قاسم جعفري در جلسه اين كميسيون با فرهادي وزير علوم و ميرزاده رئيس دانشگاه آزاد گفت: در اين جلسه موضوع پذيرش دكتري در دانشگاه آزاد مطرح بود و دغدغه نمايندگان اين بود كه پذيرش در رشته‌هايي صورت گرفته كه مجوزي ندارند و استانداردهاي لازم در آنها وجود ندارد. در نهايت صحبت اين شد كه رئيس دانشگاه پذيرفت و گفت كه هدفشان اين است در چارچوب استانداردهاي موجود و قوانين و مقررات شوراي گسترش حركت كنند و اعلام كرد كه خودشان در حال بررسي رشته‌هايي هستند كه بايد پالايش بشوند.
وي افزود: وزير علوم هم اعلام كرد كه هيأتي تشكيل شده و نمايندگان دانشگاه آزاد و وزارت علوم در آن حضور دارند و تا ارديبهشت‌ماه بايد نتيجه نهايي مشخص شود و در رشته‌هايي دانشجو گرفته شود كه مجوز خاص را دريافت كرده باشند. در سال آينده در رشته‌هاي بدون مجوز نبايد دانشجو بگيرند.
همزمان رئيس دانشگاه آزاد نيز گفت: اگر واحدي در دانشگاه آزاد اسلامي پذيرش دانشجو در مقطع دكتري داشته باشد ولي فاقد استاد باشد بايد آن رشته ملغي و دانشجو به واحدي ديگر منتقل شود.
دكتر ميرزاده در نود و نهمين جلسه هيأت رئيسه دانشگاه آزاد اسلامي جزئيات جلسه اخيرش درباره اختلاف نظر در مورد رشته‌هاي تحصيلات تكميلي دانشگاه آزاد را چنين توضيح داد: اين جلسه كه با حضور دكتر فرهادي وزير علوم، تحقيقات و فناوري برگزار شد جلسه بسيار مثبتي بود و برآيند آن براي دانشگاه آزاد اسلامي مطلوب بود و اميدوارم كه از اين پس جوسازي‌ها و حاشيه‌سازي‌‌ها عليه دانشگاه آزاد اسلامي خاتمه پيدا كند.
وي با بيان اينكه دانشگاه آزاد اسلامي از چارچوب استانداردهاي خود كوتاه نمي‌آيد، گفت: اگر واحدي در دانشگاه آزاد اسلامي پذيرش دانشجو در مقطع دكتري داشته باشد ولي فاقد استاد باشد بايد آن رشته ملغي و دانشجو به واحدي ديگر منتقل شود.
اختلاف نظر وزارت علوم و دانشگاه آزاد در مورد ظرفيت پذيرش در مقاطع كارشناسي ارشد و دكتري به قبل از آغاز سال تحصيلي جديد بر مي‌گردد. با اعلام نتايج آزمون دانشگاه آزاد، عده‌اي از اين دانشگاه به‌دليل گسترش بي‌حد و حصر تحصيلات تكميلي انتقاد كرده و عده‌اي نيز اين پذيرش‌ها را غيرقانوني خواندند. از سويي رئيس و ديگر مسئولان دانشگاه آزاد بارها بر قانوني بودن اين پذيرش‌ها تأكيد كردند و ميرزاده نيز خروج تعداد زيادي از دانشجويان از كشور براي ادامه تحصيل در مقطع دكتري را دليلي بر اهميت توسعه تحصيلات تكميلي دانست. او همچنين بارها از هجمه رسانه‌اي به دانشگاه آزاد گلايه و نبود زيرساخت كافي براي افزايش ظرفيت‌ها را تكذيب كرد.