اصولا فرايند قانونگذاري در مجلس شوراي اسلامي با ارائه لوايح از طريق دولت و طرح‌ها از طريق مجلس و بررسي آنها دركميسيون مرتبط انجام مي‌گيرد، نقش كميسيون‌ها در هر دو مورد، چه لوايح و چه طرح‌ها بسيار اساسي و تعيين‌كننده است. بررسي جايگاه سازمان محيط‌زيست در ساختار مجلس شوراي اسلامي نشان مي‌دهد كه همواره محيط‌زيست به‌عنوان موضوعي فرعي در كنار موضوعات اصلي جايگاه مناسب و مستقلي نداشته است. در مجلس اول و دوم كميسيون مستقلي وجود داشت تحت عنوان كميسيون سازمان‌هاي تابع نخست‌وزيري كه دربرگيرنده سازمان‌هاي محيط‌زيست، اوقاف، تربيت‌بدني و انرژي اتمي بود و بسيار فعال و پويا مسائل و برنامه‌هاي محيط‌زيست را مورد توجه قرار مي‌داد اما با تغييراتي كه در امور داخلي مجلس صورت پذيرفت اين كميسيون حذف و برنامه‌هاي بخش محيط‌زيست و سازمان مربوطه عملا زيرنظر كميسيون آب، كشاورزي و منابع طبيعي قرار گرفت. اين درحالي است كه بخش‌هاي آب و كشاورزي خود با انبوهي از مسائل و مشكلات مواجه بوده و هستند و طرح موضوعات محيط‌زيست به‌صورت ريشه‌اي در اولويت بعدي اين كميسيون است. از سوي ديگر بخش كشاورزي به‌عنوان بخش توليدي، اقتصادي و اشتغال‌زا نقش بسيار مهمي در كشور دارد و اين بخش باتوجه به لزوم بهره‌برداري از منابع زيستي مختلف از قبيل آب، خاك، جنگل و مرتع، با محيط‌زيست در تضاد است.
البته بايد اشاره كنم كه بي‌توجهي به جايگاه محيط‌زيست در مجلس امر دوجانبه بوده و هست، به‌طوري كه ساير وزارتخانه‌ها و دستگاه‌ها ارتباط تنگاتنگي با قوه قانونگذاري داشته و به دليل پيشگيري از سؤال و استيضاح وزير، سعي در برقراري تعاملات فعال و بيشتر با مجلس مي‌كنند. اما در سازمان محيط‌زيست اين امر تحقق پيدا نمي‌كند و در برهه‌هاي مختلف ارتباط سازمان با مجلس محدود و حتي به سطح كارشناسي مي‌رسد كه نتيجه آن براي سازمان بسيار زيانبار است. مطمئنا تشكيل يك كميسيون ويژه محيط‌زيست و منابع طبيعي درساختار قوه‌مقننه ضروري است چون مسائل و موضوعات محيط‌زيست به همان اندازه و شايد بيشتر از كميسيون‌هايي نظير صنعت، انرژي، عمران و... وجود دارد. وجود چنين كميسيوني در 2 بخش ديگر يعني تصويب و تخصيص اعتبارات و برنامه‌ها نيز مي‌تواند بسيار تأثيرگذار و تا حد قابل توجهي محيط‌زيست رنجور كشور را ياري كرده و از بحران‌هاي فرارو نجات دهد. ابلاغ سياست‌هاي كلي محيط‌زيست توسط مقام معظم رهبري و لزوم پيگيري آنها توسط قواي سه‌گانه، اميدها را براي تحقق اين آرزو زنده ساخته است.