حضرت آیت الله خامنه‌ای رهبر معظم انقلاب اسلامی در پیامی درگذشت همشیره مکرمه آیت‌الله آقای حاج‌شیخ جعفر سبحانی را تسلیت گفتند.
متن پیام رهبر انقلاب اسلامی به این شرح است:
«بسم‌الله‌الرّحمن‌الرّحیم
آیت‌الله آقای حاج‌شیخ جعفر سبحانی دامت‌برکاته
درگذشت همشیره‌ی مکرّمه را به حضرت مستطاب‌عالی و دیگر بازماندگان تسلیت عرض میکنم و دوام صحت و عافیت جنابعالی و رحمت و مغفرت الهی را از خداوند متعال مسألت می‌نمایم.
والسلام‌علیکم و رحمة‌الله
سیّدعلی خامنه‌ای
۶ آبان‌ماه ۹۶ »