اگر چه بعد از تغيير رياست دانشگاه به نظر مي‌رسد اين مباحث كمتر از گذشته مطرح مي‌شود و اظهارات مسئولان وزارت علوم نيز به تندي قبل نيست اما مديران دانشگاه آزاد آنچه را پيش‌تر گفته بودند، تكرار مي‌كنند: «همه رشته‌هاي ما مجوز دارند.»
تازه‌ترين اظهارنظر در اين زمينه مربوط به روز گذشته مي‌شود كه سخنگوي اين دانشگاه درپاسخ به اين سؤال كه آيا اختلافي ميان دانشگاه آزاد اسلامي و وزارت علوم در دفترچه انتخاب رشته آزمون دكتري سال ۹۶ اين دانشگاه بروز كرده، گفت: «اين مسئله از آنجا نشأت گرفته كه ما براساس توافق ميان وزارت علوم و دانشگاه آزاد اسلامي از سال ۱۳۹۳ به صورت سالانه و به‌عبارتي موقت اقدام به دريافت مجوز براي رشته‌ها مي‌كرديم تا فرآيند زمانبر تصويب رشته‌ها كه در سال‌هاي قبل مسئله‌ساز شده بود به سرانجام برسد.ما از سال ۹۳ تا ۹۶ براي هر سال مجوز كتبي جداگانه از وزارت علوم داريم مبني بر اينكه تمام پذيرش‌ها مورد تأييد است؛ بنابراين ما هيچ رشته فاقد مجوزي نداريم.» نكته مهم اين است كه اين اظهارات مجتبي علوي فاضل را سايت رسمي شوراي عالي انقلاب فرهنگي گزارش كرده است؛ نهادي كه مرجع نهايي اختلاف بين وزارت علوم و دانشگاه آزاد هم شناخته مي‌شود.
در گزارش اين سايت به نقل از علوي فاضل آمده است:«خود ما مميزي و ارزيابي‌هايي از رشته‌هاي دانشگاه داريم و به‌عنوان مثال براي سال۹۵ پذيرش برخي رشته محل‌ها را كه در سال۹۴ به شكل مشروط مجوز پذيرش يك دوره دانشجو به آنها داده بوديم، لغو كرديم اما دفترچه سال۹۶ تفاوتي با دفترچه سال۹۵ ندارد. البته برخي اشتباهات در مرحله تأييد دفترچه امسال وجود داشت كه ناشي بود از عدم توجه به مجوزهاي قبلي پذيرش دانشجو در برخي رشته‌ها كه مربوط به سال‌هاي قبل يعني حدود ۱۰سال پيش يا بيشتر مي‌شد. البته دوستاني كه مسئوليت بررسي مجوزها را داشته‌اند فقط مجوزهاي چند سال اخير را مورد توجه قرار داده بودند و به همين دليل برخي موارد حذف شده بود كه با توضيح ما اين رشته‌ها مجددا به دفترچه افزوده شد كه جاي تشكر از همكاران حوزه معاونت آموزشي وزارت علوم دارد.»
او بعد هم تأكيد كرده آنچه براي دانشجويان نگراني ايجاد كرده، طرح برخي حرف‌هاي متناقض از سوي خبرگزاري‌ها و با نگاه و هدفي خاص بوده كه منجر به تشويش ذهن متقاضيان شده است.تأييد رشته‌هاي دانشگاه آزاد در 3سال گذشته مهم‌ترين اختلاف وزارت علوم و دانشگاه آزاد بود و آنقدر بالا گرفت كه مرحوم آيت‌الله‌هاشمي رفسنجاني در نامه‌اي به رئيس‌جمهور از وزارت علوم در اين زمينه گلايه كرد.