ایسنا نوشت: در نامه علی مطهری خطاب به حجت‌الاسلام منتظری که در اختیار ایسنا قرار گرفته، آمده است:
«با اهدای سلام
در سخنان اخیر خود خطاب به اینجانب گفته‌اید "چطور است که از هر کسی حمایت می‌کنید افراد مساله‌دار و کسانی هستند که وابسته به ضدانقلاب و اپوزیسیون هستند؟"
به عرض می‌رساند افرادی که شما آنها را وابسته به ضدانقلاب و اپوزیسیون می‌دانید به خاطر نوع بینش امثال جنابعالی که همه منتقدان و مخالفان یا براندازند یا فتنه‌گر و یا مرتبط با آمدنیوز مگر آنکه خلاف آن ثابت شود، و برای حفظ نظام نیز از هر وسیله‌ای می‌توان استفاده کرد، این افراد نسبت به افراد عادی مورد ظلم مضاعف واقع می‌شوند و لازم است ما نمایندگان مجلس از آنها حمایت بیشتری داشته باشیم.
گفته‌اید "چرا دروغ می‌گویید؟" عرض می‌کنم اگر جنابعالی از آن برج عاج پایین بیایید و خانواده‌های بازداشت‌شدگان پی در پی به محضر شما شرفیاب شوند و نحوه بازداشت فرزندشان در محل کار یا منزل را توضیح دهند که چگونه آنها را تحقیر کرده و آبرویشان را برده‌اند و یا از رفتار بازجویان و بازداشت‌های طولانی‌مدت انفرادی غیرقانونی و یا از محرومیت آنها از گرفتن وکیل بگویند و اینکه به بهانه امنیتی بودن اتهام صرفاً باید وکیل مورد قبول قوه قضاییه معرفی شود و از آن سو اصلا فهرستی از چنین وکلایی وجود ندارد، آری اگر شما هم در جریان این امر قرار بگیرید متوجه می‌شوید که سخن من دروغ نبوده است.
از لزوم حفظ اقتدار قوه قضاییه گفته‌اید. سخن درستی است ولی اقتدار قوه قضاییه با اصلاح آن حفظ می‌شود نه با کم‌طاقتی در مقابل انتقادها. نگاه خود را نسبت به مقوله حفظ نظام اصلاح کنید. نظام جمهوری اسلامی آنچنان که شما خیال می‌کنید یک نهال لرزانی که با هر بادی این سو و آن سو می‌رود، نیست. بلکه درخت تنومندی است که ریشه در ایمان اسلامی مردم دارد. راه حفظ آن محدود کردن آزادی بیان نیست بلکه آزادی بیان ضامن بقای آن است.
پیشنهاد می‌کنم کتاب آینده انقلاب اسلامی ایران شهید آیت‌الله مطهری را مطالعه بفرمایید. قطعا در اصلاح نگاه جنابعالی و اصلاح امور قوه قضاییه موثر خواهد بود. کتاب را برای شما ارسال خواهم کرد.
با تقدیم احترام
علی مطهری»