نامه عذرخواهي دادستان پيشين تهران خطاب به مقام معظم رهبري، خانواده جانباختگان و ملت ايران نوشته شده و متن آن در رسانه‌ها منتشر شد.
در جريان انتقال 147بازداشتي حوادث پس از انتخابات سال 88 به كهريزك به دستور سعيد مرتضوي دادستان وقت تهران، فجايعي در اين بازداشتگاه رخ داد كه رهبر انقلاب از آن تعبير به جنايت كردند. با فوت 3بازداشتي در اين بازداشتگاه، عمق فاجعه علني شد.
مرتضوي و 2معاون وي حداد و حيدري‌فر يك‌بار در فاصله 8 اسفند 91 تا اول خرداد 92 در11جلسه دادگاه محاكمه شده بودند. گزارش خلاف واقع و معاونت در قتل به‌عنوان اتهامات سعيد مرتضوي به‌عنوان متهم رديف اول در اين پرونده عنوان شده بود.
مرتضوي از اين عناوين اتهامي خود تبرئه شده بود. جلسات دادگاه تجديدنظر او يك‌بار ديگر با شكايت عبدالحسين روح‌الاميني ولي دم يكي از جانباختگان كهريزك در شهريورماه از سر گرفته شد. مرتضوي روز يكشنبه در جلسه سوم دادگاه تجديد نظر، جانباختگان اين حادثه را شهيدان مظلوم خطاب كرد و در بند چهارم نامه‌اش نوشت: به‌عنوان دادستان وقت تهران در پيشگاه خداوند و وجدان خود از وقوع اين حادثه هولناك اگرچه خداوندباري‌تعالي عالم است در شكل‌گيري آن هيچ عمدي نبوده، ابراز شرمندگي مي‌كنم.
در گزارشي كه كميته ويژه رسيدگي به وضعيت بازداشت‌شدگان كهريزك در جلسه علني 20دي‌ماه 88 مجلس قرائت كرد تصريح شده بود كه انتقال 147نفر بازداشت‌شده حوادث 18تير 88 به كهريزك با دستور و اصرار دادستان وقت تهران (سعيد مرتضوي) صورت گرفته و دستگاه قضايي بايد پاسخگوي وقايع به‌وجود آمده باشد. گزارشي كه از سوي كاظم جلالي، سخنگوي وقت كميسيون امنيت ملي و سياست خارجي در مجلس قرائت شد.
مرتضوي اگرچه در دادگاه‌هاي اوليه خود كه اول خردادماه 92 به پايان رسيد گفته بود «در ايام تيرماه 88 به جهت دفاع از رساله دكتري مرخصي بودم و حضور نداشتم» اما در نامه اخير خود عبارت «و هيچ نقشي نداشته‌ام» را با خودكار قلم گرفته است. تبرئه شدن مرتضوي در پرونده شكايت اولياي دم 3جان‌باخته كهريزك با اعتراض خانواده روح‌الاميني مواجه شد. روح‌الاميني پدر يكي از قربانيان اعتراض كرده بود كه جالب است مرتضوي در بحراني‌ترين شرايط تيرماه 88 براي دفاع از پايان‌نامه‌اش به مرخصي مي‌رود و ما آثاري از تنبه، پشيماني و مسئوليت‌پذيري از سوي ايشان نديديم.
حالا اما پس از 7سال از آن وقايع تلخ در كهريزك، دادستان پيشين تهران در بند 2 نامه خود به دادگاه نوشته است: در رابطه با واقعه خونبار تيرماه 88 كه متعاقب فتنه بزرگ و توطئه پس از انتخابات رياست‌جمهوري به وقوع پيوست، رهبري معظم انقلاب به‌خاطر عمق فاجعه از آن به جنايت تعبير فرمودند به‌عنوان دادستان وقت عميقا ابراز تأسف و اعتذار مي‌نمايم و از مقام شهيدان مظلوم اين حادثه جوادي‌فر، روح‌الاميني و كامراني طلب پوزش كرده و علو درجات آنها را از خداوند بزرگ مسئلت مي‌كنم. اشاره مرتضوي به اظهارات رهبر انقلاب در شهريورماه سال 88 بود كه با اشاره به سخنان دانشجويان درباره لزوم پيگيري دستور رهبري در برخورد با مسئله كهريزك گفته بودند «در حوادث پس از انتخابات تخلفات و جناياتي صورت گرفته است كه به‌طور قطع با آنها برخورد خواهد شد» و «اين را شما بدانيد، هيچ‌گونه اغماضي از جرم و جنايت وجود نخواهد داشت.»
مرتضوي در نامه خود از جانباختگان سال 88 كهريزك با عنوان شهيد ياد كرده، اما محمد‌علي شهيدي رئيس بنياد شهيد و امور ايثارگران دي‌ماه سال92 درخصوص پرونده آنها در بنياد شهيد به خبرگزاري مهر گفته بود: اين موضوع پيش از اين از سوي خانواده اين افراد در دولت قبل درخواست شد و حتي پذيرفته شد ولي بعد از مدتي دوباره عنوان شهادت حذف شد و خانواده‌ها اعتراض كردند.
- واكنش وكيل خانواده روح‌الاميني به عذرخواهي مرتضوي
وكيل خانواده محسن روح‌الاميني جان‌باخته سال 88 در كهريزك درباره ادامه يا اتمام رسيدگي به اين پرونده بعد از نامه عذرخواهي سعيد مرتضوي متهم رديف نخست اين پرونده كه يكشنبه 21شهريور منتشر شد، گفت: پرونده در دست رسيدگي است و امكان رسانه‌اي‌شدن جزئيات وجود ندارد. ميرمجيد طاهري در پاسخ به اين پرسش كه آيا نامه عذرخواهي مرتضوي به‌معناي پايان رسيدگي به اين پرونده است، به خبرگزاري آنا گفت: پيگيري يا عدم‌پيگيري اين پرونده به رأي و نظر دكتر روح‌الاميني پدر محسن روح‌الاميني به‌عنوان ولي دم بستگي دارد.