سازمان ميراث فرهنگي يكي از مخالفان جدي جانمايي خطوط متروي اصفهان بود و معتقد بود اين اقدام منجر به ايجاد لرزه در اندام آثار تاريخي اين شهر در ميدان نقش جهان و پل‌هاي تاريخي اصفهان مي‌شود. اما مديريت شهري اصفهان معتقد بود كه مترو نياز اصلي شهر اصفهان است و بايد با انجام فعاليت‌هاي كارشناسي كه به آثار تاريخي نيز لطمه نزند، اصفهان صاحب مترو شود.
چالش بر سر راه‌اندازي خط متروي چهارباغ عباسي حتي به يونسكو نيز كشيد و همين يك‌ماه پيش در چهل و يكمين نشست كميته ميراث جهاني يونسكو در كراكوف لهستان كه يزد را به ثبت جهاني رساند، گزارش‌هايي در مورد متروي اصفهان و عبور خط مترو از زير محوطه‌هاي تاريخي ثبت جهاني‌شده اين شهر خوانده شد. محمد‌حسن طالبيان، معاون ميراث فرهنگي كه در اين نشست حضور داشت در همان جلسه اعلام كرد كه براساس توافقات صورت گرفته با مديريت شهري اصفهان، عبور مترو از زير ميدان نقش جهان اصفهان منتفي شده است. او همچنين اعلام كرد كه در مورد خطوط ديگر مترو در شهر اصفهان ازجمله خط متروي چهارباغ عباسي نيز پايش و كنترل عبور مترو انجام مي‌شود تا اثر منفي بر آثار تاريخي نداشته باشد.
آنطور كه معاون ميراث فرهنگي گفته بود، در نشست يونسكو پيشنهاد شد تا گروه چندرشته‌اي درباره متروي اصفهان و تأثير آن بر آثار تاريخي ثبت جهاني‌شده اين شهر گزارش دقيق خود را در فواصل منظم براي ميدان نقش جهان ارائه كند تا اين گزارش تا پيش از فوريه ۲۰۱۸ به يونسكو ارسال شود.
به‌رغم اين اظهارات، ديروز فريدون الهياري، رئيس اداره ميراث فرهنگي، صنايع‌دستي و گردشگري استان اصفهان اعلام كرده است كه ارتعاشات عبور قطار شهري در محدوده چهارباغ عباسي كمتر از حد متعارف بوده و همه‌چيز براي حركت قطار شهري اصفهان از زير چهارباغ عباسي آماده است. او در شرايطي اين خبر را اعلام كرده است كه هنوز سيستم‌هاي لرزه‌نگاري در مناطق مشخص شده توسط كارشناسان ميراث فرهنگي نصب نشده است تا امكان پايش مداوم آثار تاريخي در مسير متروي خط يك اصفهان فراهم شود.
مسئولان ميراث فرهنگي استان اصفهان از يك‌ماه پيش به‌طور دائم اعلام كرده‌اند كه بهره‌برداري از خط يك متروي اصفهان در چهارباغ عباسي نيازمند پايش و مانيتورينگ بناهاي تاريخي قرار گرفته در محدوده تاريخي چهارباغ عباسي است و هنوز از نصب دستگاه‌هاي لرزه‌نگار براي انجام مانيتورينگ بناهاي تاريخي در مسير اين خط مترو خبري نشده است؛ درحالي‌كه نصب دستگاه‌هاي پايش و مانيتورينگ براي مستندنگاري ارتعاشات ناشي از حركت قطار شهري بر بناهاي تاريخي در طول مسير پيش‌از راه‌اندازي خطوط متروي اصفهان ضروري است. الهياري مي‌گويد: بايد سنسورها توسط شهرداري و سازمان قطار شهري به‌طور كامل نصب شوند تا امكان پايش و مانيتورينگ دائم ايجاد شود و پس از آن ميراث فرهنگي و مديران شهري نظارت‌هاي لازم را برعهده بگيرند.
- گزارش لحظه به لحظه پايش متروي اصفهان به يونسكو مي‌رود
محمد حسن طالبيان، معاون ميراث فرهنگي كشور درگفت‌وگو با همشهري با اعلام اينكه موضوع خط 2متروي اصفهان كه از زير ميدان نقش جهان عبور مي‌كرد با اعتراض شديد سازمان ميراث فرهنگي منتفي شد، گفت: قرار است اين خط ميدان نقش جهان را دور بزند تا آسيبي به اين اثر ثبت جهاني شده ايران نرسد. او در مورد متروي خط يك اصفهان كه از چهارباغ عباسي و سي و سه پل عبور مي‌كند، تصريح كرد: بيش از يك ماه قبل ناظر ميراث فرهنگي در اين پروژه كه دانشگاه علم و صنعت است در نامه‌اي به سازمان ميراث فرهنگي اعلام كرد كه تعهدات شهرداري اصفهان درخصوص سيستم پايش و مانيتورينگ هنوز اجرايي نشده است و بنده نيز بلافاصله اين نامه را به شهرداري اصفهان ارجاع دادم تا تعهداتي كه اجرايي نشده است به سرعت عملياتي شود. طالبيان با تأكيد بر اينكه در گزارش ناظر سازمان ميراث فرهنگي - دانشگاه علم و صنعت - در بحث پايش مترو مواردي وجود دارد و ما نيز از ناظر خواسته‌ايم پيگير اجرايي شدن تعهدات ديگر باشد. وي با اشاره به اينكه پس از اجرايي شدن تعهدات بر زمين مانده، ناظر سازمان ميراث فرهنگي بايد مسير مترو را دوباره چك كند تا بحث پايش مترو و آثار تاريخي نهايي شود، گفت: مجريان خط يك و دو متروي اصفهان بايد به‌طور مداوم گزارش فعاليت‌هاي پايشي را به سازمان ميراث فرهنگي ارائه كنند تا اين گزارش‌ها بار ديگر براي يونسكو ارسال شود و آنها مطمئن شوند كه خطري ميراث تاريخي ايران را تهديد نمي‌كند.