متن پیام رهبر انقلاب بدین شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم
در گذشت تاسف بار دوست دیرین عزیز جناب حجت الاسلام و المسلمین آقای حاج شیخ محمد حسین بهجتی(شفق) رحمه الله‌علیه و را به خاندان مکرم و دوستان و اراتمندان آن مرحوم صمیمانه تسلیت عرض می‌کنم.
ایشان عالمی پرهیزگار، ادیبی فرزانه، شاعری بلند آوازه و انسانی وارسته بودند و فقدان ایشان برای کسانی که با فضائل و مکارم اخلاقی آن بزرگوار آشنایی داشتند دردآور و تاسف‌انگیز است.
از خداوند متعال علو درجات برای آن فقید عزیز و صبر جزیل برای بازماندگان مکرمش مسالت می‌کنم.