خط‌قرمزهايي كه محمود احمدي‌نژاد رئيس دولت‌هاي نهم و دهم براي اطرافيان خود تعيين كرده بود نزديك‌ترين نمونه مناقشه‌هاي رؤساي 2 قوه است. در آن زمان احمدي‌نژاد به بهانه حبس علي‌اكبر جوانفكر مشاور رسانه‌اي خود، موضوع بازديد از اوين را مطرح كرد اما آيت‌الله آملي لاريجاني در نامه‌اي محرمانه به رئيس‌جمهور وقت نوشت كه سركشي به زندان اوين به مصلحت نيست. با اين حال احمدي‌نژاد در نامه‌اي كه در رسانه‌ها منتشر شد خطاب به آملي لاريجاني نوشت:
در اصول قانون اساسي لزوم اجازه، موافقت يا مصلحت‌انديشي قوه قضاييه در اجراي وظايف قانوني رئيس‌جمهور پيش‌بيني نشده است. اين روايت مربوط به آبان سال 91 و آخرين روزهاي رياست‌جمهوري احمدي‌نژاد است. موضوع پرونده بابك زنجاني و اختلاف‌نظر 2رئيس قوه درباره اعدام اين متهم بزرگ نفتي بار ديگر مناقشه جديدي بين سران 2قوه رقم زده است؛ مناقشه‌اي كه پاي يكي از خط‌قرمزهاي رئيس‌جمهور را هم به اين جدل بازكرده است. 46 نماينده از رئيس‌جمهور خواسته‌اند حسين فريدون برادر خود را به قوه قضاييه معرفي كند.