شيخ خالد آل‌خليفه هدف از ايجاد اين فرماندهي نظامي مشترك را تهديدات گروه‌هاي راديكال و در رأس آنها داعش و مقابله با ديگر تهديدهاي منطقه‌اي دانسته است. براساس اظهارات آل‌خليفه اين فرماندهي چند صد هزار نيرو را زير چتر خود خواهد گرفت.
وزير خارجه بحرين درحالي يكي از اهداف اين فرماندهي مشترك را تهديد داعش اعلام كرده است كه اساسا گروه داعش يا ديگر گروه‌هاي افراطي از درون اين كشورها تراويده‌اند و بسياري از حاميان مالي اين گروه‌ها يا از ميان دولتمردان اين شورا يا از ميان ثروتمندان و افراد بانفوذ مالي فراوان با انديشه‌هاي راديكال در اين شورا هستند و اساسا اين كشورها مي‌توانند به جاي افزودن لايه امنيتي ديگري به شرايط حساس و امنيت‌زده خاورميانه، ريشه‌هاي تغذيه مالي و تسليحاتي اين گروه‌ها و در صدر آنها داعش را بخشكانند، تبديل شدن آنها به‌عنوان يك تهديد و در نتيجه ايجاد فرماندهي‌هاي مشترك نظامي را موقف كنند.
افزون بر اين، داعش گروهي نوپديد است كه نمي‌تواند هدف اصلي شكل‌گيري اين فرماندهي مشترك باشد بلكه بايد آن را هدفي حاشيه‌اي تلقي كرد. صرف‌نظر از اين هدف كه وزير خارجه بحرين آن را هدف اصلي ايجاد اين فرماندهي خوانده است، به‌نظر مي‌رسد يكي از اهداف حقيقي رهبران شوراي همكاري كه به‌صورتي آشكار بدان اشاره‌اي نمي‌كنند، قوت گرفتن شيعيان حوثي در يمن در برابر گروه‌هاي سلفي و افراطي نظير حزب الاصلاح است كه به سمت عربستان سعودي ميل و گرايش دارد و اساسا از جانب اين كشور در برابر حوثي‌ها تغذيه مالي و تسليحاتي مي‌شود.
در كنار اين امر، نبايد از تحولات جاري در اين كشورها غافل ماند. مقابله با ناآرامي‌هاي زير پوستي و مستمر در عربستان سعودي و اعتراضات خياباني مداوم در بحرين يكي ديگر از اهداف تعريف شده براي اين فرماندهي مشترك است كه رهبران اين شورا از رسانه‌اي كردن آن مي‌پرهيزند.شكل‌گيري اين فرماندهي طبعا نياز به نوعي پشتيباني تسليحاتي دارد كه معامله‌هاي تسليحاتي با كشورهاي غربي را در پي خواهد آورد. از اين منظر هم، اين رويداد بيش از آنكه به نفع مصالح منطقه‌اي باشد، ضمن رونق بخشيدن به اقتصاد نظامي غرب، فاصله‌اي يا مسابقه‌اي تسليحاتي را در خاورميانه رقم خواهد زد.
شوراي همكاري خليج‌فارس در مقام يكي از ائتلاف‌هاي سياسي خاورميانه اين پتانسيل را دارد كه به جاي ظاهر شدن در مقام شورايي با رويكردهاي نظامي، رويكردهاي صلح‌آميز را در رأس اولويت‌هاي خود قرار داده، به جاي حركت دادن اوضاع منطقه به سوي امنيتي شدن، با ملت‌هاي خود آشتي كرده، راهكارهايي مسالمت‌آميز براي حل بحران‌هاي دروني خود بيابد و در عين حال، ضمن همگرايي با كشورهاي همسايه خود، راه را بر هرگونه تشديد شرايط امنيتي در منطقه ببندد.