از يك سو رئيس شوراي اسلامي شهر تهران در واكنش به پيش‌نويس اين لايحه آن‌را باعث «از بين رفتن بخشي از درآمدهاي پايدار» مديريت شهري دانست.مهدي چمران از آن بخش لايحه ششم توسعه انتقاد كرد كه ماليات بر ارزش افزوده‌اي كه تا پيش از اين مستقيم به‌حساب شهرداري‌ها واريز مي‌شد را در اختيار استانداري‌ها قرار داد و استانداري‌ها به نوعي توزيع‌كننده درآمدهايي مي‌شوند كه به‌عنوان درآمد پايدار شهرداري‌ها محسوب مي‌شود.
معاون برنامه‌ريزي و توسعه شهري و امور شوراي شهرداري تهران نيز بر همان مسئله‌اي اشاره كرد كه رئيس شوراي شهر تهران بر آن تأكيد كرده بود. ناصر اماني البته انتقادات گسترده‌تري داشت. اما او نيز مانند چمران با اشاره به بند «ب» تبصره يك پيش‌نويس لايحه ششم توسعه كشور گفت:
قوانين ماليات برارزش افزوده در اين لايحه متمركز شده است. يعني درآمدهاي ناشي از عوارض شهرداري‌هاي كشور كه تا به حال مستقيم به شهرداري‌هاي بزرگ داده مي‌شده الان در اختيار استانداري‌هاي قرار مي‌گيرد.او با انتقاد به از بين بردن بخشي از منابع درآمد پايدار شهرداري‌ها افزود: البته به‌شدت اميدواريم كه در مرحله تصويب اين پيش‌نويس در دولت اصلاحات لازم صورت گيرد و وابستگي شهرداري‌ها به استانداري‌ها را از بين ببرد.
- همه‌‌چيز به نفع تمركز نه واگذاري
البته انتقادات گسترده معاون برنامه‌ريزي و توسعه شهري و امور شوراي شهرداري تهران بيشتر بر تبصره39 پيش‌نويس لايحه برنامه ششم توسعه كشور متمركز بود، جايي كه به تعبير ناصر اماني «تنها تبصره و مهم‌ترين تصميمات» در مورد مديريت شهري را در بر داشت.
ناصر اماني گفت كه «لايحه برنامه ششم به شكل ناگهاني و غيرمترقبه از روال عادي خارج شد. چون در زمينه مديريت شهري 2كميسيون در وزارت كشور و وزارت راه و شهرسازي به‌صورت جداگانه در حال مطالعه و بررسي بودند. در اين دو كميسيون از نمايندگان مديريت شهري دعوت مي‌شد تا در مورد برنامه ششم توسعه به ارائه ديدگاه خود بپردازند. اما به ناگاه بدون توجه به جمع بندي كميسيون‌هاي مذكور به شكل تمركزي اين لايحه جمع بندي شده و الان در دستور كار دولت قرار گرفته است. ما هم به‌عنوان نمايندگان مديريت شهري به‌صورت غيررسمي از اين لايحه اطلاع پيدا كرديم.»
به تعبير او مديريت شهري كشور در حال حاضر 2نگراني عمده دارد. «نگراني اول كه برآمده از مواد موجود در تبصره39 پيش‌نويس اين لايحه است و دومين نگراني نيز به تدوين لايحه مديريت شهري برمي‌گردد. اينكه چه سرنوشتي در انتظار اين دو است؟»
- حذف استقلال و تقويت وابستگي
معاون شهردار تهران نگران كننده‌ترين مواد تبصره39 را بند5 اين تبصره مي‌داند. در بند 5 تبصره39 آمده است: «شهرداري‌ها مشمول مقررات اداري، استخدامي، مالي و معاملاتي هستند كه به پيشنهاد مشترك سازمان مديريت و برنامه‌ريزي كشور و وزارت كشور به تصويب هيأت وزيران مي‌رسد.» اماني گفت كه اين تبصره شهرداري‌ها را تبديل به سازماني وابسته به دولت مي‌كند.
يعني شهرداري‌ها را از يك نهاد عمومي كه زيرنظر شوراي شهر اداره مي‌شوند، به‌عنوان دستگاهي كه وابسته به نهادهاي دولتي است، تنزل مي‌دهد. البته نبايد از نظر دور داشت كه در تبصره9 اين لايحه «كاهش حجم، اندازه و ساختار مجموع دستگاه‌هاي اجرايي، حداقل به ميزان 15درصد» تأكيد شده است. اين در حالي است كه به تعبير اماني «اگر قرار باشد اين ماده محقق شود، بايد دولت ضمانت اجرايي كافي براي واگذاري مواد بند39 را الزام آور كند.»
اماني به درخواست مديريت شهري از دولت در برنامه ششم اشاره كرد و افزود: «ما در خواستمان اين بود كه يك فصل ويژه در لايحه برنامه ششم براي مديريت شهري كشور پيش‌بيني شود اما اين اتفاق نيفتاد. تنها تبصره‌اي كه آمده است تبصره محدود‌كننده است. به‌ويژه بند4 كه مي‌خواهد با فعاليت و صدور آيين‌نامه مالي و اعتباري شهرداري‌هاي اين نهادها را زيرنظر وزارت كشور ببرد.»
- موانع و مشكلاتي كه پيش‌نويس لايحه ششم توسعه كشور به‌وجود مي‌آورد
بخش مهمي از درآمد نقدي شهرداري‌ها مشمول حساب‌هاي دولتي مي‌شود.
شهرداري‌هاي كشور به‌ويژه درشهرهاي بزرگ تحت نظارت استانداري‌هاي قرار مي‌گيرد.
شهرداري‌هاي تحت كنترل و نظارت دستگاه‌هاي نظارتي دولتي مانند سازمان بازرسي و ديوان محاسبات قرار مي‌گيرند درحالي‌كه نظارت بر شهرداري‌ها از وظايف شوراي‌هاي شهر است.
شهرداري‌ها عملا به يك دستگاه دولتي تبديل مي‌شوند و استقلال خود را از دست مي‌دهند.
ارتباط بين اقتصاد شهر و شهرداري‌ها كه در قانون فعلي وجود داشت، از بين مي‌رود و منابع به‌صورت سليقه‌اي توزيع مي‌شود.
درآمدهاي پايدار شهري متزلزل مي‌شود و ماليات بر ارزش افزوده كه محلي براي درآمد پايدار است به‌حساب استانداري‌ها مي‌رود.