او پس از آن که از کالجی در سن‌موریس فارغ‌التحصیل شد برای ادامه تحصیل به دانشگاه لوزان رفت و در سال ۱۹۵۹ موفق به اخذ مدرک کارشناسی در رشته اقتصاد و بازرگانی شد.
اولین شغل بلاتر ریاست روابط عمومی انجمن گردشگری ایالت کانتون وله سوئیس بود و سپس در سال ۱۹۶۴ به مقام دبیرکلی فدراسیون هاکی روی یخ سوئیس رسید. متعاقب آن چند سالی را نیز در فعالیت‌های روابط عمومی و روزنامه‌نگاری در حوزه ورزش و بخش خصوصی مشغول به کار بود. بلاتر پس از آن که به مدیریت روابط عمومی لونژین (کارخانه سازنده ساعت) رسید به دلیل همکاری این کارخانه با متولیان برگزاری المپیک ۱۹۷۲ و ۱۹۷۶ توانست پا به عرصه بین‌المللی ورزش بگذارد.
بلاتر هشتمین رئیس فیفا است. او برای نخستین بار در تاریخ ۸ ژوئن ۱۹۹۸ در پنجاه و یکمین کنگره فیفا جایگزین ژاو هاولانژ برزیلی شد.
او برای ۴ دوره متوالی دیگر در سال‌های ۲۰۰۲، ۲۰۰۷، ۲۰۱۱ و ۲۰۱۵ به عنوان رئیس فیفا انتخاب شد. سپ بلاتردر تاریخ ۲ ژوئن ۲۰۱۵ چهار روز پس از این‌که برای پنجمین بار به‌عنوان رئیس فیفا انتخاب شد، از ریاست فیفا کناره‌گیری كرد. در واقع پس از بالاگرفتن اتهامات فساد مالی و رشوه‌خواری در فیفا و همین‌طور بازداشت شدن نزدیک به ده تن از مقامات عالی‌رتبهٔ فیفا سپ بلاتر از سمت خود استعفاء داد. این اتهامات مرتبط بود با نحوهٔ واگذاری میزبانی جام جهانی فوتبال به آفریقای جنوبی، قطر و روسیه.