درخصوص سازمان مبارزه با مفاسد اقتصادي كه قرار است جايگزين ستاد مبارزه با مفاسد اقتصادي شود بايد گفت با توجه به اختياراتي كه در طرح نمايندگان مجلس به اين سازمان داده مي‌شود، ما معتقديم تمركز ساختاري در اين سازمان به‌وجود مي‌آيد. او گفت: آقاي انصاري، معاون امور مجلس رياست‌جمهوري، گزارش خود را در اين ارائه كرده و اين گزارش نگران‌كننده است. من از ايشان خواهش مي‌كنم توضيحات بيشتري درباره گزارش خود بدهند.
خبر نهايي شدن طرح تشكيل سازمان مبارزه با مفاسد اقتصادي نخستين بار تيرماه سال‌جاري در رسانه‌ها منتشر شد. تشكيل اين سازمان زيرنظر قوه قضاييه وجه متمايز اين طرح در مقايسه با ستاد مبارزه با مفاسد اقتصادي بود. همين مسئله شايد بيشترين بحث‌ها را در ميان قوا بر سر تشكيل اين سازمان رقم زد. اين طرح البته حمايت برادران لاريجاني رؤساي قواي مقننه و قضاييه را پشت سر خود دارد ولي نوبخت سخنگوي دولت معتقد است اين طرح تمركز ساختاري ايجاد مي‌كند.
روي انتقاد او شايد به ايجاد چنين تمركز ساختاري در قوه قضاييه است. آيت‌الله صادق آملي‌لاريجاني رئيس دستگاه قضا ابتداي تيرماه سال‌جاري و در روزهايي كه اخبار تكميل طرح به‌تدريج در رسانه‌ها منتشر مي‌شد، گفته بود: سازمان مبارزه با جرائم اقتصادي كار خوب و طرح مناسبي است و ما با اصلاحاتي آن را پذيرفتيم و اميدواريم كمك كند.
محمد دهقان، از نمايندگان طراح طرح در عين حال معتقد بود: بنده با قاطعيت عرض مي‌كنم كه ما متولي‌اي كه كار ويژه‌اش مبارزه با مفاسد اقتصادي باشد و كار ديگري جز مبارزه با مفاسد اقتصادي نداشته باشد تاكنون در كشور نداشته‌ايم. او تصريح داشت: متأسفانه تا الآن در كشور هيچ تشكل و سازماني مسئول مستقيم مبارزه با فساد نبوده كه به‌طور مثال مي‌توان به سازمان بازرسي كشور اشاره كرد كه نه مي‌تواند كار پليسي انجام بدهد و نه كار قضايي.
نمايندگان مجلس با وجود بحث و چانه‌زني‌هايي از اين دست در روز 24آذرماه با رسيدگي به طرح تشكيل سازمان مبارزه با مفاسد اقتصادي طبق اصل 85قانون اساسي موافقت كرده بودند. مجيد انصاري معاون امور مجلس رئيس‌جمهور در يك برنامه تلويزيوني با اشاره به اشكالات عديده محول كردن اين طرح به اصل 85قانون اساسي گفته بود: كدام ضرورت اقتضا مي‌كند قانون مهم مادري را كه به سرنوشت اقتصاد كشور بستگي دارد به كميسيون ارجاع داده شود.
اصل 85قانون اساسي مي‌گويد: مجلس نمي‌تواند اختيار قانونگذاري را به شخص يا هيأتي واگذار كند ولي در موارد ضروري مي‌تواند اختيار وضع بعضي از قوانين را با رعايت اصل هفتاد و دوم به كميسيون‌هاي داخلي خود تفويض كند، در اين صورت اين قوانين در مدتي كه مجلس تعيين مي‌كند به‌صورت آزمايشي اجرا مي‌شود و تصويب نهايي آنها با مجلس خواهد بود.
به اين ترتيب با موافقت نمايندگان مجلس، جزئيات اين طرح در كميسيون حقوقي و قضايي مجلس بررسي مي‌شود و پس از تصويب در اين كميسيون، براي تأييد به شوراي نگهبان ارسال و با تأييد شوراي نگهبان، تشكيل سازمان مبارزه با مفاسد اقتصادي به‌صورت آزمايشي آغاز مي‌شود.
ايده تشكيل سازمان مبارزه با مفاسد اقتصادي از مجلس هشتم كليد خورده و ديدگاه‌هاي كلي حاكم بر آن مبتني بر اين بود كه اصل در مبارزه با فساد اقتصادي بر شفاف‌سازي است و مقوله مبارزه با فساد اقتصادي بايد در يك سازمان واحد تجميع شود. محمدباقر نوبخت تصريح كرد: اين طرح نقص‌هاي زيادي دارد كه از معاونت مجلس رئيس‌جمهور مي‌خواهم حتما در مصاحبه مشروحي، نمايندگان رسانه‌ها را نسبت به نقصان‌ها و مشكلات اين طرح آگاه كند. تصور نكنيم هر چيزي كه هدف مقدسي دارد مانند مبارزه با مفاسد، به هر شكلي مي‌تواند انجام شود. اين سازماني كه در دستور كار است خودش مي‌تواند مشكلات ديگري ايجاد كند.
نوبخت در عين حال به سؤال همشهري مبني بر اينكه آيا دولت نسبت به خارج شدن مديريت اين سازمان از كنترل دستگاه اجرايي كشور نگران است پاسخ داد: براي ما اهميت ندارد كه صرفا دولت براي مبارزه با فساد باشد بلكه هر قوه‌اي مي‌تواند اين مبارزه را انجام دهد اما ما در اين زمينه نگراني‌هايي داريم.
سخنگوي دولت در ارزيابي خود نسبت به عملكرد ستاد مبارزه با مفاسد اقتصادي به رياست معاون اول رئيس‌جمهور به همشهري گفت: ستاد مبارزه با مفاسد اقتصادي عمده فعاليت‌هاي خود را معطوف به 2بخش كرد و به‌ويژه در آن بخش موفق عمل كرد كه آن بخش، مطالبات معوق بانكي و بخش دوم، مؤسسات پولي و مالي غيرمجاز بود. ستاد تا حدودي مصوباتش به‌ويژه در بخش مبارزه با مؤسسات غيرمجاز اجرايي شد و جلوي يك بحران را گرفت. مردم ويترين را مي‌بينند اما بانك مركزي خبر داد كه پشت ويترين اين بانك‌ها چه مي‌گذرد.