پس از آنكه هفته گذشته سازمان سنجش كشور فراخوان ثبت نام دوره دكتري 96را اعلام كرد، زمزمه‌ها در مورد اينكه تكليف دانشگاه آزاد در اين آزمون چه خواهد بود، آغاز شد.اگر چه سازمان سنجش از همان ابتدا اصرار داشت اين يك آزمون يكپارچه است اما عده‌اي از نمايندگان مجلس عدم‌تدوين و ابلاغ آيين‌نامه مربوط به قانون جديد برگزاري كنكور را كه امسال در مجلس شوراي اسلامي تصويب شده بود مانعي براي اجراي آن اعلام كردند. سرانجام اين دانشگاه آزاد بود كه با انتشار دفترچه‌هاي ثبت نام و اطلاعيه‌اي در اين زمينه تأكيد كردكه امسال اين آزمون را به‌صورت مستقل برگزار مي‌كند.
دانشگاه آزادي‌ها براي اينكه دست برتر خودشان را در اين اختلاف تازه نشان بدهند، تصوير حكم ديوان عدالت اداري را در اين زمينه منتشر كردند؛حكمي كه پس از شكايت شخص حميد ميرزاده رئيس اين دانشگاه از وزارت علوم، سازمان سنجش و شوراي سنجش و پذيرش دانشجو اعلام شده و حق برگزاري اين آزمون‌ها را به دانشگاه آزاد داد. پس از انتشار اين حكم سازمان سنجش با صدور اطلاعيه‌اي و تأكيد بر اينكه زمان سنجش آموزش كشور دفترچه ثبت‌نام دكتري را براساس قانون مجلس و مصوبات شوراي سنجش و پذيرش تحصيلات تكميلي منتشر كرده، اعلام كرد: « پس از اتخاذ تصميم توسط شوراي سنجش، پذيرش تحصيلات تكميلي و ساير مراجع قانوني، مراتب به‌طور رسمي تا چند روز آينده به اطلاع داوطلبان دانشگاه آزاد مي‌رسد. »
پس از اين اطلاعيه حتي شخص وزير علوم كه در دعواي قبلي دانشگاه آزاد و وزارتخانه‌اش بيشتر سكوت كرده و حتي از تعامل با دانشگاه آزاد سخن گفته بود، اين بار به ميدان آمد و تأكيد كرد كنكور دكتري سال 96 توسط وزارت علوم برگزار خواهد شد.
محمد فرهادي در اين درباره گفت: « بيش از 6ماه از تصويب قانون و ابلاغ مصوبه مجلس در اين زمينه مي‌گذرد و آزمون دكتري براساس اين قانون برگزار خواهد شد.خود قانون حالت آيين‌نامه‌اي دارد و ما در برگزاري آزمون تحصيلات تكميلي امسال براساس قانون عمل مي‌كنيم.» رئيس كميسيون آموزش مجلس نيز در واكنش به اين حكم گفت: «تأسف مي‌خوريم كه ديوان عدالت اداري حكمي را داده كه در صلاحيتش نبوده است، زيرا مصوبات شوراي انقلاب فرهنگي تصريح دارد در جاهايي كه مسائل آموزشي مرتبط با وزارت بهداشت و علوم است، ديوان حق دخالت ندارد؛ زيرا در تخصص آن نيست.»
البته برخي نمايندگان مجلس مانند سيدمصطفي ذوالقدر عضو كميسيون شوراها و امور داخلي مجلس هم اصرار دارند در اين اختلاف حق با دانشگاه آزاد است. حالا بايد چند روزي منتظر ماند تا سازمان سنجش با توجه به حكم ديوان عدالت اداري نظر نهايي را اعلام كند؛ آن وقت معلوم مي‌شود اين پرونده بسته خواهد شد يا دعوا را از آنچه هست جدي‌تر خواهد كرد؛ دعوايي كه نخستين و آخرين بازنده‌اش داوطلبان سرگردان كنكور هستند.