پدر ایشان از روحانیون نیکنام و بلند آوازه آن دیار، عالمی فرزانه، فقیهی روشن بین و عارفی مبارز و مردم گرا بود. آن مرحوم موسس مدرسه علمیه اردکان بودند و امامت جمعه شهرستان یزد را بر عهده داشتند.
سیدمحمد خاتمی دو برادر و چهار خواهر دارد. در سال ۱۳۵۳ با خانم زهره صادقی ازدواج کردند که ثمره این ازدواج دو دختر و یک پسر به نام‌های لیلا (۱۳۵۴)، نرگس (۱۳۶٠) و سید عمادالدین (۱۳۶۷) است.
تحصیلات ابتدایی، متوسطه و دبیرستانی ایشان در اردکان طی شد و در همه این سال‌ها جزء شاگردان ممتاز کلاس بودند.
در سال ۱۳۴٠ پیش از اخذ دیپلم به شوق تحصیل در علوم و معارف دینی، در حالیکه بخشی از مقدمات را در محضر پدر گرامی شان فرا گرفته بودند، رهسپار شهر قم شدند و در همان سال‌ها دیپلم متوسطه را نیز در رشته طبیعی دریافت داشتند.
سید محمد خاتمی ضمن حضور در مبارزات سیاسی حوزه در سالهای ۴۱ و ۴٢ به مدت چهار سال تحصیل در حوزه علمیه قم "مقدمات" و "سطح" را فراگرفته و در سال ۱۳۴۴ هجری شمسی برای تحصیل در رشته فلسفه به دانشکده ادبیات اصفهان راه یافتند و همزمان با آن، سطوح عالیه علوم دینی را در حوزه علمیه اصفهان ادامه دادند.
در سال ۱۳۴۸ هجری شمسی با درجه کارشناسی از دانشگاه اصفهان فارغ التحصیل شده و بدنبال آن و علیرغم داشتن شرایط اجتهاد برای معافیت از خدمت سربازی "بالاجبار به خدمت سربازی اعزام شدند".
در سال ۱۳۴۹ هجری شمسی در دوره کارشناسی ارشد علوم تربیتی دانشگاه تهران پذیرفته شدند و به ادامه تحصیل پرداختند و در حالیکه که امکان استفاده از بورس تحصیلی دوره دکترا در خارج از کشور از طرف دانشگاه تهران برایشان فراهم شده بود به شهرستان قم بازگشتند و طی چندین سال اقامت، با کوشش و جدیت مراحل دروس "خارج" "فقه و اصول" و دوره عالی فلسفه را در محضر آیات عظام و استادانی چون مرتضی حائری یزدی (قده)، وحید خراسانی، سید موسی شبیری زنجانی، شهید مرتضی مطهری (قده) و عبدالله جوادی آملی گذراندند.
همزمان با این ایام در دروس خصوصی شهید مطهری پیرامون فلسفه هگل و مارکسیسم و معارف و کلام شرکت می‌جستند.
آقای خاتمی که همواره دغدغه‌های شخصی خود را در زمینه معارف، علوم دینی، اجتماعی و فرهنگی پیگیرانه دنبال می‌کردند، نسبت به تالیف آثاری اهتمام کردند که حاصل آن دهها مقاله، گفتار و کتاب می‌باشد.
اهم فعالیت‌های سید محمد خاتمی:
- سال ۱۳۴٠: دروس حوزوی
- سال ۱۳۴۴: تحصیل در رشته کارشناسی فلسفه غرب در دانشگاه اصفهان
- سال ۱۳۴۷: عضو هیات مدیره انجمن اسلامی دانشگاه اصفهان
- سال ۱۳۴۸: اخذ درجه کارشناسی از دانشگاه اصفهان
- سال ۱۳۴۹: تحصیل در دوره کارشناسی ارشد علوم تربیتی دانشگاه تهران
- سال ۱۳۵٠: بازگشت به قم و ادامه دروس عالی حوزوی بمدت 7 سال تا بالاترین درجه تحصیلات حوزوی (اجتهاد - معادل دکتری)
- سال ۱۳۵۸: تصدی ریاست مرکز اسلامی هامبورگ
- سال ۱۳۵۹: یکسال پس از پیروزی انقلاب اسلامی نماینده مردم اردکان و میبد در مجلس شورای اسلامی
- سال ۱۳۶٠: سرپرست موسسه مطبوعاتی کیهان به فرمان امام خمینی (ره)
- سال ۱۳۶۱: وزیر فرهنگ و ارشاد اسلامی در کابینه مهندس میر حسین موسوی
- سال ۱۳۶۸: وزیر فرهنگ و ارشاد اسلامی در کابینه هاشمی رفسنجانی
- سال ۱۳۷۱: مشاور رییس جمهور و رییس کتابخانه ملی ایران
- سال ۱۳۷۱: آغاز تدریس در دوره‌های کارشناسی، کارشناسی ارشد و دکتری در دروس اندیشه سیاسی، فلسفه سیاست و اندیشه سیاسی در اسلام
- سال ۱۳۷۵: عضویت در شورای عالی انقلاب فرهنگی به فرمان مقام معظم رهبری
- سال ۱۳۷۶: ریاست جمهوری اسلامی ایران (دوره اول)
- سال ۱۳۸٠: ریاست جمهوری اسلامی ایران (دوره دوم)