به گزارش مهر، روش‌شناسی تعیین معیارها و شاخص‌های رتبه‌بندی دانشگاه‌ها و مؤسسات تحقیقاتی ایران برای سال ۹۲ به امتیازاتی برمی‌گردد که هر دانشگاه در یک شاخص کسب کرده است.
بر اساس رتبه‌بندی پایگاه استنادی علوم جهان اسلام ISC ، این مراکز در معیار پژوهش با شاخص‌های کیفیت، کارایی، حجم، نرخ رشد کیفیت، نرخ رشد کارایی و ... مورد ارزیابی قرار گرفته‌اند.
در معیار آموزش نیز شاخص‌های اعضای هیأت علمی دارای جایزه، اساتید پراستناد، نسبت اعضای هیأت علمی دارای مدرک Ph.D به کل اعضای هیأت علمی، فارغ‌التحصیلانی که جایزه گرفته‌اند، فارغ‌التحصیلان پر استناد، نسبت اعضای هیأت علمی به دانشجو، نسبت دانشجویان تحصیلات تکمیلی به کل دانشجویان، دانشجویان دارای جایزه در المپیادهای بین‌المللی در نظر گرفته شده است.
معیار وجهه بین‌المللی نیز با شاخص‌هایی از جمله نسبت اعضای هیأت علمی بین‌المللی به کل اعضای هیأت علمی، نسبت دانشجویان بین‌المللی به کل دانشجویان، نسبت اعضای هیأت علمی دارای مدرک Ph.D. خارجی (دکتری خارجی) به کل اعضای هیأت علمی دارای مدرک Ph.D. (دکتری)، کنفرانس‌های بین‌المللی و همکاری‌های بین‌المللی بررسی شده است.
معیار تسهیلات (امکانات) شامل شاخص‌های سرانه تعداد عناوین کتاب به ازای هر دانشجو و تعداد مؤسسات / مراکز تحقیقاتی دانشگاه و همچنین معیار فعالیت اجتماعی - اقتصادی نیز شامل شاخص‌های تعداد مؤسسات و شرکت‌ها و تعداد مراکز رشد (به صورت مستقل یا در درون پارک‌های علم و فناوری) بوده است.
دانشگاه‌های نامبرده در جدول زیر شامل دانشگاه‌های جامع می‌شوند و دانشگاه‌هایی را که تنها در یک گروه مانند صنعتی، هنر و ... فعالیت می‌كنند دربرنمی‌گیرد.
| رتبه | دانشگاه جامع | نمره کل از ۱۰۰ | شاخص پژوهشی از ۱۰۰ |
| ۱ | دانشگاه تهران | ۱۰۰ | ۱۰۰ |
| ۲ | دانشگاه تربیت مدرس | ۹۹.۸۵ | ۹۹.۸۵ |
| ۳ | دانشگاه شیراز | ۹۸.۱۴ | ۹۸.۱۲ |
| ۴ | دانشگاه فردوسی مشهد | ۹۴.۴۶ | ۹۴.۴۲ |
| ۵ | دانشگاه شهید بهشتی | ۹۰.۱۵ | ۹۰.۲۱ |
| ۶ | دانشگاه تبریز | ۸۶.۵۸ | ۸۶.۵۹ |
| ۷ | دانشگاه اصفهان | ۷۲.۵۲ | ۷۲.۴۷ |
| ۸ | دانشگاه گيلان | ۶۹.۳۷ | ۶۹.۱۷ |
| ۹ | دانشگاه شهيد باهنر کرمان | ۶۵.۷۸ | ۶۵.۹ |
| ۱۰ | دانشگاه پيام نور | ۶۴.۹۶ | ۶۴.۴۹ |
| ۱۱ | دانشگاه بوعلي سينا | ۶۴.۲۳ | ۶۴.۲۱ |
| ۱۲ | دانشگاه رازی | ۶۳.۴۱ | ۶۳.۴۲ |
| ۱۳ | دانشگاه اروميه | ۵۸.۶۳ | ۵۸.۶۸ |
| ۱۴ | دانشگاه مازندران | ۵۵.۶۶ | ۵۵.۷۴ |