به گزارش ایسنا، استقلالی‌ها بعد از گذشت یک ماه از سال 93 و پیروزی بی فایده برابر الریان، وداع تلخی با رقابت‌های لیگ قهرمانان آسیا داشتند و در لیگ هم با شکست برابر تراکتورسازی به رده پنجم در رقابت های لیگ برتر بسنده کردند و شانس حضور در رقابت‌های لیگ قهرمانان آسیا را برای فصل بعد از دست دادند.
بعد از این حوادث امیر قلعه نویی در اظهاراتی اعلام کرد جدایی اش از استقلال در وضعیت فعلی نوعی بی‌معرفتی است و می‌خواهد در استقلال بماند تا تیمی مثل سال 83 بسازد که قهرمان لیگ ایران شود.
در اواخر اردیبهشت 93 با تصمیم وزارت ورزش و جوانان برای استقلال هیات مدیره جدیدی انتخاب شد که هدفش کم کردن بدهی‌ها و آماده کردن این باشگاه برای انتقال به بخش خصوصی بود. اتفاقی که حداقل در بخش دومش که مربوط به خصوصی شدن باشگاه بود، اتفاق نیافتاد و ماجرای واگذاری سرخ آبی ها به بخش خصوصی به سال 94 منتقل شد. هیات مدیره استقلال در اواخر اردیبهشت 93 در جلسه ای رای به ابقا قلعه نویی دادند و سرمربی استقلال بلافاصله دست به کار شد و در کادرفنی تیمش و بازیکنان استقلال دست به تغییرات زیادی زد. او از ادامه کار با حمید بابازاده و مجید صالح امتناع کرد و قرار شد جواد زرینچه و مهدی پاشازاده به کادرفنی استقلال اضافه شوند هرچند که بعد از مدتی مهدی پاشازاده به دلایلی که همچنان نامعلوم است، از ادامه کار با استقلالی ها منصرف شد و محمود فکری جایگزین او شد.
جدایی مهدی رحمتی بیشتر از سایر جدا شده های استقلال در این تیم سر و صدا ایجاد کرد. تا جایی که باشگاه استقلال طی بیانیه‌ای نسبت به جدایی او واکنش نشان داد و او را متهم به بستن قراردادهای نجومی و تعیین و تکلیف کردن برای باشگاه متهم کرد.
خانه تکانی استقلال در بخش بازیکنان آنقدر زیاد بود که خیلی ها را نگران کرد اما سرمربی استقلال قاطعانه اعلام کرد که این تیم او را به یاد گذشته ای می اندازد که با استقلال برای بار نخست قهرمان لیگ برتر شد و در این میان با اعلام رسمی اینکه استقلالی‌ها نکونام را نمی‌خواهند، حواشی جدیدی برای این تیم ایجاد شد که هنوز هم شکایت های مربوط به آن جریان ساز است.
با پایان جام جهانی، امیر قلعه نویی واکنش های تندی را علیه کی روش اتخاذ کرد و ملی پوشانش را به ضعف فنی متهم کرد. او مدعی بود که بازیکنانش اصلا آماده نیستند و همین امر باعث نیمکت نشینی تیموریان در استقلال شد. او انتقادات شدیدی هم به کاپیتان وقت تیمش، یعنی امیر حسین صادقی داشت اما صادقی ترجیح داد با این وضعیت مدارا کند. استقلال فصل را با قدرت آغاز کرد اما با شکست برابر سپاهان، حملات تند امیر قلعه نویی و استقلالی ها نسبت به فغانی و البته برنامه 90 شدت گرفت. تا جایی که قلعه نویی، فنایی را متهم به اجرای شو در برنامه 90 کرد. بعد از بازی استقلال و سپاهان، استقلال بازهم روی نوار برد قرار گرفت اما شکست برابر نفت تهران و علی رضا منصوریان چیزی بود که آبی پوشان پایتخت را وارد یک دوره بحرانی کرد و کسب شش امتیاز از هشت بازی، عمق این بحران را نشان می دهد. شکست در داربی سنتی پایتخت آن هم برابر یکی از ضعیف ترین پرسپولیس های تاریخ فوتبال ایران هجمه زیادی را علیه قلعه نویی ایجاد کرد اما مدیریت استقلال با حمایت از وی باعث شد تا این مربی در نیم فصل دوم دست به تغییرات نسبتا زیادی در تیمش بزند.
استقلال با آغاز نیم فصل دوم بازهم قدرتمند کارش را آغاز کرد اما بازهم شکست برابر نفت این تیم را به لحاظ روحی کمی دچار مشکل کرده و باید دید در ادامه رقابت‌های لیگ که در سال 94 آغاز می‌شود، استقلالی‌ها می‌توانند مانع از تکرار تجربه نیم فصل اول شوند یا نه.
یکی از حواشی عجیبی که در اواخر سال 93 گریبان استقلالی ها را گرفت، ماجرای برکناری افجه ای از سخنگویی و عضویت هیات مدیره استقلال بود. هرچند که دلیل برکناری او، مصاحبه های زیاد وی عنوان شد اما هجمه ایجاد شده درباره هدایای او به بازیکنان استقلال آنقدر بزرگ بود که کمتر کسی باور کرد که او به دلیل مصاحبه‌هایش برکنار شده و هرچند که استقلالی‌ها با یک بیانیه حسابی از خجالت او در آمدند.