به گزارش ايرنا، در نامه علی مطهری به دبیر شورای نگهبان آمده است: همان طور که مستحضر هستید اخیرا و بعد از رحلت مرحوم آیت‌الله هاشمی رفسنجانی مجمع تشخیص مصلحت نظام فهرست مغایرتهای مصوبات مجلس با سیاستهای کلی نظام را برای شورای نگهبان ارسال می کند و این شورا آن‌چنان که در مورد برنامه ششم توسعه دیده شد بدون آنکه خود صحت و سقم این مغایرت‌ها را در مورد هر مصوبه بررسی و اظهار نظر کند که آیا ایراد مجمع وارد است یا نه، آن فهرست را یکجا به مجلس می فرستد و می گوید این مصوبات خلاف بند 1 اصل صد و دهم قانون اساسی و در نتیجه مغایر با شرع است. چند نکته قابل ذکر است:
این یک بدعت در کار شورای نگهبان است چون اگر هر یک از موارد ارجاعی از سوی مجمع به شورای نگهبان مورد بحث قرار گیرد و درباره آن رای گیری شود ممکن است شورا برخی از آن‌ها را وارد نداند و از دستور خارج و زحمت مجلس کم شود. مجلس در مسیر قانون گذاری خود فقط با یک نهاد طرف است و آن شورای نگهبان است.
در آیین نامه نظارت بر اجرای سیاستهای کلی نظام که به امضای مقام رهبری رسیده، آمده است که در جریان بررسی طرح‌ها و لوایح در مجلس، نماینده مجمع تشخیص مصلحت نظام باید در کمیسیون مربوط حاضر شود و مغایرتهای طرح یا لایحه را با سیاستهای کلی اعلام کند، تصمیم گیری با مجلس است. این در حالی است که نماینده یا نمایندگان مجمع در بررسی لایحه برنامه ششم توسعه در کمیسیون تلفیق برنامه حضور پیدا نکردند و طبعا ارسال یکباره فهرست مغایرت‌ها به شورای نگهبان خلاف این آیین نامه بوده است.
این که مصوبه‌ای مخالف سیاستهای کلی باشد به این معنی نیست که مخالف شرع است، حداکثر با استناد به اصل صد و دهم، مخالف قانون اساسی است. نمی‌توان گفت چون این سیاست‌ها به امضای مقام رهبری رسیده، پس مخالفت با آن مخالفت با ولیّ فقیه و در نتیجه مخالفت با شرع است. ممکن است مجلس با دلایل کارشناسی و رعایت مصلحت‌ها یک ماده قانونی را مخالف این سیاست‌ها نداند و مجمع تشخیص مخالف بداند. در اینجا اگر شورای نگهبان پس از بررسی و رای گیری، نظر مجمع را تایید کرد، ایراد خود را به مجلس اعلام می‌کند. بی‌جهت پای شرع را به میان نیاوریم.
«امیدوارم از این پس اگر مجمع تشخیص مصلحت نظام فهرست مغایرتهای مصوبات مجلس با سیاستهای کلی را برای شورای نگهبان ارسال می‌کند، این شورا نظر خود را درباره این مغایرت‌ها به تفکیک بیان کند تا مجلس به رفع ایراد بپردازد.»
« آنچه که در آیین نامه نظارت بر اجرای سیاستهای کلی با تعبیر ' اعمال این سیاست‌ها توسط شورای نگهبان' آمده به همین معنی است، نه این که شورا فهرست ارسالی از سوی مجمع را بدون بررسی به مجلس بفرستد و مصوبات مربوط را خلاف شرع بنامد. در این صورت دو شورای نگهبان خواهیم داشت، یکی برای تطبیق با قانون اساسی و شرع و دیگری برای تطبیق با سیاستهای کلی نظام. این را نه قانون اساسی و نه هیچ عقل سلیمی می‌پذیرد، علاوه بر این که مجلس نیز از این جهت به یک موجود مجبور تبدیل می‌شود.»