بنای تأسیس بنیاد برکت، دستور آيت‌الله سيد علي خامنه‌اي به رییس ستاد اجرایی فرمان حضرت امام(ره)بود، که فرمودند: «در ذهنم حل مشکلات محرومین بوده است. مثلاً مشکلات هزار روستا را حل کنید. چه‌قدر خوب است هزار نقطه آباد شود یا هزار مدرسه در کشور ساخته شود، این دستگاه را برای این کار آماده کنید».
در همين راستا، در 20 آذر ماه سال 1386 توسط ستاد اجرایی فرمان حضرت امام(ره) تأسیس شد تا به عنوان مجموعه‌ای برای توانمندسازی اقتصادی و اجتماعی و انجام امور عام‌المنفعه، در مناطق محروم و کم‌تر توسعه‌یافته فعالیت كند.
منابع مالی اين بنياد از سوی ستاد اجرایی فرمان حضرت امام(ره) تأمین می‌شود و به منظور توسعه و توانمندسازی اقتصادی و کارآفرینی در مناطق محروم آغاز به کار کرد.
هدف گذاري اين بنياد بر روي مسائلي همچون توانمندسازی اقتصادی و کارآفرینی، توسعه‌ی فضاهای آموزشی از طریق تأسیس مدارس برکت، انجام امور زیربنایی، ساخت مراکز فرهنگی- مذهبی، توسعه‌ی خدمات بیمه‌ای، مالی و حمایتی، ساخت بیمارستان و افزایش دسترسی آحاد جامعه به‌ویژه هم‌وطنان ساکن مناطق محروم به خدمات بهداشتی و درمانی را شامل می‌شود.
ارایه‌ی خدمات به زوج‌های نابارور مناطق محروم، تکمیل و ساخت بیمارستان در مناطق محروم کشور، خدمات دانش‌بنیان و زیست محیطی، خدمات سلامت الکترونیک، بیمه‌ای، مالی و حمایتی از جمله فعاليت‌هاي اين بنياد است.