پس از اعلام نتايج جمعي از داوطلبان كنكور۹۶ در اعتراض به نتايج مقابل سازمان سنجش آموزش كشور تجمع كردند. رئيس سازمان سنجش آموزش كشور در اين‌باره گفت: برخي داوطلبان به سازمان سنجش مراجعه كردند كه هريك درخواست‌هاي متفاوتي داشتند.معمولا در اين نوع اعتراض‌ها نگاه داوطلبان به مؤسسات به‌ويژه مؤسسات خاص است كه با اطلاعات غلط داوطلبان را به اشتباه مي‌اندازند كه توضيحات لازم به آنها ارائه شد.
به گفته ابراهيم خدايي، بخشي از اعتراضات هم مربوط به گروه علوم تجربي درخصوص پذيرش رشته‌هاي پزشكي، دندانپزشكي و داروسازي بود كه توضيحات لازم داده شد.وي با بيان اينكه كارنامه داوطلبان كنكور امسال، فردا منتشر مي‌شود، توضيح داد:اعتراضات همانند سال‌هاي گذشته طبيعي و نرمال است. داوطلبان بعد از رؤيت كارنامه خود مي‌توانند درخواست يا اعتراض خود را از طريق سيستم اينترنتي سازمان عنوان كنند و تا ۲۰ مهر نيز به آنها فرصت داده شده است. سازمان سنجش هم طي يك هفته به اعتراضات آنها پاسخ خواهد داد تا اگر با درخواست‌شان موافقت شد بتوانند درسشان را شروع كنند.
- توضيح دانشگاه آزاد
رئيس مركز سنجش و پذيرش دانشگاه آزاد نيز در پاسخ به اعتراض برخي داوطلبان گفت: مقايسه تراز و قبولي در آزمون 2سال مختلف روش درستي نيست و نمي‌توان بر اين اساس به نتيجه آزمون اعتراض كرد.شاهاني درخصوص اعتراض برخي داوطلبان به نتايج كنكور كارشناسي دانشگاه آزاد به ايسنا اينگونه توضيح داد:
« اين اعتراض‌ها درخصوص كسب تراز بالاتر نسبت به سال گذشته و عدم‌قبولي در كنكور درست نيست و نمي‌توان تراز را در سال‌هاي مختلف با هم مقايسه كرد. امسال زيرگروه تجربي خصوصا براي رشته‌هاي پزشكي تراز آخرين نفر پذيرفته شده نسبت به سال‌هاي قبل بالاتر بوده و اين به اين معني است كه داوطلبان بيشتر درس خوانده‌اند. در زيرگروه‌هاي رشته‌هاي رياضي و علوم انساني امسال تفاوت عمده‌اي به‌وجود نيامده است.
به گفته وي، داوطلباني كه به نتيجه آزمون خود اعتراض دارند مي‌توانند از طريق سايت مركز سنجش و پذيرش دانشگاه آزاد به نشاني faq.azmoon.org اعتراض خود را ثبت كنند يا با شماره تلفن 4743تماس بگيرند.