اين درحالي است كه گفته مي‌شود اين نهاد حمايتي با كسري بودجه 400ميليارد توماني روبه‌روست و همين موضوع مي‌تواند پرداخت مستمري و حقوق مددجويان اين نهاد را با مشكل مواجه كند. اگر چه درآمدهاي سالانه كميته امداد غير از بودجه مصوب مجلس از منابع متعددي همچون واريزي سازمان‌ها و دستگاه‌هاي دولتي، مشاركت‌هاي مردمي و جشن‌هاي سالانه تأمين مي‌شود، با اين حال گفته مي‌شود اين نهاد همچنان كمبود بودجه دارد. اما تمام كمك‌ها به اين نهاد شامل اين چند مورد نمي‌شود. براساس قانون بودجه سال‌جاري قرار است 20هزار ميليارد ريال تسهيلات قرض‌الحسنه بانكي براي اجراي طرح‌هاي اشتغال‌زايي به مددجويان تحت حمايت اين نهاد پرداخت شود.همچنين براساس بند (ج) تبصره 16قانون بودجه، بانك مركزي جمهوري اسلامي ايران، مكلف شد تا مبلغ 20هزار ميليارد ريال از مانده تسهيلات قرض‌الحسنه و رشد منابع مذكور جهت اشتغال‌زايي خانواده‌هاي كميته امداد توسط بانك‌هاي كشور با معرفي اين نهاد اقدام كند.
- بودجه كم، حمايت ضعيف
با وجود اين كمك‌ها، سال‌هاست در پرداخت مستمري به خانواده كميته امداد تغيير چشمگيري حاصل نشده است. براساس تصميمات كميته امداد امام خميني(ره) ميزان مستمري براي خانواده يك نفره، 50هزار تومان، 2نفره 60هزار تومان، 3نفره 71هزار تومان، 4نفره 82هزار تومان و 5نفر به بالا 100هزار تومان پيش‌بيني شده است. با وجود انتقادهاي مكرر مسئولان كميته امداد از كسري بودجه يك عضو كميسيون برنامه و بودجه مجلس مي‌گويد:كميسيون برنامه و بودجه گزارش مبسوطي درباره نيازهاي كميته امداد ندارد تا براساس آن بودجه‌اي پيشنهادي براي آنها داشته باشد. عزت‌الله يوسفيان‌ملا به همشهري مي‌گويد: مسئولان كميته امداد درخواست افزايش بودجه را عنوان مي‌كنند اما به‌طور دقيق نمي‌گويند اين رقم قرار است صرف چه كارها و چه اقداماتي شود و قرار است چه كارهايي با اين رقم انجام شود.
وي تأكيد مي‌كند: اگر مسئولان كميته امداد بتوانند دولت را درخصوص كمبود بودجه قانع كنند و به‌طور دقيق كسري‌ها را در هر قسمت اعلام كنند و مثلا بگويند در هر استان چند خانواده پشت نوبت، چند خانواده تحت پوشش و چه مقدار بودجه مورد نياز است مي‌توان به افزايش بودجه اين نهاد حمايتي اميدوار بود به‌گونه‌اي كه بتوان مشكلات بسياري از اين خانواده‌ها را حل كرد. اما رضا صابري، نماينده مردم گلستان در خانه ملت معتقد است: عدم‌تخصيص اعتبارات مناسب براي اين نهاد حمايتي مي‌تواند اين نهاد را با مشكل مواجه كند.
وي با اشاره به تورم و ركود اقتصادي كه در سال‌هاي اخير با آن مواجه بوده‌ايم، به همشهري مي‌گويد: با توجه به اين مشكلات اقتصادي درصورت عدم‌تخصيص منابع لازم دچار آسيب‌پذيري در اين قشر مي‌شويم. به گفته عضو فراكسيون ياران امداد امام (ره) در 3سال اخير بانك‌ها همكاري ضعيفي با بخش اشتغال‌زايي كميته امداد داشتند و بخش عمده‌اي از پرونده‌هاي اشتغال‌زايي اين نهاد در بانك‌ها معطل مانده است. وي تأكيد مي‌كند: افزايش بودجه‌هاي حمايتي بايد در لايحه دولت پيش‌بيني شود و اگر اين اتفاق نيفتد امكان افزايش و تغيير رقم‌ها در مجلس امكان‌پذير نيست چرا كه با درخواست افزايش رديف بودجه بايد منابع آن نيز مشخص شود.به گفته وي درصورت تغيير نگاه دولت به نهادهاي حمايتي مي‌توان شاهد افزايش بودجه اين نهادها بود.
رهبر معظم انقلاب كه چند روز قبل حكم رئيس جديد اين نهاد را امضا كردند، با اشاره به اينكه بايد هدف اصلي كميته امداد امام خميني(ره) بر كمك‌هاي كمّي و كيفي مردم باشد،دولت، مجلس و دستگاه قضايي را مكلف كردند از اين نهاد انقلابي پشتيباني همه‌جانبه‌اي انجام بدهند.