آبان95بود كه زمزمه‌هاي انحلال پژوهشگاه شاخص پژوه شنيده شد، وزارت علوم ابتدا سكوت كرد و سرانجام اسفند 95با لغو مجوز اين مركز، رسما انحلال آن را اعلام كرد. وزارت علوم علت لغو مجوز پژوهشگاه شاخص پژوه را «مستندات دريافتي از مركز نظارت و ارزيابي آموزش عالي، مكاتبات سازمان بازرسي كل كشور و بررسي‌هاي به‌عمل آمده و مصوبه جلسه شماره 895شوراي گسترش آموزش عالي» اعلام كرد.
در اين نامه لغو مجوز تصريح شده كه براي تعيين تكليف وضعيت دانشجويان پژوهشگاه كه از مجاري قانوني و رسمي پذيرش شده‌اند، مستندات مربوط به عملكرد آموزشي و پژوهشي آنها را ظرف يك هفته از تاريخ ابلاغ رسما به اين معاونت ارسال كنيد. باوجود گذشت 5ماه از اعلام انحلال پژوهشگاه شاخص پژوه، هنوز دانشجويان، اعضاي هيأت علمي و كاركنان اين مركز تعيين تكليف نشده‌اند و جمعي از اين افراد با تجمع در مقابل وزارت علوم با اعتراض به بلاتكليفي، اطلاعيه يكم مرداد وزارت علوم در اين‌باره را «مبهم» اعلام كردند.
- گلايه دانشجويان
يكي از دانشجويان پژوهشگاه شاخص پژوه در اين‌باره به همشهري گفت:« اطلاعيه اول مرداد[3روز پيش] وزارت علوم بر ابهامات پيشين افزود و هيچ راه‌حل منطقي براي حل تعيين تكليف دانشجويان دربر نداشت و مسئولان وزارت علوم نيز پاسخ روشني در اين‌باره نمي‌دهند.» يكي ديگر از دانشجويان هم در توضيح اين مشكل گفت:
«ما با تأييد وزارت علوم در مقاطع تحصيلي كارشناسي ارشد و دكتري طي سال‌هاي 91تا 93در اين مركز مشغول به تحصيل شده‌ايم و اكنون كه در مراحل پايان تحصيلات هستيم با انحلال پژوهشگاه روبه‌رو شده‌ايم. اكنون پس از متحمل شدن هزينه‌هاي مالي و گذشت چند سال از عمر خويش بلاتكليف و سرگردان هستيم.»
دانشجويان، كاركنان و اعضاي هيأت علمي پژوهشگاه مهندسي بحران‌هاي طبيعي شاخص پژوه اصفهان از مسئولان وزارت علوم، اعضاي شوراي‌عالي انقلاب فرهنگي و نمايندگان عضو كميسيون آموزش و تحقيقات مجلس خواستار بررسي و رسيدگي به انحلال اين مركز و تعيين تكليف خود شدند.پژوهشگاه خصوصي شاخص پژوه از سال91با قراردادي بين روساي وقت دانشگاه اصفهان و اين مؤسسه آغاز شد.
مهم‌ترين قرارداد بين دانشگاه و اين مؤسسه مشاركتي مدني بود كه در سال 92امضا شد تا زميني در اختيار اين مؤسسه قرار داده شود و با ساخت 4بلوك به‌مدت30سال در دانشگاه اصفهان
فعاليت كند.
- ماجراي دانشجويان پولي
دانشجويان پژوهشگاه شاخص پژوه 2گروه هستند، دانشجوياني كه از مجاري قانوني پذيرش شده‌اند مشكلي ندارند و آنطور كه يكي از مسئولان وزارت علوم چندي پيش به باشگاه خبرنگاران جوان گفته، به دانشگاه‌هاي ديگر منتقل مي‌شوند و براي دانشجوياني كه رشته تحصيلي آنها در ساير دانشگاه‌ها داير نيست مواردي مشابه آن درنظر گرفته مي‌شود تا به ادامه تحصيل در مقطع دكتري مشغول شوند و وزارت علوم پيگير وضعيت اين دانشجويان است.
اين منبع آگاه در وزارت علوم اظهار كرد: «افرادي كه از طريق ديگري به جز كنكور پذيرش شده و روند قانوني را طي نكرده‌اند، پس از انجام بررسي‌ها، نتايج آن به‌زودي اعلام مي‌شود و تعيين تكليف آنها فراموش نشده است.»
روابط عمومي وزارت علوم نيز پيش‌تر از ثبت‌نام‌شدگان در اين پژوهشگاه خواست تا مدارك ثبت نام را براي بررسي به اين وزارتخانه تحويل دهند.البته علي آهون‌منش، رئيس اتحاديه دانشگاه‌هاي غيرانتفاعي پس از انحلال اين مؤسسه به باشگاه خبرنگاران گفت: «كميسيون تخلفات وزارت علوم با بررسي‌هاي لازم در نهايت رأي به انحلال مؤسسه شاخص‌پژوه به‌خاطر تخطي از مقررات و قوانين اين وزارتخانه داده است.» اعتراض اين دانشجويان به بلاتكليفي‌شان همچنان ادامه دارد.آيا وزارت علوم به اين سرگرداني و بلاتكليفي پايان خواهد داد؟!
- مجوز؛ريشه مشكلات
ابهام قانون در زمينه صدور مجوزها دردسرهاي زيادي در حوزه‌هاي مختلف ايجاد كرده است. گاهي يك نهاد يا سازمان با در انحصار گرفتن مجوزها، حقوق عادي شهروندان مانند كسب و كار يا تحصيل را محدود مي‌كنند.اختلاف دستگاه‌هاي مسئول در صدور مجوزها همچنين باعث ايجاد دردسرهايي براي شهروندان شده است.
پژوهشگاه شاخص پژوه نيز با مجوز وزارت علوم راه‌اندازي شده و حالا دانشجوياني كه پول و عمرشان را در اين زمينه گذاشته‌اند، بلاتكليف هستند.در يك نمونه ديگر تعدادي از دانشجويان دانشگاه آزاد نيز در همين موضوع مجوزها، قرباني اختلاف اين دانشگاه و وزارت علوم شده‌اند.