این تیم در سال 1327 با کمک حکیم شوشتری در اهواز تاسیس شد. این تیم یکی از مشتقات باشگاه تاج تهران (استقلال امروزی) بود و تاج اهواز خوانده می‌شد.
از همان ابتدا هم این تیم توانست گروهی از بازیکنان خوب خوزستانی را جذب خود کند.
در سال 1352 این تیم امتیازهای لازم برای حضور در لیگ تخت جمشید را به دست آورد اما چون در قوانین ذکر شده بود که با یک نام مشترک تنها یک تیم می‌تواند در لیگ حضور یابد، تاج تهران در لیگ شرکت کرد و تاج اهواز از حضور در آن باز ماند.
- زندگینامه مربیان فوتبال ایران | زندگینامه فوتبالیست‌های ایران | پرافتخارترین مربیان لیگ فوتبال ایران
پس از انقلاب این تیم نامش را به استقلال اهواز تغییر داد. جنگ تحمیلی سبب شد باشگاه از رونق بیفتد.
در سال 1370 این تیم توانست در جام آزادگان حضور یابد و دو تیم استقلال اهواز و استقلال تهران اجازه یافتند همزمان در لیگ‌برتر حضور داشته باشند.
رنگ لباس اول این تیم آبی و لباس دوم آنها سفید است.
این باشگاه هم اکنون در لیگ دسته دوم بازی می‌کند. بزرگترین دستاورد این باشگاه نایب قهرمانی در لیگ برتر فوتبال ایران ۸۶-۱۳۸۵ می‌باشد.