دفاعيات او از خودش در صحن علني سست بود و نتوانست به انتقادات مجلس پاسخ بگويد و اختلاف 81رايي موافقان و مخالفان مجلس را كاهش دهد. حتي دفاع رئيس‌جمهور هم كارساز نشد، بماند آنكه نوشته‌اي كه شب قبل از رأي اعتماد توسط حسام‌الدين آشنا مشاور روحاني منتشر شد در ايجاد فضاي منفي عليه وزير پيشنهادي بي‌تأثير نبود.
اينطور بود كه مجلس به سومين گزينه دولت براي وزارت علوم هم اعتماد نكرد تا ادامه كار براي وزارتخانه‌اي كه تقريبا با 4ميليون دانشجو سرو كار دارد و اين روزها با سرپرست اداره مي‌شود كمي دشوار شود. بهارستاني‌ها با 160رأي مخالف و 79رأي موافق به محمود نيلي احمد آبادي وزيرپيشنهادي علوم دولت يازدهم رأي اعتماد ندادند تا نيلي هم به سرنوشت ميلي منفرد نخستين وزير پيشنهادي دولت دچار شود.
دولت حالا بايد طبق قانون تا 29آبان وزير چهارم خود را براي اين وزارتخانه معرفي كند. از آن جهت كه 29آبان بعد از استيضاح رضا فرجي‌دانا وزير علوم سابق و رأي عدم‌اعتماد مجلس به وي، رئيس‌جمهور محمدعلي نجفي را به‌عنوان سرپرست وزارت علوم معرفي كرده و طبق قانون يك وزارتخانه نمي‌تواند بيشتر از 3ماه توسط سرپرست اداره شود.
- نامه آشنا و حمله رسايي
يك روز قبل از جلسه رأي اعتماد، حسام الدين آشنا مشاور روحاني در صفحه شخصي خود خطاب به نمايندگان مجلس نوشته بود «نمايندگان محترم مجلس فردا انتخابي راهگشا را در پيش رو دارند؛ اين عزيزان مي‌توانند: ميانِ رفتن زير بار سلطه گفتماني اقليت مطلق پايداري و استقلال مجلس از افراط گرايان يكي را انتخاب كنند. ميان راهبرد همراهي يا عدم‌همراهي قوا و ميان خواسته دانشگاهيان و خواسته‌هاي باج خواهان يكي را انتخاب كنند.» اين سخنان ديروز با واكنش عده‌اي از نمايندگان همراه شد به‌طوري كه حميد رسايي در صحن علني مجلس در تذكري خطاب به رئيس‌جمهور گفت كه وقتي مشاور شما يك شب قبل مي‌گويد مجلس باج‌خواه است و مي‌نويسد اگر مجلس به وزير پيشنهادي رأي ندهد مستقل نيست و شما در مجلس مي‌گوييد راه دولت در برخورد با مجلس ادب و اخلاق و قانون است، اين تعامل سازنده نيست، اين تعامل زننده است.
- و ما ادراك ماالمشاور
علي مطهري نماينده مردم تهران مي‌گويد ضرورتي ندارد روحاني به مجلس گوشه و كنايه بزند و اين گوشه و كنايه‌ها را بي‌تأثير در رأي مجلس نمي‌داند. واقعيت اين است كه بي‌تأثير هم نبود. آنجا كه الياس نادران نماينده مردم تهران و معروف‌ترين مخالف نيلي احمدآبادي پشت تريبون رفت و با انتقاد از سخنراني حسن روحاني در زنجان گفت كه از رئيس‌جمهور فرمايشات خوبي شنيديم اما كاش در جمع نخبگان و مردم زنجان هم همين فرمايشات را مي‌شنيديم. حرف‌هايي كه بايد جاي ديگر مي‌زدي اينجا زدي حرف‌هايي كه اينجا بايد مي‌زدي جاي ديگر زدي.
او گفت: كاش لااقل معاونين رئيس‌جمهور مذاكرات استيضاح را به رئيس‌جمهور مي‌دادند آيا فقط بحث استيضاح بود؟ امان از اين مشاوريان و ما ادراك مالمشاورين. اين قسمت آخر صحبت‌هاي نادران البته كنايه به سخنراني روحاني در دانشگاه تهران داشت كه به نوعي استيضاح فرجي دانا در مجلس را به بحث افشاي بورسيه‌هاي غيرقانوني دولت سابق ربط داد و گفته بود بعد از آن آقاي دكتر فرجي‌دانا را آورديم و شروع به‌كار كرد و بورسيه و ما ادراك ما البورسيه!
- دولت اهل لجبازي نيست
رئيس‌جمهوركه از آذرماه سال گذشته در صحن علني مجلس حضور پيدا نكرده بود ديروز براي دفاع از وزيرپيشنهادي علوم به مجلس رفت. حسن روحاني، نيلياحمدآبادي را گزينه مطلوب خود و فردي دانشمند و انقلابي معرفي كرد. او در جمع بهارستاني‌ها با بيان اينكه براي سومين بار است كه براي اين وزارتخانه در جمع شما حاضر شده‌ام و وزيري كه به اعتقاد ما مي‌تواند اين بار سنگين مسئوليت را بر دوش گيرد معرفي خواهم كرد گفت كه دولت اهل «لجبازي» نيست و در برابر مجلس راهش ادب، اخلاق و قانون است.
رئيس‌جمهور خطاب به نمايندگان گفت: بين ما و شما حكم و حاكم قانون اساسي و داور اصلي بعد از خداوند، افكار عمومي است. اين افكار عمومي است كه قضاوت خواهد كرد و هميشه از ما وحدت را مي‌خواهد. افكار عمومي نه فاصله را مي‌پسندد و نه خداي ناكرده لجبازي را مي‌پسندد. روحاني در لابه‌لاي سخنانش گلايه‌اي هم از برخي رسانه‌ها داشت.
او گفت: «در برخي رسانه‌ها آمد كه نيلي احمدآبادي مطلوب واقعي رئيس‌جمهور براي آموزش عالي نيست و وي براي دستگرمي به مجلس فرستاده شده و قرار است نفر ديگري معرفي شود. اين دروغ است. زيرا من با نيلياحمدآبادي صحبت كرده‌ام و براساس تحقيقات خود به اين نتيجه رسيديم وي لياقت‌هاي لازم را دارد.» اين اظهارات روحاني ناظر به مصاحبه يكي از نمايندگان مجلس بود. الياس نادران از مخالفان وزير پيشنهادي گفته بود كه نيلي گزينه اصلي روحاني نبوده و رئيس‌جمهور هنوز گزينه اصلي‌اش را
رو نكرده است.