باتوجه به وسعت سازمان‌ها و نهادهاي مشمول ماده2 قانون جامع، الحاق اين تبصره به‌طور معمول بخش وسيعي از ايثارگران را از اين تسهيلات محروم مي‌كند. در اين تبصره آمده است: دستگاه‌هاي مشمول ماده2 طبق قوانين و مقررات مربوط اقدام مي‌نمايند.
بخش وسيعي از سازمان‌هاي مشمول ماده2 قانون جامع تسهيلاتي براي اين موضوع ندارند و در قانون جامع، مقنن اين وظيفه را برعهده بنياد گذاشته بود كه با وجود تبصره و ايجاد تعارض در اجرا، بنياد مسئوليتي در قبال اين وظيفه قانوني نخواهد داشت.
فوق‌العاده ايثارگري ماده51 قانون جامع كه با پيگيري فراوان واجدين شرايط همچنان با مشكل در برخي دستگاه‌ها و در مورد برخي ايثارگران مواجه است، در اصلاحيه مذكور علاوه برآنكه نسبت به رفع مشكلات آن اقدامي صورت نگرفته، با مشكلات جديدتري مواجه شده است.
در ماده51 قانون جامع ميزان فوق‌العاده ايثارگري به ميزان مقطوع 25درصد حداقل حقوق كاركنان دولت بدون نياز به آيين‌نامه اجرايي به تصويب رسيده است، در حالي‌كه پيشنهاددهندگان به ظاهر با افزايش ميزان 25 درصد به حداكثر 30 درصد حداقل حقوق كاركنان دولت، اهدافي را در پشت اين پيشنهاد پنهان كرده‌اند. اولا تعيين حداكثر تا سقف 30درصد به‌اين معنا خواهد بود كه ايثارگران نسبتي از حداقل حقوق كاركنان دولت تا 30درصد را به عنوان فوق‌العاده ايثارگري دريافت مي‌كنند و اين مي‌تواند از درصدهاي پايين شروع و حداكثر به 30درصد ختم شود.
ثانيا پيش‌بيني آيين‌نامه اجرايي كه در مصوبه قبلي قانون نبوده است به‌همين منظور صورت گرفته و در آن آمده است: ميزان پرداخت در سقف تعيين شده، سازوكار پرداخت در دستگاه‌هاي مشمول قانون كار و تامين اجتماعي باتوجه به‌درصد جانبازي و اولويت ايثارگري در آيين‌نامه اجرايي به تصويب هيات وزيران مي‌رسد.
ثالثا در تبصره يك پيشنهادي، ايثارگران، از فوق‌العاده ايثارگري موضوع بند2 ماده68 قانون مديريت خدمات كشوري كه دريافت آن در استعلام از معاونت حقوقي رئيس‌جمهور بلامانع اعلام شده بود، محروم شده‌اند. رابعا مشكل بازنشستگان همچنان در اين پيشنهاد كه انتظار مي‌رفت مدعيان اصلاحات قانون جامع كه خود را از كارشناسان اين موضوع مي‌دانستند، مرتفع شود، همچنان به قوت خود باقي و تكليف آنان در دريافت فوق‌العاده ايثارگري همچنان مبهم مانده است.
پيشنهاددهندگان اصلاحات قانون جامع بدون درنظر گرفتن تاخروتقدم قوانين، ماده56قانون جامع را به طرز ناشيانه‌اي اصلاح كرده‌اند. در قانون مصوب عبارت صددرصد حقوق و فوق‌العاده شغل و ساير فوق‌العاده‌ها اعم از مستمر و غيرمستمر شاهد، جانبازان و آزادگان از ماليات معاف شده بود. غفلت تنظيم‌كنندگان اين مصوبه باعث شده بود لفظ خانواده از ابتداي شاهد حذف شود و تنها اصلاحيه مورد نياز در اين ماده افزودن لفظ خانواده به ابتداي عبارت بود. پيشنهاددهندگان اين لفظ را به ابتداي عبارت افزوده‌اند ولي در كمال تعجب جانبازان و آزادگان را از آن حذف كرده‌اند. البته شايد تصور آنان اين بوده كه در قانون ماليات، جانبازان و آزادگان در اصلاحات سال 80 اين قانون به معاف شوندگان اضافه شده‌اند و ديگر نيازي به ذكر آنان نيست، لكن نمي‌دانند با اين اقدام چه مشكلي را بر سر راه جانبازان و آزادگان خواهند گذاشت و مجريان را با قانون موخري مواجه مي‌كنند كه نام جانبازان و آزادگان را از معاف‌شدگان ماليات حذف كرده است. آيا تصويب قانون جامع ايثارگران به‌عنوان يك قانون خاص اين تسهيلات جانبازان و آزادگان را با چالش مواجه نخواهد ساخت؟ اگر اين اقدام از روي جهل و غفلت صورت گرفته باشد، آيا نبايد صلاحيت اصلاح‌كنندگان قانون جامع مورد ترديد قرار گيرد؟ موضوعي كه بيش از 15 سال از سابقه تصويب آن توسط مجلس مي‌گذرد چگونه مورد بي‌مهري كارشناسان بنياد در اصلاح قانون جامع قرار مي‌گيرد؟
از نكات قابل‌تامل ديگر موضوع اعاده به‌خدمت بخشي از ايثارگران در دستگاه‌هاي اجرايي است كه از سال‌هاي گذشته حسب قوانين و بدون نياز به تهيه آيين‌نامه اجرايي و با راي كميسيون ماده 16 رسيدگي به شكايات ايثارگران اقدام مي‌شده است. پيش‌بيني آيين‌نامه در پيشنهادات اصلاح‌كنندگان نوعي مديريت بر امكان اعاده به‌خدمت ايثارگران در دستگاه‌هاي مشمول ماده2 قانون است. ايجاد محدوديت در موضوع اعاده به خدمت مي‌تواند اين امتياز را در كنترل سازمان‌هايي قرار دهد كه از گذشته با اعاده به خدمت ايثارگران در سازمان‌ها و دستگاه‌ها مخالف بودند.