بابك نگاهداري با اشاره به اينكه در جلسه قبلي اين شورا كه برگزار نشد قرار بود صلاحيت 7نفر از روساي دانشگاه‌ها بررسي شود، گفت: تعيين تكليف روساي دانشگاه‌ها مسئله مهمي است و چنانچه با درخواست جلسه فوق‌العاده براي جبران تعطيلي موافقت شود، سه‌شنبه هفته جاري اين موضوع بررسي خواهد شد اما چنانچه امكان تشكيل جلسه فراهم نشود، طبق برنامه مصوب شورا، سه‌شنبه هفته آينده به اين موضوع رسيدگي خواهد شد. نگاهداري در پاسخ به اين سؤال كه دانشگاه‌ها تا چه زماني مي‌توانند با سرپرست اداره شوند، به همشهري گفت:طبق قانون حداكثر حضور هر سرپرست در دانشگاه 3ماه است كه در شرايطي ممكن است براي يك دوره ديگر و در مجموع به اندازه 6ماه تمديد شود. وي با تأكيد بر اينكه دانشگاه‌ها بيش از اين نبايد با سرپرست اداره شوند، افزود: هرچند در دوره‌هاي قبلي نيز برخي دانشگاه‌ها بيشتر از مدت قانوني با سرپرست اداره شده‌اند اما هميشه استثنا‌هايي هم وجود داشته است.
گاهي به دلايلي مانند تغييرات مديريتي، تعيين و تأييد رئيس دانشگاهي بيش از اندازه طولاني مي‌شود كه البته وزارت علوم بايد به اين موضوع توجه بيشتري داشته باشد. شوراي‌عالي انقلاب فرهنگي صلاحيت هر فردي كه از سوي اين وزارتخانه براي رياست هر كدام از دانشگاه‌هاي كشور معرفي شود را در اسرع وقت بررسي مي‌كند و در اين زمينه مشكلي وجود ندارد. معاون نظارت و راهبردي مصوبات شوراي‌عالي انقلاب فرهنگي در پاسخ به اين سؤال كه آيا در فهرست افراد معرفي شده براي رياست دانشگاه‌ها كه قرار بود در جلسه قبلي بررسي شوند، نام رئيس پيشنهادي دانشگاه تهران وجود داشت، گفت:«من در اين فهرست نام رئيس دانشگاه تهران را نديدم.
البته تكليف دانشگاه مهمي مانند تهران بايد هرچه زودتر مشخص شود، چرا كه به‌عنوان يك دانشگاه مادر پيشاني دانشگاهي كشور به شمار مي‌رود. اين دانشگاه در رتبه‌بندي‌هاي بين‌المللي به‌عنوان نماينده ايران ارزيابي مي‌شود و اين بلاتكليفي ممكن است موجب افت كيفيت آموزشي و پژوهشي در آن شود.» اگر چه فرهادي مدت زيادي نيست كه به‌عنوان وزير علوم انتخاب شده اما اداره دانشگاه‌ها بدون رئيس از مهم‌ترين موضوعات وزارتخانه تحت امر او به شمار مي‌رود. درحالي‌كه نزديك به 25دانشگاه در كشور بدون رئيس اداره مي‌شوند، بلاتكليفي دانشگاه‌هاي مهمي مانند دانشگاه تهران موجب گلايه بسياري از استادان و كارشناسان شده است. علي مسعودي نژاد، عضو هيأت علمي دانشگاه تهران در اين‌باره به ايسنا گفت: دانشگاه تهران هم‌اكنون در شرايط بلاتكليفي قرار دارد و در حال حاضر نمي‌توان هيچ تصميم قوي براي دانشگاه اتخاذ كرد. وضعيت مديريتي متزلزل بوده و مديريت بسياري از دانشكده‌ها بلاتكليف است. طي مدتي كه دانشگاه تهران توسط سرپرست اداره شده هيچ كار بزرگي در اين دانشگاه انجام نشده است.