريكا در آژانس بين‌المللي انرژي اتمي، نقطه نظرات آمريكا را (درخصوص برنامه هسته‌اي ايران) به يوكيا آمانو، مديركل اين آژانس گوشزد مي‌كند و يكي از نقاط ضعف آمانو، اتكاي بيش از حدش به اسناد اطلاعاتي راستي‌آزمايي نشده و شكاكانه غربي است.
شهريورماه سال 89تقريبا يك سال بعد از انتخاب يوكيا آمانو به دبيركلي آژانس بين‌المللي انرژي اتمي ايران از ورود 2بازرس آژانس به كشور ممانعت كرد و درخواست انتصاب 2بازرس جديد را داد. علي‌اكبر صالحي، رئيس سازمان انرژي در آن زمان با اعلام اسامي 2تن از بازرسان به آژانس، اعلام كرده بود كه اين دو به‌دليل ارائه اطلاعات غلط وغيرحقيقي و همچنين برملا كردن پيش از موعد رسمي اطلاعات، ديگر حق ورود به ايران را ندارند. منوچهر متكي وزير خارجه وقت ايران با بيان اينكه ممانعت از ورود 2بازرس آژانس به ايران تذكري آيين‌نامه‌اي به آمانو بود، به مديركل آژانس توصيه كرد كه از فضاي آماتوري بيرون بيايد.
اولين گزارش رسمي آمانو درباره ايران در شرايطي منتشر شد كه بحث مبادله سوخت در مذاكرات وين (27تا 29مهرماه سال 88) مطرح شده و به شكست انجاميده بود. اين گزارش كه منتشر شد بسياري از تحليلگران آن را غيرحقوقي‌ترين گزارش آژانس از سال 2003تا آن مقطع خواندند.
اسنادي كه در سال 2010 از ويكي‌ليكس منتشر شد تأكيد مي‌كرد رئيس كنوني سازمان انرژي اتمي، يعني يوكيا آمانو، شديداً مورد حمايت و تأييد آمريكاست. طبق اسنادي كه ويكي ليكس منتشر ساخت، در جلسه‌اي كه با حضور نماينده آمريكا و مديركل آژانس بين‌المللي انرژي اتمي يوكيا آمانو در اواسط سپتامبر 2009برگزار شده بود، آمانو از آمريكا به‌خاطر حمايت از كانديداتوري وي تشكر كرده و بر حمايت خود از اهداف استراتژيك آمريكا در آژانس تأكيد مي‌كند. آمانو در وهله‌هاي مختلف به نماينده آمريكا خاطرنشان مي‌كند كه در اتخاذ هرگونه تصميم مهم استراتژيك، از انتصاب اشخاص رده بالاگرفته تا پرداختن به مسئله برنامه به‌اصطلاح سلاح‌هاي هسته‌اي ايران، قوياً جانب آمريكا را خواهد گرفت. اگر البرادعي از گزارش‌هاي غلط آژانس درباره تسليحات كشتار جمعي عراق كه منجر به حمله آمريكا به اين كشور شد گزيده شده بود آمانو، اين ديپلمات ژاپني كه كشورش قرباني سلاح‌هاي كشتار جمعي آمريكا بود بي‌محابا حرف آمريكا را در آژانس تكرار مي‌كرد.
رويكرد آمانو به برنامه صلح آميز هسته‌اي ايران به‌گونه‌اي بود كه تيرماه سال 89رئيس سازمان انرژي اتمي كشورمان به آمانو هشدار داد مواظب باشد تا مشروعيت خود را با اتخاذ مواضع سياسي از دست ندهد.اين رويكرد آمانو بعد از توافق ژنو كه سوم آذرماه منعقد شد، تغيير كرد. توافقنامه‌اي كه در آن مقطع امضا شد يوكيا آمانو را مجاب كرد لحن خود را نرم‌تر كند و بيشتر از عدم‌انحراف در فعاليت‌هاي هسته‌اي ايران بنويسد. او بعد از اين توافقنامه به ايران آمد و با علي اكبر صالحي رئيس سازمان انرژي اتمي توافقنامه امضا كرد و در 2گزارش فصلي خود و 6گزارش ماهانه‌اش تأكيد كرد ايران به تمامي تعهداتش در قالب توافقنامه ژنو عمل كرده است.
اين رويه در گزارش‌هاي آژانس تا مذاكرات وين 6ادامه داشت؛ مذاكراتي كه نتيجه و خروجي آن تنها تمديد توافقنامه ژنو بود و ايران با گروه 1+5 به سخت‌ترين مرحله تدوين توافقنامه رسيد. مهم‌ترين اختلافات ايران و غرب در همين مذاكرات، خودي نشان داد و طرفين از فاصله‌هاي عميق سخن گفتند. ورق آمانو دوباره برگشت. ابتدا خبرگزاري‌هاي غربي از اختلافات عميق بين ايران و آژانس خبر دادند و سپس آمانو گزارش فصلي خود را با رويكردي كه بازگشت به روزهاي قبل از توافقنامه ژنو محسوب مي‌شد منتشر كرد. او قبل از انتشار اين گزارش براي بار دوم پس از توافقنامه ژنو به ايران آمده بود و صالحي در 2مورد به او اعتراض كرده بود.
صالحي در اين‌باره مي‌گويد: ما در جلسات گذشته تفاهم كرده بوديم با توجه به پاسخي كه به پرسش‌هاي آژانس درباره EBW (چاشني‌هاي انفجاري) داده بوديم، آنان اين موضوع را خاتمه يافته تلقي كنند، اما اين كار را نكردند يعني مي‌خواهند به‌طور نيم بند آن را خاتمه يافته تلقي كنند كه ما اعتراض كرديم. وي گفت: درباره EBW قبلاً بيشتر از 2تا 3سؤال مطرح نبود، اما ناگهان تبديل به 60سؤال شد كه ما اعتراض كرديم.
وي با اعتراض ديگرش به آمانو هم اشاره كرد و گفت كه دو، سه كشور ديگر شامل 2كشور آسيايي و يك كشور آفريقايي هست كه نام نمي‌برم و با استناد به پرونده آنان از آقاي آمانو سؤال كردم چگونه آن كشورها، مشكلاتشان سريع حل شد؟