اردکانیان دوره ابتدایی را در شهر اصفهان و دوره دبیرستان را در تهران و یزد به اتمام رساند. وی دانش‌آموختهٔ کارشناسی مهندسی عمران از دانشگاه صنعتی شریف (۱۳۶۲)، کارشناسی ارشد مهندسی منابع آب (۱۳۷۲) و دکتری مدیریت منابع آب از دانشگاه مک مستر کانادا (۱۳۷۶) است.
رضا اردکانیان در سال ۹۵، به عنوان هماهنگ‌کننده کارگروه برنامه‌ریزی و سازماندهی دهه جدید بین‌المللی آب (۱۴۰۷- ۱۳۹۷) مصوب مجمع عمومی سازمان ملل متحد انتخاب شد.
پیش از این وی به عنوان مدیر موسس برنامه دهه اول بین‌المللی آب و سرپرست معاونت اروپایی دانشگاه سازمان ملل فعالیت کرده و در سال‌های اخیر استاد تمام منتخب دانشگاه فنی درسدن - آلمان (دانشکده علوم زیست محیطی) بوده است.
در طول سه دهه گذشته اردکانیان مدیر موسس و راه انداز واحدهای مختلفی در سطوح ملی، منطقه‌ای و بین‌المللی بوده و به عنوان مقام ارشد سازمان ملل متحد، نقشی کلیدی در پیاده‌سازی اهداف توسعه پایدار در بخش آب و محیط زیست ایفا کرده است.
پیش از تعهدات بین‌المللی، وی به عنوان قائم مقام وزارت نیرو و نخستین معاون امور آب با دانشنامه دکتری در زمینه مدیریت منابع آب در وزارت نیرو فعالیت کرده است. تدوین و تصویب راهبردهای بلندمدت توسعه منابع آب در این دوره به ثمر رسید.
دکتر اردکانیان عضو هیئت علمی دانشگاه صنعتی شریف است.
وی در مهرماه ۹۶ از سوی دکتر حسن روحانی رئیس‌جمهوری به عنوان وزیر پیشنهادی نیرو دولت دوازدهم به مجلس شورای اسلامی معرفی شد و هفتم آبان ۹۶ با کسب ۲۲۵ رای موافق از مجلس شورای اسلامی به عنوان وزیر نیرو انتخاب شد.