ضروري است در فضاي دانشگاهي چنين جامعه‌اي، دانشجويان با پويايي و تحرك، روحيه نقد و نقادي داشته باشند و بتوانند قدرت استدلال خودشان را تقويت كنند. به همين دليل مقام معظم رهبري در سال1381 بحث برگزاري كرسي‌هاي آزاد‌انديشي در دانشگاه‌ها را مطرح كردند. ولي متأسفانه با گذشت بيش از 13سال از اين دستور ما شاهد هستيم آنطور كه بايد و شايد در دانشگاه‌ها اين كرسي‌ها برگزار نشده‌است. دلايل متعددي براي برگزار نشدن مناسب اين فعاليت در دانشگاه‌ها وجود دارد كه يك بخشي از آنها مربوط به مديريت دانشگاه‌هاست. اساسا مديريت برخي دانشگاه‌هاي مهم كشور هنوز تثبيت نشده و به‌صورت سرپرستي اداره مي‌شوند. طبيعتا معاونان و ادارات فرهنگي دانشگاه‌ها از يكسري نشست‌هايي كه احتمالا بازتاب‌هايي در رسانه‌ها و مطبوعات خواهد داشت استقبال نمي‌كنند. به همين دليل ما شاهد هستيم كه برگزاري كرسي‌هاي آزاد‌انديشي در حد و اندازه چارچوب خودش انجام نمي‌شود و يا اينكه استقبال ضعيفي از آنها صورت مي‌گيرد.
نكته ديگري كه درخصوص ضعف در برگزاري كرسي‌هاي آزاد‌انديشي مطرح است فضاي كلي جامعه است.با توجه به نوع برخوردهايي كه نسبت به برخي از سخنراني‌هاي شخصيت‌هاي سياسي صورت مي‌گيرد نوعي نگراني در دانشگاه‌ها ايجاد شده است.علاوه بر اين از افراد مهم و مؤثري كه بايد در كرسي نظراتشان را مطرح كنند دعوت نمي‌شود. اگر هم كرسي‌هاي آزاد‌انديشي به‌صورت محدود برگزار مي‌شوند مورد استقبال دانشجويان واقع نمي‌شوند.
يكي از موانع مهم ديگر در برگزاري كرسي‌هاي آزاد‌انديشي اين است كه بايد دانشجويان نقش اصلي در برگزاري اين كرسي‌هاداشته باشند ولي از آنجا كه مرزبندي جدي بين نقد و انتقاد و مباحث ساختارشكنانه وجود ندارد دانشجويان دچار سياست‌زدگي شده و بلافاصله پشت جريان‌هاي سياسي درون جامعه قرار مي‌گيرند. در نتيجه دنبال اين هستند تا بحث‌هاي داغ سياسي در اين كرسي‌ها مطابق آنچه در برخي مطبوعات و رسانه‌ها صورت مي‌گيرد، انجام شود.بنابراين هدف اصلي برگزاري كرسي آزاد‌انديشي كه بحث، نقد و گفت‌وگو بين دانشجويان است به حاشيه مي‌رود. نكته اساسي و بنيادي ديگر اين است كه ما به هر حال خيلي تمرين نكرده‌ايم كه با هم گفت‌وگو كنيم و در پرتو گفت‌وگو به نكات و مسائل جديد برسيم و نقاط ضعف خودمان را شناسايي كنيم و طبيعتاً در بحث برگزاري كرسي‌هاي آزاد‌انديشي هم اين مسائل و مشكلات وجود دارد. با وجود همه موارد اشاره شده، برگزاري كرسي‌هاي آزاد‌انديشي نياز و ضرورت دانشگاه‌هاست كه مقام معظم رهبري نيز بارها بر آن تأكيد كرده‌اند. بايد قشر دانشجو كه قشر جوان و تحول خواه جامعه است به نوعي درگير مباحث و موضوعات روز جامعه و انديشه‌اي شود تا در مسير رشد و توسعه كشور قرار گيرد.لذا مسئوليت مديريت دانشگاه‌ها به‌ويژه حوزه‌هاي فرهنگي در دانشگاه‌ها است كه بستر و زمينه لازم را در پرتو ايجاد انگيزه براي دانشجويان براي مداخله فعال در جهت برگزاري اين كرسي‌ها فراهم نمايند.