ماده 54 اين قانون، وزارت جهادكشاورزي را مكلف كرده با همكاري سازمان ثبت اسناد و املاك كشور نسبت به رفع تداخلات ناشي از اجراي قوانين و مقررات موازي در اراضي ملي، دولتي و مستثنيات اشخاص اقدام و پس از رفع موارد اختلافي نسبت به اصلاح اسناد مالكيت و صدور اسناد اراضي كشاورزي اقدام كند. آيين‌نامه اجرايي تبصره يادشده توسط هيأت وزيران طي 10ماده به تصويب رسيد.
وزارت جهادكشاورزي معتقد است با اجراي اين قانون گامي بزرگ و تاريخي براي رفع تداخلات اراضي ملي، دولتي و مستثنيات كشاورزان كه ناشي از اجراي برخي قوانين و مقررات موازي بوده، برداشته شده و كاهش اختلافات ملكي باقيمانده در طول پنج دهه گذشته اتفاق مي‌افتد.
اخيرا در بند «س» ماده 48در بخش 9قانون برنامه ششم توسعه علاوه بر موارد قيد شده قبلي، تأكيد شده است كه «سالانه حداقل 10درصد در كليه موارد از جمله اراضي كه درخصوص آنها حكم قضايي صادر شده است» رفع تداخل صورت پذيرد.
برخي كارشناسان منابع طبيعي در سازمان جنگل‌ها، مراتع و آبخيزداري معتقدند فراز اخير اين ماده در لايحه تقديمي دولت نبوده و در جريان رسيدگي در كميسيون‌هاي مجلس محترم شوراي اسلامي و بدون اخذ نظرات كارشناسي و مشورتي دستگاه‌هاي ذيربط همچون سازمان جنگل‌ها، مراتع و آبخيزداري كشور، سازمان امور اراضي و سازمان ثبت اسناد و املاك كشور اضافه شده است.
تاكنون بالغ بر 80هزار فقره پرونده در قالب ماده واحده، منتج به رأي شده و هزاران پرونده ديگر نيز در دادگاه‌هاي بدوي و تجديد نظر، منجر به صدور رأي شده است و ورود مجدد به استناد بند «س» ماده 48قانون برنامه ششم عملا باعث ورود دوباره پس از مختومه شدن پرونده‌هاي داراي آراي قطعي مي‌شود. اين درحالي است كه ورود به اختلافات سابق ضمن صرف وقت و تحميل هزينه به بيت‌المال، موجب سردرگمي مجريان و دستگاه‌هاي اجرايي ذيربط در انجام وظايف‌شان مي‌شود و راه را براي ورود برخي افراد با هدف تصرف اراضي باز مي‌كند.
اين فراز مي‌تواند در مجامع كارشناسي به بحث گذاشته شود. هرچند اميد آن است كه نمايندگان محترم يا در نهايت شوراي محترم نگهبان با مداقه مجدد در آنچه در حال تصويب است اشكالات مطرح‌شده را درصورت احصا‍ء، مرتفع و در غيراين صورت با توضيح از آن رفع ابهام كنند.