اين تالاب به‌دليل دخالت‌هاي غيرمسئولانه، آلودگي‌هاي ناشي از فعاليت‌هاي نفتي، چراي دام، شكار غيرمجاز و واگذاري آشوراده براي طرح‌هاي گردشگري با خطر جدي مواجه است. تالاب بينالمللي و پناهگاه حيات وحش ميانكاله در سال 48 و بنا به تصويب شوراي‌عالي سازمان شكارباني و نظارت بر صيد به‌عنوان منطقه حفاظت شده اعلام شد. متعاقب آن و به‌دليل اهميت اكولوژيك منطقه براساس مصوبه۷۸ مورخ 1354/5/21 شوراي‌عالي حفاظت محيط‌زيست، ميانكاله با وسعت ۶۶,۹۳۳ هكتار به پناهگاه حيات وحش ميانكاله ارتقا يافت.پناهگاه حيات وحش ميانكاله، شبه‌جزيره ميانكاله، خليج گرگان و جزيره آشوراده را شامل مي‌شود.
همچنين مجموعه تالاب‌هاي ميانكاله، خليج گرگان و لپوي زاغمرز به‌دليل تنوع كم‌نظير اكوسيستم‌هايي كه دربرگيرنده ۹تيپ از ۴۲تيپ تالاب شناخته شده جهان است و به‌دليل دارا بودن معيارهاي حائز اهميت كنوانسيون تالاب‌هاي بينالمللي در سال ۱۳۵۴در شمار نخستين تالاب‌هايي بود كه در فهرست كنوانسيون رامسر به ثبت رسيد. همچنين ميانكاله به جهت نقش و كاركردي كه به‌دليل دارابودن ارزش‌هاي متنوع زيستي، تاريخي، اقتصادي و آموزشي و تفرجي دارد در زمره يكي از ۹ذخيره‌گاه زيست‌كره در سال۱۳۵۵ به كميته برنامه انسان و كره مسكون يونسكو (MAB) معرفي و انتخاب شد. ميانكاله با اهميت‌‌ترين ذخيره‌گاه‌هاي زيست‌كره محسوب مي‌شود كه علاوه بر پشتوانه ارزشمند توليد مثل بخش عظيمي از ماهيان درياي خزر همه ساله پذيراي جمعيتي بالغ بر يك‌ميليون قطعه از بيش از 100گونه از انواع پرندگان مهاجر آبزي و كنار آبزي است. پناهگاه حيات وحش ميانكاله همچنين نيمي از تنوع زيستي پرندگان ايران (حدود ۲۴۰گونه) كه ۴۰گونه از آن را گونه‌هاي داراي طبقات حفاظتي براساس طبقه‌بندي گونه‌هاي حمايت شده و در معرض خطر (IUCN) تشكيل مي‌دهند در خود جاي داده است.