سيدحسن خميني كه خودش عضو هيأت مؤسس و هيأت امناي دانشگاه آزاد اسلامي است در نامه خود به حسن روحاني نوشته است: «به‌نظر اينجانب روند عزل برادرمان جناب آقاي ميرزاده از وجاهت قانوني برخوردار نيست و حداقل آن است كه شبهه غيرقانوني بودن آن بسيار قوي است. همچنين نصب سرپرست نيز بدون رأي‌گيري در هيأت امنا بوده است. ورود حضرتعالي در مسئله حتما مفيد و راهگشا خواهد بود.» اين نامه كوتاه بلافاصله بحثي كه در همان روزهاي عزل ميرزاده و ايام پرخبر انتخابات به‌صورت محدود مطرح شده بود را دوباره داغ كرد تا اين بار موافقان و مخالفانش مفصل‌تر از گذشته اظهارنظر كنند.
- نخستين واكنش‌ها
بازتاب نامه سيدحسن خميني بيشتر در فضاي مجازي و شبكه‌هاي اجتماعي بود. هرچند عده‌اي نسبت به او اين پرسش را مطرح كردند كه خودش براساس چه توانمندي‌هايي در اين جايگاه قرار گرفته اما عمده كاربران ضمن استقبال از اين نامه از او بابت تازه كردن بحثي كه در انتخابات فراموش شده بود، تشكر كردند. اما در فضاي رسمي تقريبا هيچ اظهارنظري جدي همسو با آنچه حسن خميني مطرح كرده بود، مطرح نشد و در برابر اين رئيس هيأت مؤسس دانشگاه آزاد بود كه به ميدان آمد و در اظهارنظري شفاف و صريح دليل تغيير ميرزاده را تخلف‌هاي مالي اعلام كرد.
علي‌اكبر ولايتي كه پس از فوت آيت‌الله هاشمي‌رفسنجاني و در نخستين روز از بهمن سال گذشته به اين سمت منصوب شده، در گفت‌وگويي افشاگرانه با كيهان از فساد مالي ميرزاده و گروهي ديگر در اين دانشگاه سخن گفت و توضيح داد: «ابتدا تلاش من بر آن بود كه به صورت مسالمت‌آميز اين معضلات حل شود. لذا به آقاي ميرزاده رئيس دانشگاه آزاد اسلامي بابت فسادهاي مالي موجود در دانشگاه آزاد تذكراتي داده شد. اين فسادهاي مالي از زمان حيات مرحوم آيت‌الله هاشمي‌رفسنجاني مطرح شده بود و قرار بود ايشان عزل شود. وقتي آيت‌الله هاشمي گزارش اين مفسده‌ها را شنيده گفته بود كه برخورد با فرد مورد نظر پس از انتخابات صورت گيرد.» ولايتي مشكل اصلي ميرزاده را دخالت فرزندان او در انعقاد قراردادهاي مالي كلان اعلام كرد و گفت: «مثلا فرزند آقاي ميرزاده از برخي روساي واحدها خواسته است كه با شركت خاصي قرارداد انعقاد كنند و آن فرد زيربار نرفته و مغضوب آقاي ميرزاده قرار گرفته است. گزارش‌هاي متعدد و مستدل مبني بر اين فسادها موجود است.»
او بعد هم به فرايند عزل ميرزاده اشاره و تأكيد كرد كه بركناري او از اين سمت كاملا براساس قوانين بوده است. اما ساعاتي پس از انتشار اين گفت‌وگو ميرزاده نيز براي ولايتي جوابيه‌اي ارسال كرد و ضمن دعوت از او براي انتشار اسناد فساد مالي خواستار مناظره شد. رئيس سابق دانشگاه آزاد اسلامي ضمن تكذيب جزئياتي كه ولايتي درخصوص اجبار به انعقاد قرارداد با برخي شركت‌ها اعلام كرده بود، گفت: «به آقاي دكتر ولايتي در مورد دخالت فرزندان اينجانب در امور دانشگاه و اعلام دخالت آنها در قراردادهاي كلان دانشگاه اعلام كرده‌اند كه اسناد آن موجود است و فسادهاي مديريت دانشگاه ثابت شده است؛ اولا از آقاي دكتر ولايتي مي‌خواهم اسناد اين فسادهاي ادعايي را به اطلاع عموم برسانند و ثانيا بنده پيشنهاد مي‌دهم ايشان و اينجانب در حضور مديران دانشگاه و مدعيان و ارباب جرايد و اصحاب رسانه‌هاي جمعي مناظره‌اي در سالن فرهيختگان دانشگاه در سازمان مركزي داشته باشيم تا معلوم شود آيا اين مواردي كه مطرح كرده‌اند واقعيت دارد يا ساخته و پرداخته آن دسته از رؤسا و مديران واحد‌هايي است كه به‌دليل فساد مالي و تخلفات اداري و آموزشي بركنار شده‌اند.»
حالا معلوم نيست اين بحث كه بيشتر سياسي به‌نظر مي‌رسد تا دانشگاهي، چه زماني به پايان برسد و چه نتيجه‌اي داشته باشد، اما هر‌چه هست احتمالا براي دانشجويان دانشگاه آزاد چندان اهميتي ندارد. آنها دغدغه‌هايي مثل تعيين‌تكليف نشدن مجوز برخي رشته‌ها، شهريه‌هاي بالا و كيفيت آموزش را دارند.