روزنامه ایران نوشت: مهم‌ترین اشکالی که به تبصره ماده 26 این قانون وارد می‌شود عبارت دوم آن است که اشاره دارد: «ازدواج چه در زمان حضانت و چه بعد از آن بین سرپرست و فرزندخوانده ممنوع است؛ مگر آنکه دادگاه صالحه پس از اخذ نظر مشورتی بهزیستی این امر را به مصلحت فرزندخوانده تشخیص دهد.» اگرچه عبارت دوم این تبصره تنها برای حل مشکل شرعی توسط فقهای شورای نگهبان به آن افزوده شده و کارکرد اجرایی ندارد ولی این تعارض در متن قانون واکنش‌ها و مخالفت‌های زیادی را به دنبال داشته است.
مدیرکل امور کودکان و نوجوانان سازمان بهزیستی کشور با تأکید بر اینکه با وجود همین متن قانونی نیز به هیچ عنوان امکان ازدواج فرزندخوانده با سرپرست وجود ندارد، می‌گوید: «به هیچ وجه دادگاه صالحه، سازمان بهزیستی اجازه ازدواج فرزند خوانده با سرپرست را نمی‌دهد چرا که این کار به صلاح او نخواهد بود. در هر صورت ما برای اصلاح متن قانون نیز پیگیری‌های لازم را انجام می‌دهیم تا این مشکل برطرف شود.»
محمد نفریه می‌افزاید: «نخستین قانون حمایت از کودکان بی‌سرپرست به سال 53 برمی‌گردد که اصلاحیه آن در سال 83 تدوین و به مجلس ارائه شده است. این لایحه به علت اینکه تنها به ممنوعیت ازدواج فرزندخوانده و سرپرست اشاره می‌کرد 10 سال در مجلس باقی ماند و سرانجام با تغییراتی که شورای نگهبان اعمال کرد در سال 92 تصویب شد.»
او با اشاره به اینکه بخش دوم تبصره 26 تنها برای حل مشکل شرعی توسط شورای نگهبان اضافه شده است، بیان می‌کند: خوشبختانه معاونت محترم زنان و خانواده ریاست‌جمهوری پیگیری‌های لازم برای اصلاح این تبصره را انجام داده و هم‌اکنون نیز اصلاحیه این قانون در کمیسیون توسعه دولت الکترونیکی به تصویب رسیده است.
مدیر کل امور کودکان و نوجوانان بهزیستی با اشاره به اینکه تبصره 26 پس از تأیید نهایی هیأت دولت به زودی به مجلس برای تصویب تقدیم می‌شود، می‌گوید: در صورتی که فقها و حقوقدانان شورای نگهبان دوباره این قانون را رد کنند لایحه به مجمع تشخیص مصلحت نظام ارسال خواهد شد تا از این طریق تصویب شود. او در خصوص جمعیت آماری کودکان تحت نظارت بهزیستی، بیان می‌کند: در حال حاضر 26 هزار کودک تحت نظارت سازمان بهزیستی هستند که 9 هزار و 900 نفر از این تعداد در مراکز نگهداری بهزیستی (شبه‌خانواده ها) و بیش از 16 هزار نفر آنها در خانواده‌های جایگزین نگهداری می‌شوند.
نفریه با اشاره به اینکه در هیچ استانی از کشور تعداد متقاضیان فرزندخواندگی بیشتر از کودکان نیست، می‌گوید: به صورت تقریبی برای هر کودک واجد شرایط در هر استان، هفت‌و نیم نفر متقاضی برای فرزندخواندگی وجود دارد. البته این تعداد در تهران به خاطر جمعیت بالای آن متفاوت است، به طوری که می‌توان گفت در تهران 14 متقاضی برای یک کودک وجود دارد. او در خصوص مشکلات فرزندخواندگی سازمان بهزیستی بیان می‌کند: اغلب متقاضیان خواستار کودکان شیرخوار، زیر 2 سال و دختر هستند که این کار ما را دشوار می‌کند. علت انتخاب جنسیت دختر توسط خانواده‌ها به مسأله محرمیت برمی‌گردد، هرچند ما ساز و کار‌های خاصی برای حل موضوع داریم. مدیرکل امور کودکان و نوجوانان بهزیستی با تأکید بر اینکه آمار تعداد کودکان زیر 3 سال تحت پوشش بهزیستی کمتر از سایر گروه‌های سنی است، می‌گوید: به علت اینکه سن یک تا سه سالگی زمان طلایی برای تربیت کودکان محسوب می‌شود ما تلاش می‌کنیم تا کودکان به جای نگهداری در شبه خانواده‌ها در کانون خانواده تربیت شوند.
نفریه تلاش برای حفظ کانون خانواده و جدا نشدن کودکان از خانواده‌ها را رسالت سازمان بهزیستی می‌داند و بیان می‌کند: تلاش می‌کنیم کودکان بی‌سرپرست توسط خانواده‌های جایگزین و اقوام درجه یک نگهداری شوند. به همین خاطر هرگونه حمایت مالی ای که خانواده‌های جایگزین برای نگهداری فرزندان بی‌سرپرست احتیاج داشتند؛ فراهم کرده‌ایم. او می‌افزاید: به صورت تقریبی نیمی از کودکان تحت نظارت بهزیستی را دختران و نیم دیگر را پسران تشکیل می‌دهند اما در اینجا اختلاف آماری جزئی هم مشاهده می‌شود که براساس آن تعداد پسران چیزی حدود چهاردهم درصد از دختران پیشی گرفته است.
مدیر کل امور کودکان و نوجوانان سازمان بهزیستی کشور، یکی از مشکلات فرزند خواندگی در سازمان بهزیستی را محدود بودن کودکان واجد شرایط می‌داند و می‌گوید: اغلب خانواده‌هایی که برای فرزند خواندگی مراجعه می‌کنند به دنبال کودکان زیر سه سال هستند و سنین بالا متقاضی کمتری دارند. او با اشاره به اینکه تقاضای مردم نسبت به فرزندخواندگی کودکان بیمار یا دچار معلولیت بسیار کم است، بیان می‌کند: ما امیدواریم با توجه به اینکه در قانون جدید به خانواده‌های دارای فرزند، زنان مجرد و مطلقه بالای 30 سال اجازه فرزندخواندگی داده شده تقاضای مردم نسبت به فرزندخواندگی معلولان، بیماران و سایر گروه‌های سنی افزایش یابد.