اثبات صلح‌آميز بودن برنامه هسته‌اي ايران اگرچه وظيفه آژانس به‌عنوان نهاد ناظر بر كشورهاي عضو بوده، اما بناي نظارت آنها در ارتباط با ايران از همان روز نخست با مراجعه به 2منبع غيرقابل اطمينان سازمان مجاهدين خلق(منافقين) و رژيم صهيونيستي كج گذاشته شد و همين كافي بود تا اعتبار عملكرد فني آژانس به دور از سياسي‌كاري با خدشه اساسي مواجه شود. رژيم صهيونيستي به‌عنوان بزرگ‌ترين دارنده كلاهك‌هاي هسته‌اي در جهان چاره‌اي جز داستان‌سازي درباره برنامه هسته‌اي غيرمتعارف در ايران براساس يكسري تصاوير ماهواره‌اي از سايت نطنز نداشت و بعد هم به راحتي اين اطلاعات را به منافقين داد تا در مردادماه سال 1381عليه ايران افشاگري كند. اين آغاز راهي بود كه آژانس بين‌المللي انرژي اتمي با همكاري برخي كشورهاي غربي به‌ويژه آمريكا براي يك پرونده‌سازي بزرگ در برنامه هسته‌اي ايران آغاز كردند.
- گزارش‌هاي دوپهلو و معروف البرادعي
محمد البرادعي مديركل وقت آژانس بين‌المللي انرژي اتمي معروف به انتشار گزارش‌هاي دوپهلو بود. گزارش‌هايي كه از يك سو نظر غربي‌ها را تأمين مي‌كرد و از سوي ديگر چاره‌اي نداشت جز اذعان به واقعيت صلح آميز هسته‌اي ايران. در يكي از نخستين گزارش‌هاي آژانس درباره فعاليت‌هاي هسته‌اي ايران در سال 1382كه به‌تدريج بر دامنه جوسازي عليه آن اضافه مي‌شد ادعاي بزرگ 18سال توسعه برنامه غني‌سازي در ايران با استفاده از سانتريفيوژها را مطرح كرد. نادقيق و تحت‌تأثير بودن گزارش‌هاي آژانس از جوسازي برخي قدرت‌ها در همان زمان آشكار شد. تقليل اين 18سال غني‌سازي به 2سال 1999و 2002ميلادي در گزارش‌هاي بعدي آژانس حكايت از چندپارگي در آنها داشت.
اين كه آژانس در گزارش نوامبر 2003خود اذعان كند: «هيچ‌گونه شواهدي وجودي ندارد كه ثابت كند فعاليت‌هاي مورد اشاره ايران به برنامه نظامي هسته‌اي ربط دارد.» نه‌تنها منجر به حل خطي مسئله هسته‌اي ايران نشد، بلكه آژانس سوار بر يك موج سينوسي در گزارش‌هاي دوپهلوي خود از برنامه هسته‌اي ايران، آن را رسما تبديل به يك پرونده سياسي براي بهره‌برداري قدرت‌هاي بزرگ در سال‌هاي بعد كرد.
- بازي دوم
بازي دوم آژانس بين‌المللي انرژي اتمي براي بازماندن پرونده هسته‌اي ايران در افكار عمومي جهان و رسانه‌ها به ابتداي سال 2008ميلادي (دي‌ماه سال 1386) برمي‌گردد. آژانس پس از مدت‌ها به سندي استناد مي‌كرد كه يك كشور ناشناس عضو اين آژانس ارائه كرده و مدركي كليدي در توجيه شك و ترديد به ماهيت برنامه هسته‌اي ايران بود.
آژانس نخستين بار در ضميمه‌اي در گزارش‌ماه مه سال ۲۰۰۸ (ارديبهشت 1387) اندكي پس از درز اين سند به موضوع چاشني‌هاي انفجاري اشاره كرد. محمد البرادعي بعدها به دريافت اين اطلاعات از سوي آمريكا اعتراف كرد و جايي در خاطرات خود در سال۲۰۱۱ نوشت: «هيچ‌كس نمي‌داند آيا آنها واقعي و مستدل بودند.» البرادعي خاطرنشان مي‌كند در تـابـستـان سال۲۰۰۹ نيز آژانس اسناد بيشتري را در رابطه با برنامه هسته‌اي ايران از رژيم صهيونيستي دريافت كرد.
بدين‌ترتيب بود كه البرادعي در برابر فشارهاي آمريكا و متحدان اروپايي آن در سال ۲۰۰۹ مبني بر انتشار گزارشي در اين زمينه و ديگر اسناد ازجمله سند چاشني‌هاي انفجاري در قالب ضميمه‌اي به گزارش آژانس مقاومت كرد. ولي يوكيا آمانو جانشين البرادعي اين ضميمه را در نوامبر سال ۲۰۱۱ بالاخره منتشر كرد. ابعاد نظامي احتمالي يا همان PMD در واقع محصول ساختگي آژانس بين‌المللي انرژي اتمي در دور جديد بود. رسانه‌هاي غربي در همان زمان، رسيدن آمانو به مديركلي آژانس را دستمزد او براي باز كردن دوباره پرونده ايران در زمينه ابعاد نظامي احتمالي دانستند.
- موج ترور دانشمندان به واسطه مصاحبه‌هاي آژانس
روي كار آمدن آمانو و شكل‌گيري دور جديد فضاسازي‌هاي سياسي و فني در پرونده هسته‌اي ايران با موج ترور دانشمندان هسته‌اي كشور نيز همراه شد. مسعود علي‌محمدي، مجيد شهرياري، مصطفي احمدي‌روشن، داريوش رضايي‌نژاد و فريدون‌عباسي جزء دانشمندان هسته‌اي ايران بودند كه در فاصله سال‌هاي ٨٨ تا ٩٠ ترور كه 4 نفر از آنها به شهادت رسيدند. همه شواهد نشان از آن داشتند كه اطلاعات دانشمندان هسته‌اي ايران در مصاحبه با آژانس به‌سرويس‌هاي اطلاعاتي بيگانه درز پيدا كرده و مورد سوءاستفاده قرار گرفته بودند. آبان ٨٦ در گزارش مديركل وقت آژانس بين‌المللي انرژي اتمي، بارها بر لزوم دستيابي به مكان‌ها و مصاحبه با افراد تأكيد شده بود.
همچنين تصريح شده بود: ١٥ سپتامبر ٢٠٠٧ آژانس به‌صورت كتبي سؤالات را در زمينه معدن گچين و درخواست دسترسي به اسناد، افراد و تجهيزات مربوطه به ايران ارائه كرد. در نتيجه‌گيري اين گزارش آمده بود: «ايران دسترسي كافي به افراد را فراهم ساخته، به موقع، به سؤالات پاسخ داده و به ارائه توضيحات درخصوص موضوعات مطرح شده در چارچوب برنامه اقدام، شتاب بخشيده است». اسفند ٨٦ بارديگر آژانس در گزارش خود اذعان مي‌كند ايران همچنين به سؤالات طراحي شده در مداليته پاسخ داده است، همچنين دسترسي آژانس به افراد درخواست شده را فراهم كرده است. ١٢ آذر ٨٩ علي‌اصغر سلطانيه، نماينده وقت ايران در آژانس بين‌المللي انرژي اتمي، در سخنراني خود در شوراي حكام با انتقاد از عملكرد آژانس در افشاي اطلاعات دانشمندان هسته‌اي ايران گفت: «آژانس با انتشار اسامي دانشمندان و متخصصان ايراني، آنان را در معرض ترور گروه‌هاي تروريستي و نيز سرويس‌هاي جاسوسي رژيم اسرائيل و آمريكا قرار داده است.
اسامي دانشمندان و متخصصان ايراني كه طي بازرسي‌ها و مصاحبه‌ها، همكاري متعهدانه‌اي با آژانس داشته‌اند، از مجراي آژانس به بيرون درز كرده و در فهرست غيرقانوني تحريم اتحاديه اروپا و شوراي امنيت سازمان ملل قرار گرفته است.»٢١ دي ٩٠ نيز سعيد جليلي، دبير وقت شوراي امنيت ملي، گفته بود كه: «آژانس نبايد اسامي دست اندركاران برنامه هسته‌اي ايران را فاش مي‌كرد.» اين در حالي است كه حتي در مواردي گزارش‌هاي آمانو از برنامه هسته‌اي ايران پيش از موعد خود از سوي برخي منابع آگاه در رسانه‌هاي غربي انتشار مي‌يافت.
- مورد عجيب مريوان
آژانس در گزارش‌هاي خود از برخي مكان‌هاي جديد همچون پارچين يا بعدها مريوان نيز اطلاعات مبهم براساس تصاوير ماهواره‌اي را به موضوع فعاليت‌هاي نظامي ايران گره زد. بازرسي بازرسان آژانس از مجموعه نظامي پارچين در جنوب تهران چيزي دستگير آنان نكرده بود كه سال 1393موضوع مريوان هم به آن‌اضافه شد.
علي‌اكبر صالحي رئيس سازمان انرژي اتمي كشورمان تنها درباره ادعاي آژانس درباره سايت مريوان گفته بود: اسناد و اطلاعاتي كه آژانس دراين رابطه ارائه كرده بود كاملا بي‌اساس و جعلي بود و مشخص بود كه اينها توسط صهيونيست‌ها تهيه شده است، چراكه تمام كلماتي كه با «ه» در اين اسناد بود با حرف «خ» نوشته شده بود. چرا كه در زبان عبري حرف «ه» وجود ندارد.
نگاهي به ساختار سازماني آژانس هم نشان مي‌دهد وظايف اين نهاد به اندازه زيادي متأثر از نفوذ كشورهاي غربي و بودجه‌اي است كه در اختيار آن قرار مي‌دهند.
آذرماه سال گذشته در روزهايي كه آمانو براي هزينه‌هاي بازرسي پرونده هسته‌اي ايران از كشورهاي عضو درخواست كمك‌هاي مالي كرد، خبرگزاري رويترز گزارش داد كه آمريكا و انگليس كه در مذاكرات اتمي با جمهوري اسلامي حضوري مستقيم داشته‌اند بدون ذكر جزئيات در مورد حجم كمك‌هاي مالي وعده دادند كه پوشش بخشي از هزينه‌ها را تقبل كنند. جلسه‌اي هم در همين خصوص پشت درهاي بسته در آژانس تشكيل شد و ازجمله نتايجش اين بود كه نروژ تأمين بيش از يك ميليون يورو از مبلغ مورد نظر را تقبل كرد و هلند نيز اعلام كرد كه با پرداخت 100هزار يورو در افزايش بودجه آژانس سهيم خواهد شد.
شايد بي‌دليل نيست كه در مذاكرات اخير وقتي آمانو به يكباره تصميم مي‌گيرد در آخرين مراحل كار توافق جامع به هتل كوبورگ وين برود، از بين وزراي امور خارجه حاضر در مذاكرات تنها ديدار با وزراي خارجه آمريكا و فرانسه را برمي‌گزيند. اين در حالي است كه تا پيش از اين آمانو در محل مذاكرات هسته‌اي حضور نداشت و تنها همزمان با مذاكرات بود كه ديدارهايي با او آن هم در مقر آژانس بين‌المللي انرژي اتمي صورت مي‌گرفت.
وي كمتر از يك ساعت پس از ورود به محل مذاكرات، بدون پاسخ گفتن به سؤالات خبرنگاران، محل گفت‌وگوها را ترك كرد. نقطه اشتراك نظرات آمانو در ديدار با فابيوس وزير امور خارجه فرانسه آنجا آشكار مي‌شود كه فابيوس به‌عنوان يكي از 3شرط دستيابي به توافق، دسترسي به سايت‌هاي هسته‌اي ايران و درصورت لزوم تاسيسات نظامي اشاره كرده بود و اين دقيقا موضوعي است كه با مخالفت ايران مواجه شده است و آمانو شايد مي‌بايست در اين مسير براي اطلاع يا نقش‌آفريني در سياست تازه‌اي درخصوص بازرسي‌ها راهي وين مي‌شد.