منصور كبكانيان در واكنش به سخنان وزير علوم مبني بر اينكه دانش‌آموختگان رشته‌هاي فاقد مجوز دانشگاه آزاد بايد خودشان براي دريافت مدركشان اقدام كنند، به خبرگزاري فارس گفت:«براي تأسيس هر رشته مراحلي در آيين‌نامه‌ها پيش‌بيني شده كه چه در شوراي گسترش و چه در مراجع ذيربط وزارتخانه‌هاي علوم و بهداشت اين مراحل بايد طي شود.ما اميدواريم هيچ رشته‌اي در دانشگاه‌ها بدون طي شدن مراحل تصويب، راه‌اندازي نشود، البته اگر دانشجويان در سالي وارد شدند كه چنين قانوني نبوده است، بحث ديگري است.ما نامه‌اي را از دانشگاه آزاد و وزارت علوم داريم كه با هماهنگي مسئولان ذيربط در دستور كار قرار مي‌دهيم. براساس اين نامه سهم دانشجو در حوزه‌هاي مربوط به دانشگاه‌ها، دانشگاه‌هاي غيردولتي و دانشگاه‌هاي دولتي بايد آمايش شود.»
اما اگر مواردي باشد كه در چارچوب قانون وزارت علوم يا دانشگاه آزاد به نتيجه نرسد، چه بايد كرد؟ كبكانيان گفته كه در اين شرايط موضوع در ستاد نقشه جامع علمي بررسي مي‌شود اما بلافاصله تأكيد كرده هنوز اين مسئله به ما ارجاع نشده است.
- دود اختلاف در چشم دانش‌آموختگان
اختلاف نظر بين دانشگاه آزاد و وزارت علوم همچنان ادامه دارد و وعده‌هاي امروز و فردا ره به جايي نبرده و دانش‌آموختگان اين رشته‌ها نگران و متضرر هستند؛ درواقع دود ندانم كاري به چشم دانش آموختگان مي‌رود كه افزون بر صرف وقت فراوان ده‌ها ميليون تومان نيز هزينه كرده‌‌اند. درحالي‌كه گمانه زني مي‌شد اختلاف وزارت علوم و دانشگاه آزاد پس از نامه‌نگاري‌ها و وساطت برخي مسئولان پايان پذيرد ولي سخنان هفته گذشته وزير علوم حكايت از ادامه اختلاف‌ها داشت.
محمد فرهادي در جمع خبرنگاران درخصوص مدارك دانشگاه آزاد اينگونه توضيح داد: «مدرك تمام فارغ‌التحصيلان دانشگاه آزاد كه رشته‌هاي آنها مجوز قانوني و رسمي داشته، مورد تأييد وزارت علوم است.» اين پايان ماجرا نبود و آنطور كه خبرگزاري فارس نوشته وقتي خبرنگاران از وزير علوم درباره تأييد مدرك دانش‌آموختگان آن دسته از رشته‌هايي كه دانشگاه آزاد در سال 92بدون مجوز وزارت علوم راه‌اندازي كرد، پرسيدند اينطور واكنش نشان داد: «آنهايي كه غيرمجاز بودند، بايد خودشان اين مشكل را حل كنند». البته معلوم نيست مقصود وزير از اينكه «بايد خودشان اين مشكل را حل كنند»، چه كساني بوده؛دانشگاه آزاد يا دانش‌آموختگان؟ اين سخنان وزير علوم در حالي است كه وي آذر 94خطاب به دانشجويان دانشگاه آزاد گفت: «مشكل رشته‌هاي دانشگاه آزاد از طريق شوراي گسترش آموزش عالي حل مي‌شود و دانشجويان نگران مدركشان نباشند».
البته پيش‌تر و در شهريور94 رئيس‌جمهور در جلسه شوراي‌عالي انقلاب فرهنگي اعلام كرد: «تا پايان شهريور1395با هماهنگي وزارت علوم و دانشگاه آزاد اسلامي براي رشته‌هاي تحصيلات تكميلي فرصت بررسي و تكميل كادر هيأت علمي داده شود.» پس از اين جلسه محمدرضا مخبر دزفولي، دبير شوراي‌عالي انقلاب فرهنگي هم اعلام كرده بود در مواردي كه خواسته‌هاي وزارت علوم محقق نشده تا شهريور95به اين دانشگاه فرصت داده شده است. حالا شهريور 95هم آمده و رفته ولي اين پرونده هنوز و همچنان باز است.