يك هفته بعد، معصومه آباد و شمسي بهرامي هم كه براي انتقال كودكان بي‌سرپرست آبادان به شيراز رفته بودند در بازگشت به خرمشهر به اسارت درمي‌آيند و چندي بعد خانم آزموده كه براي ديدن خانواده‌اش به شيراز رفته بود، در مسير بازگشت به محل كارش كه زايشگاهي در خرمشهر بود در جاده ماهشهر-آبادان اسير مي‌شود.
فاطمه ناهيدي را به زندان الرشيد مي‌برند. اين زندان كه مخصوص زندانيان امنيتي بود، 5طبقه داشت و همان زنداني بود كه گفته مي‌شد شهيد صدر را در طبقات پايين آن شهيد كرده‌اند. اينطور معروف شده بود كه هر چه به طبقات پايين نزديك مي‌شوي، شكنجه‌ها بيشتر مي‌شد. اين ساختمان ظاهري زيبا داشت و كسي نمي‌دانست در اصل شكنجه‌گاه است.
فاطمه ناهيدي در تشريح اين زندان مي‌گويد: «رنگ ديوار سلول‌هاي طبقه اول كرم روشن و بزرگ‌تر بود. طبقه دوم سلول‌هاي سرخ داشت و در 2 طرف راهرو سلول وجود داشت. سلول‌ها كوچك و فوق العاده تاريك بود. نور زيادي نداشت. روي ديوار هم چيزي نمي‌شد حك كرد. فقط يك‌بار ما را از سلول خودمان بردند توي يك سلول ديگر. آنجا فضايي بود كه چراغ داخلش روشن بود و جلوي چراغ را توري كشيده بودند كه كسي به برق دسترسي پيدا نكند. كركره‌هاي آهني به پنجره‌هاي ۴۰، ۵۰ سانتي بالاي سلول‌ها زده بودند كه نور راه پيدا نكند. فقط گاهي وقتي آفتاب مي‌شد نوري با يك شعاع كم را مي‌ديديم...»
روزهاي اول اسارت پر بود از بازجويي. ناهيدي از صبح تا شب بازجويي مي‌شد و به اين خاطر كه در خط مقدم اسير شده بود، بازجويي‌هايش از حساسيت ويژه‌اي برخوردار بود. خصوصا اينكه كارت شناسايي همراه نداشت و هر كس در مناطق جنگي اينطور بي‌هويت بود، جاسوس محسوب مي‌شد و حكمش را اعدام مي‌زدند. اين اتفاق براي فاطمه ناهيدي هم افتاد و ابتدا مقرر شد او را هم اعدام كنند كه يك پزشك، با گفتن اينكه اين بانو را در آمبولانس ديده، حكم او را تغيير مي‌دهد.
در زندان الرشيد، به همراه دوستانش شكنجه مي‌شود: «شكنجه‌هايشان اينطور بود كه هوا را سرد يا داغ مي‌كردند يا هوا را قطع مي‌كردند تا اكسيژن نرسد. يا آب را قطع مي‌كردند اما اينها باعث نمي‌شد كه از خواسته‌هايمان دست بكشيم. در آن زمان تنها خواسته‌مان نوشتن نامه به خانواده‌هايمان بود.»
هيچ‌كس از سرنوشت فاطمه خبر ندارد. خانواده فكر مي‌كنند كه او به شهادت رسيده چرا كه آمبولانسي كه در آن آخرين بار ديده شده بود را سوخته پيدا كرده بودند. اين 4 اسير زن بالاخره توانستند از طريق بچه‌هايي كه از زندان منتقل مي‌شدند موجوديت‌شان را اعلام كنند و بالاخره صليب‌سرخ متوجه شده بود كه 4دختر مفقودالاثر ايراني در زندان‌هاي عراق هستند.
ناهيدي و دوستانش 19روز اعتصاب غذا مي‌كنند و با اين كار موفق مي‌شوند از زندان الرشيد نجات پيدا كنند. يك‌ماه به‌خاطر آن اعتصاب غذا در بيمارستان بستري بودند و همان جا بود كه توانستند توسط صليب سرخ، نخستين ارتباطشان را با خانواده‌هايشان برقرار كنند.بعد از بهبودي به اردوگاه اسراي ايراني منتقل مي‌شوند.
اردوگاه هم سختي‌هاي خاص خودش را دارد. ناهيدي مي‌گويد: «ما برنامه‌هايي را در سلول داشتيم. براي اينكه روحيه‌مان را تقويت كنيم، سعي مي‌كرديم با همديگر رفتار خوبي داشته باشيم. در طول 2سال تمام، 4 نفر كه هيچ‌كدام از قبل همديگر را نمي‌شناختند، در كنار هم بوديم كه حضور در آنجا با تمام اختلافات سليقه‌اي سخت بود. سعي مي‌كرديم حس عاطفي را درخودمان تقويت كنيم. طوري شده بود كه 2 نفر از خواهرها مرا خواهر بزرگترشان خطاب مي‌كردند و خانم آزموده كه از همه كوچك‌تر بود، مرا مامان!»
ناهيدي سختي‌هاي روزهاي اسارت را توصيف مي‌كند و از نگاه امروزش به آن دوران مي‌گويد: «سختي‌هاي آنجا خيلي سنگين بود و اگر اين بعد ايمان و يقين به خدا را از اين قسمت اسارت بگيريد، وحشتناك‌ترين روزهاي زندگي آدم همانجاست. يعني مواقعي بود كه مي‌خواستم اين ديوارها را باچنگ و دندان كنار بزنم و فرار كنم. احساس خفگي مي‌كردم. ولي درست در همان لحظه خداوند سكينه‌اي را در قلبم مي‌گذاشت كه احساس مي‌كردم اين سلول تاريك، گلستان است و گلستان‌تر از اين مكان در كره زمين پيدا نمي‌شود. از طرف ديگر اگر آن بعد يقين و اعتما به خدا را از اين مسئله برداريم، من بايد شب‌ها كابوس ببينم. اما هر لحظه كه احساس مي‌كنم آن سختي‌ها را به‌خاطر خدا پشت سر گذاشتم و كسي ناظر بر تك تك اعمال من بوده و آنكه لحظه لحظه مرا حمايت و هدايت مي‌كرده و دلسوزتر از پدر و مادر همراه من بوده، آرامش مي‌يابم. تك تك اين لحظات را كه يادم مي‌آيد، دلم براي معنويت آن دوران تنگ مي‌شود.»
بهترين هديه‌اي كه در دوران اسارت مي‌گيرند، قرآني است كه از سوي صليب سرخ به آنها اعطا مي‌شود. به نوبت آن را مي‌خواندند و آرامش مي‌گرفتند و شايد همين معنويت باشد كه نور اميد را در دلشان روشن مي‌كند و زنده و سرپا نگهشان مي‌دارد.اميدي به آزادي ندارند. حتي به آنها گفته شده كه عراقي‌ها تصميم گرفته‌اند شما را آن قدر در اينجا نگه‌دارند تا پير شويد و بپوسيد!
نزديك دهه فجر بود كه اعلام كردند 50نفر از اردوگاهشان قرار است آزاد شوند. صليب سرخ به چهاردختر اسير مي‌گويد كه براي آزادي شما حتي يك‌درصد هم احتمال نيست!دكتر فاطمه ناهيدي از روزهاي بيم و اميد مي‌گويد: «من مي‌دانستم كسي كه فكر كند قرار است آزاد شود ديگر نمي‌تواند در آن محيط دوام بياورد. به همين دليل به بچه‌ها گفتم: تا زماني كه يك ناهار، يك شام يا صبحانه در ايران سر سفره خانواده نخورده‌ايد، باور نكنيد و اصلا به آزادي فكر نكنيد. واقعاً ديوانه‌كننده بود. چون خيلي‌ها بودند كه به آنها مي‌گفتند آزاد مي‌شويد و بعد متوجه مي‌شدند كه دروغ است و ما مي‌ديديم چقدر اذيت مي‌شوند. به‌خاطر همين ما خيلي بي‌خيال بوديم. خودشان هم تعجب مي‌كردند...»
اما بالاخره اين اتفاق مي‌افتد و حكم آزاديشان مي‌آيد: «زماني كه خواستيم آزاد شويم تمام وسايلمان را سوزانديم. چيز خاصي كه نداشتيم. اما همانها را هم اگر مي‌ديدند دردسر مي‌شد. وسايلمان را در يك بشكه آتش زديم و با همان لباس و كفش اسارت برگشتيم.»ناهيدي آزاديشان را معجزه امام رضا(ع) مي‌داند. مي‌گويد: «هفته قبل از آزادي‌ام مادرم به مشهد رفته بودند. او پشت پنجره فولاد خطاب به امام رضا(ع) مي‌گويد:اي امام‌رضا(ع) اگر كار نشدني را بكني مي‌گويند معجزه. من كاري ندارم تا هفته ديگر مي‌خواهم بچه‌ام اينجا باشد و شروع مي‌كند به گريه كردن... درست يك هفته بعد من در خانه بودم.»