رئيس سازمان انرژي اتمي كه اين توافق را در وين با يوكيا آمانو، مديركل آژانس امضا كرده، تأكيد مي‌كند كه اصل اين موافقتنامه - كه مفاد و نحوه زمان‌بندي آن هم منتشر شد - عادي و غيرمحرمانه است، اما شيوه و چگونگي بازرسي‌هايي كه آژانس قرار است براي حل مسئله «موضوعات باقيمانده گذشته و حال برنامه هسته‌اي ايران» انجام دهد مانند همه ترتيباتي كه آژانس با ديگر كشورها هم توافق مي‌كند، يك امر محرمانه است.
آنچه طرف مقابل ايران با عنوان PMD يا «ابعاد نظامي احتمالي» برنامه هسته‌اي ايران از آن نام مي‌برد، ادعاهايي است كه صرفا با هدف افزايش فشار بر ايران در سال‌هاي پاياني دهه80 مطرح شد و البرادعي، مديركل وقت آژانس هم گفت كه نمي‌تواند صحت و سقم اين ادعاها را تأييد كند. علي‌اكبر صالحي، رئيس سازمان انرژي اتمي ضمن اشاره به اينكه آمانو با آمدن به آژانس اين ادعاها را دوباره به‌صورت جدي مطرح كرد، تصريح مي‌كند كه متأسفانه در آژانس خيلي از موارد صبغه سياسي پيدا كرده و مديركل آژانس همواره به‌نظرات شوراي حكام توجه مي‌كند.
صالحي كه خودش زماني نماينده ايران در آژانس بوده، در برنامه گفت‌وگوي ويژه خبري شبكه2 سيما بخشي از روند مواجهه ايران با موضوع مطالعات ادعايي در گام‌هاي نهايي را مطرح كرد و گفت: ايران سال ۲۰۱۳ مذاكرات با آژانس را براي حل اين موضوع ادامه داد و از آژانس خواست سؤالات خود را مطرح كند كه آنها ۱۸ سؤال مطرح كردند و به آنها پاسخ داديم، اما موضوع وضعيت گذشته و حال فعاليت‌هاي هسته‌اي ايران با رويكرد سياسي آژانس همچنان پابرجا ماند تا اينكه قرار شد در قالب سياسي و با كمك 5+1 اين موضوع حل شود.
صالحي سپس درباره چند و چون توافقي كه 23تيرماه گذشته با آمانو براي حل و فصل اين موضوع به‌دست آمد، صحبت كرد و گفت: آن توافقي كه ما امضا كرديم و مفاد آن، محرمانه نيست و اعلام هم شد، اما در موضوع پادماني يعني بازرسي بازرسان آژانس در برخي امور، شيوه‌هاي بازرسي و چگونگي انجام بازرسي در برخي موارد خاص تفاهم‌هايي انجام مي‌شود و اين مواردي است ميان ايران و آژانس، يعني فرايند و نحوه بازرسي بين ايران و آژانس، مذاكره و مشخص مي‌شود و آژانس براساس آن، بازرسي‌هايش را انجام مي‌دهد و اين شيوه، محرمانه است و اين امري عادي است و همه كشورها هم‌چنين چيزي را دارند.
او خاطرنشان كرد كه براساس توافق، قرار است نتيجه همكاري‌ها، ۱۵ دسامبر به شوراي حكام آژانس اعلام شود، اما شيوه رسيدن به اين نتيجه ميان ما و آژانس محرمانه مي‌ماند و اين يك امر معمولي است، هرچند توافق‌هايي كه در برنامه جامع اقدام مشترك حاصل شده، اصولا مستقل از توافق ايران و آژانس كار خود را جلو مي‌برد.
رئيس سازمان انرژي اتمي گفت كه آژانس تاكنون فقط درباره ژاپن اعلام كرده كه اين كشور هيچ فعاليت هسته‌اي اعلام نشده‌اي ندارد و ما هم بايد به اين سمت برويم كه كارت سفيد آژانس را دريافت كنيم و اين نهاد اعلام كند ايران هيچ فعاليت اعلام نشده‌اي ندارد كه در اين صورت، كل مسئله هسته‌اي ايران در آژانس بسته مي‌شود.
- هيچ كشوري منتشر نمي‌كند
عباس عراقچي، معاون وزير امور خارجه هم درباره بخش‌هاي محرمانه توافق ايران و آژانس تأكيد كرد: ما براساس توافق‌هاي قبلي كه با آژانس داشته‌ايم، نقشه راه جديدي را طراحي كرديم كه بعضي ضمائم آن، جزو اسناد بين ايران و آژانس است، براي همين هم منتشرنشده؛ چنان‌كه هيچ كشوري اسناد بين خود و آژانس را منتشر نمي‌كند. او كه با پايگاه خبري خانه ملت صحبت مي‌كرد، با تأكيد بر اجراي داوطلبانه پروتكل الحاقي پس از اجراي برجام، خاطرنشان كرد: تا زماني كه تحريم‌هاي كنگره آمريكا لغو شوند، اين اجراي داوطلبانه ادامه مي‌يابد و در آن زمان اگر مجلس شوراي اسلامي تمايل داشته باشد، مي‌تواند آن را بررسي و درصورت صلاحديد تصويب كند.
- كري اشتباه كرد
رئيس سازمان انرژي اتمي در بخش ديگري از صحبت‌هاي خود درباره سخنان وزير خارجه آمريكا در كنگره درباره رآكتور آب سنگين اراك گفت: جان كري در سخنان خود در كنگره اشتباه كرد كه گفت زماني كه قلب رآكتور آب سنگين اراك را درمي آورند، محل آن را با بتن پر مي‌كنند؛ مخزن فولادي رآكتور اراك با بتن پر مي‌شود، نه محل قلب رآكتور آب سنگين، هرچند به‌علت رعايت ايمني حتي اگر مخزن با بتن هم پر نشود، امكان استفاده مجدد از اين مخزن نيست زيرا استفاده دوباره از آن خطرات زيادي دارد و اگر بخواهيم فعاليت رآكتور را از سر بگيريم، به‌علت رعايت ايمني ديگر نبايد مخزن قبلي را حتي اگر سالم باشد، دوباره سر جايش برگرداند بلكه بايد مخزن جديدي ساخت.
- مشكل دولت اوباما درباره توافق ايران و آژانس
يك پايگاه خبري وابسته به كنگره آمريكا نوشت: پس از آنكه جمهوريخواهان كنگره آمريكا دسترسي نداشتن به بخش‌هاي محرمانه توافق ايران و آژانس را بهانه خوبي براي مخالفت با برنامه جامع اقدام مشترك يافته‌اند كه مي‌توانند از طريق آن افكار عمومي را نيز با خود همراه كنند، كاخ سفيد تلاش مي‌كند اين ادعا را به شكل‌هاي مختلف رد كند، ازجمله اينكه در صفحات شخصي مقامات كاخ سفيد در توييتر پيام‌هايي منتشر شده مبني بر اينكه هيچ توافق محرمانه يا جانبي با ايران صورت نگرفته و كنگره از همه آنچه كاخ سفيد در اختيار دارد، آگاه است. به گزارش فارس، سوزان رايس، مشاور امنيت ملي اوباما هم در صفحه شخصي خود نوشت: سوءتفاهم‌هاي بسيار زيادي درباره توافق هسته‌اي ايران وجود دارد، اين يك توافق خوب است، اگر براساس آنچه هست و قابليت‌هايش و نه تحريف‌ها مورد قضاوت قرار گيرد. مقامات دولت اوباما تأكيد مي‌كنند كه توافق ايران و آژانس، توافق جانبي نيست، بلكه يك اقدام استاندارد در چارچوب‌هاي بين‌المللي است.