همزمان با موسیقی، به آموختن مبانی سینما و عکاسی در سینمای جوان پرداخت. در سال ۱۳۶۷ وارد دانشکده سینما و تئاتر دانشگاه هنر تهران شد. پس از فارغ‌التحصیل شدن از این دانشکده برای ادامهٔ تحصیل وارد مقطع کارشناسی ارشد پژوهش هنر با گرایش موسیقی شد. پس از اتمام تحصیلات کارشناسی ارشد در کنکور سراسری اعزام دانشجو به خارج از کشور در سال ۱۳۷۴ شرکت نمود و با کسب رتبه یک در سال ۱۹۹۹ برای ادامهٔ تحصیل در مقطع دکتری به انگلستان عزیمت کرد.
آزاده‌فر اتنوموزیکولوژیست، نوازنده سنتور و مدرس دانشگاه دورهٔ دکتری اتنوموزیکولوژی را در دانشگاه شفیلد انگلستان با رتبهٔ عالی در سال ۲۰۰۳ به پایان رساند و بلافاصله وارد دورهٔ فیلوشیپ اتنوموزیکولوژی دانشگاه SOAS لندن گردید. او پس از اتمام این دوره به ایران بازگشت و به عنوان عضو هیئت علمی دانشکدهٔ موسیقی دانشگاه هنر تهران به کار پرداخت. وی به سال ۱۳۹۱ موفق به کسب رتبهٔ دانشیاری در این دانشکده شد.
آزاده‌فر از سال ۱۳۸۹ تا ابتدای سال ۱۳۹۳ به عنوان رئیس دانشکدهٔ موسیقی به کار خود ادامه داد و پس از آن نیز به عنوان مدرس هیئت علمی در آن دانشکده مشغول کار می‌باشد.
آزاده‌فر در دورهٔ زندگی علمی خود توانست رشتهٔ اتنوموزیکولوژی را در دانشکدهٔ موسیقی پایه‌گذاری کند و کتاب‌ها و مقالات متعددی در زمینه‌های مختلف موسیقی به رشتهٔ تحریر در آورد که از جمله آنها می‌توان به«اطلاعات عمومی موسیقی، تهران: نشر نی. 1393» ،«بنیان‌های نظری و عملی موسیقی فیلم با رویکرد سینمای کشورهای اسلامی، سوره مهر،1392»،« اقتصاد موسیقی، انتشارات پژوهشگاه فرهنگ، هنر و ارتباطات وزارت ارشاد اسلامی،1390»،«حماسه و موسیقی همراه یک نسخه CD، انتشارات پژوهشگاه فرهنگ، هنر و ارتباطات وزارت ارشاد اسلامی، 1390» و «نسخه انگلیسی ساختار ریتم در موسیقی ایرانی، انتشارات دانشگاه هنر تهران،1390 » اشاره کرد.
دکتر محمدرضا آزاده فر در سال‌های میانی دهه 80 برای مدتی مدیریت بخش موسیقی سازمان فرهنگی و هنری شهرداری تهران را بر عهده داشت و در یکی از برنامه‌های نقد نغمه به بررسی و نقد فنی آلبومی از مجید درخشانی پرداخت.
در تابستان سال ۲۰۱۴ شورای بین‌المللی موسیقی سنتی (ICTM) آزاده‌فر را به عنوان نمایندهٔ این انجمن در ایران منسوب کرد.