متن پیام حجت الاسلام و المسلمین دکتر حسن روحانی به این شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم
انا لله و انا الیه راجعون
رحلت دانشمند سختکوش و اندیشمند فروتن، دکتر صادق آیینهوند، ضایعهای سنگین برای فرهنگ و جامعه دانشگاهی کشور است. او آثار فراوان و ماندگاری در عالم تفکر، تحقیق و تدریس خلق کرد و امید میرفت که فرصت آفرینشهای جدید علمی را داشته باشد که به ناگاه از میان ما رفت و به حق پیوست.
این استاد برجسته تاریخ اسلام، با گنجینهای از دانش و بصیرتی ژرف، افقهای تازهای در نشر معارف، فرهنگ اعتدال و خردورزی بازگشود.
این ضایعه را به خانواده محترم ایشان، استادان، محققان، دانشجویان و همکارانش تسلیت میگویم و از خداوند بزرگ برای او رحمت و رضوان و برای بازماندگان شکیبایی مسئلت مینمایم.
حسن روحانی
رییس جمهوری اسلامی ایران