سال‌ها جنگ، نبود بازدیدکنندگان و محاصره رژیم صهيونيستي باعث شد بازنگهداشتن و حفظ سلامت حیوانات با مشکلات فزاینده روبرو شود و شمار حیوانات از ۴۴ به ۱۵ کاهش یابد.
صاحب این باغ‌وحش از خارج کمک خواست و یک برنامه تخلیه سازمان یافت. یک ببر، چندین میمون، ایمو (پرنده یزرگ بومی استرالیا)، یک خارپشت و سایر حیوانات تحت مراقبت دامپزشکی قرار دادند و به باغ‌وحش‌هایی در اردن، آفریقای جنوبی و سایر جاها منتقل کردند.
باغ وحش خان یونس که به نمایشگاه لاشه‌های مومیایی‌شده حیوانات تقلیل یافته بود اکنون تعطیل شده است.