البته حسب قانون اين تنها وظيفه كميسيون پزشكي نيست. تعيين ازكارافتادگي جانبازان و آزادگان، تعيين ميزان حق پرستاري، تشخيص تناسب مشاغل با وضعيت جسمي و روحي، تشخيص عدم توانايي جانبازان براي انجام كار تماموقت، تعيين ميزان مراقبت و نگهداري از جانبازان براي شاغلان دستگاهها، تشخيص شهادت جانبازان متوفي، تاييد مرخصي استعلاجي جانبازان، تاييد جانبازي رزمندگان فاقد مدارك، اعلام نظر درباره پست سازماني همطراز جانبازان، ورود به ميزان كسر ساعت جانبازان و اعلام نظر، تشخيص مصدومين شيميايي و پايش سلامت جانبازان شيميايي از جمله وظايفي است كه حسب قوانين و مقررات برعهده كميسيون پزشكي بنياد گذاشته شده است.
كميسيون پزشكي بهعنوان مهمترين واحد بنياد، نقش تعيينكنندهاي در افزايش يا كاهش هزينههاي بنياد داشته و در تعيين بودجه سنواتي بنياد مؤثرترين واحد است. به همين علت است كه همواره مديران عالي بنياد سعي دارند بهنوعي بر اين واحد مؤثر مديريت كرده و به هر نحو ممكن از بههمريختگي و اعمال سليقه در آن جلوگيري كنند؛ حتي اگر لازم باشد خود با اعمال سليقه و مديريت، آنرا در انجام وظايف محدود كنند. تصميمهاي كميسيون پزشكي علاوه بر تحميل بودجههاي سنگين بر ساير واحدهاي بنياد، خود نيز از مجموعههاي پرهزينه بنياد است كه شايد انگيزه استمرار تعيين درصد، ازكارافتادگي و تكرار اين امور خوشايند متوليان آن است و تمايل زيادي دارند تا به تكرار كميسيونها اقدام كنند.
با وجود اهميت كميسيون پزشكي و تأثير اساسي آن در ساختار، سازوكار، بودجه و ساير موضوعات بنياد، نبايد از يك نكته غافل شد كه كميسيون پزشكي فقط وظيفه تشخيصي دارد و حق ورود به ساير وظايف تخصصي واحدها را ندارد. به عبارتي منطبق با آييننامهها و استانداردهاي پزشكي تشخيص خود را ميدهد و به قبل و بعد و تأثير اين تشخيص ورود نميكند. رياست وقت بنياد در سال 18 وقتي دخالت كميسيون را طي نامه رسمي براي رسيدگي به احراز مشاهده كرد، صراحتا دستور داد: «احراز جانبازي مربوط به كميسيون پزشكي نيست. تشخيص اصل جانبازي فرد مربوط به معاونت تعاون سازمان است، ندا موضوع بايد به آن معاونت ارجاع شود. تشخيص و ابلاغ آن معاونت، ملاك بررسي در كميسيون پزشكي ميتواند باشد ولاغير.»
اگر كميسيون پزشكي به دنبال ورود به سياستگذاريهاي معيشتي بنياد باشد بايد احساس خطر كرد و آنرا انحراف از مسير دانست. اين انحراف ميتواند به ضرر ايثارگران يا به ضرر بنياد تمام شود؛ به اين معني كه يا حقوقي را از ايثارگران تضييع كند يا منافعي را بهناحق براي عدهاي ايجاد كند و موجب انحراف بودجه بنياد شود.
در سال88 گزارشي به رياست بنياد تقديم ميشود مبني بر اينكه درصد برخي جانبازان بهويژه جانبازان كارمند بنياد به صفر كاهش پيدا كرده و آنان به هيات تخلفات اداري معرفي شدند.