در دوره اول رياست‌جمهوري ايشان با ارائه طرح احياي درياچه اروميه اين اميد پررنگ‌تر هم شد؛ هنگامي كه تيم اجرايي و برنامه‌هاي اجرايي درياچه اروميه به‌عنوان نخستين و بزرگ‌ترين اولويت محيط‌زيستي كشور تدوين و ارائه شد، نگاهي سطحي‌گرايانه به مباحث احياي درياچه اروميه كم‌كم پديدار شد. عيسي كلانتري كه از سال 67 تا 79 وزير كشاورزي بود و در برهم خوردن تعادل اكولوژيكي درياچه اروميه نقشي اساسي داشت، به‌عنوان دبيركارگروه و مدير اجرايي احياي درياچه اروميه معرفي شد.باد و باران بالاتر از متوسط حوزه شمال غربي كشور نيز بر وفق مراد ايشان وزيد و باريد كه تا حدودي اين بحران فروكش كند.
اين امر زمينه‌اي شد تا وي از بين گزينه‌هاي مطرح ، بر مسند بزرگ‌ترين و مؤثرترين سازمان محيط‌زيستي كشور تكيه زند و كمافي‌السابق نقشي تأثير‌گذار بر محيط‌زيست كشور داشته باشد. اينك پس از گذشت چند ماه از صدارت ايشان بر سازمان محيط‌زيست مي‌توان به روشني دريافت كه نه تنها اقدامات ايشان در احياي درياچه اروميه به‌دليل نداشتن رويكردي كل‌گرايانه و اكوسيستمي دردي از درياچه اروميه را دوا نكرده، بلكه تصميمات خلاف اصول اكولوژيكي ايشان و تيم تصميم‌گيرنده همراه وي تهديدي جدي براي محيط‌زيست كشور و پايداري اكوسيستم‌هاي طبيعي است كه به اختصار به نمونه‌هايي اشاره مي‌شود:
1- عيسي كلانتري پس از انتصاب به رياست سازمان حفاظت محيط‌زيست در نخستين اظهارنظر خود و بي‌توجه به مضرات و تهديداتي كه ناشي از دستكاري ژنتيك محصولات و فرآورده‌هاي كشاورزي مي‌تواند براي سلامت جامعه داشته باشد، اعلام كرد كه اين محصولات نه تنها تهديدي براي سلامت جامعه نيست بلكه مي‌تواند نقش مهمي در حفظ محيط‌زيست نيز داشته باشد. اين درحالي است كه از حدود 20 سال پيش (1996 ميلادي) كه فرآورده‌هاي دستكاري ژنتيك به‌وفور در بازارهاي جهاني يافت شد، تقريبا همه ما به نوعي از اين محصولات در غذاهايي مانند دانه‌هاي سويا، گوشت، محصولات لبني، ذرت، چغندرقند، شكر، پنبه‌دانه و دانه‌هاي روغني كه در ساخت روغن‌ها استفاده مي‌شوند به‌طور مستقيم يا غيرمستقيم مصرف كرده‌ايم. در حقيقت فرآيند تغيير ژنتيك به اين منوال است كه با فرو كردن ژن‌هايي از باكتري‌ها و ويروس‌ها يا ژن‌هايي كه باعث مي‌شود گياهان در مقابل علف‌كش‌هاي خيلي سمي هم زنده بمانند، درون اجزاي ژنتيك يك موجود زنده (گياه يا حيوان)، مقاومت‌شان بسيار بالاتر برود.
هر چند هدف از تغيير كدهاي ژنتيك در حيوانات و گياهان افزايش مقاومت‌شان در برابر آفات و بيماري‌ها و افزايش مثلا هورمون‌هاست كه به‌دنبال آن افزايش توليد را در پي خواهد داشت و در ظاهر قضيه امري ناپسند نيست ولي دانستن اينكه فرآيند تغيير ژنتيك پيچيده است و بر خلاف ظاهر آن‌كه باعث افزايش توليد مي‌شود و كاهش مصرف آفت و علف‌كش‌ها و فرآيند داشت را آسان‌تر مي‌كند ولي در عين حال مضراتي را نيز به همراه دارد. از جمله ايجاد علف‌هاي هرز مقاومي كه به گِلي-فسفادها (علف‌كش‌هاي مرسوم در محصولات تغيير ژنتيك داده شده) مقاوم هستند، ايجاد حشره‌كش‌هاي دروني يا همان سموم باكتريايي (Bacillus thuringiensis) كه باعث ايجاد گره‌هاي مقاوم به باكتري مي‌شوند و توسط جمعيت انساني نيز خورده مي‌شوند و مي‌توانند در بدن ما آثار ناگوار و زيانبار زيادي داشته باشند. توليد گياهاني كه مي‌توانند نظم و چرخه حياتي را تهديد كنند و مهم‌تر از همه اينها مي‌توانند به‌عنوان ابزاري براي بيوتروريسم نيز استفاده شوند. طبيعت طي سال‌هاي متمادي غذاهايي را در اختيار ما قرار داده كه بدن ما نيز با اين شرايط و توليدات طبيعي تطابق يافته است از اين‌رو تغييرات ژنتيك مي‌تواند باعث بر هم خوردن اين تعادل شود كه آثار زيانبار آن از قبيل بروز سرطان‌هاي مختلف كه نشانه‌اي از به هم خوردن اين تعادل و مقاومت بدن در برابر اين تغييرات است، در سال‌هاي اخير نيز به وفور افزايش يافته و مي‌تواند نشانه‌اي از آثار زيانبار اين موضوع باشد.
2- سازمان‌هاي متولي محيط‌زيست كشور از جمله محيط‌زيست و سازمان جنگل‌ها و مراتع به‌عنوان سازمان‌هاي حاكميتي در سال‌هاي اخير به‌شدت از كمبود نيروهاي متخصص و دلسوز رنج برده و در مضيقه بوده‌اند. نبود نيروهاي متخصص و باتجربه در سازمان حفاظت محيط زيست زمينه اخذ تصميمات غيركارشناسي در اين سازمان را فراهمكرده است. نمونه‌هايي از اين تصميمات غيركارشناسي، صدور مجوز انتقال آب از سرشاخه‌هاي كارون نيمه جان به فلات مركزي است؛ رودخانه‌اي كه آورده آبي آن از 27 ميليارد مترمكعب به 9 ميليارد مترمكعب در سال‌هاي اخير تقليل يافته است. اين تصميم بدون پشتوانه كارشناسي، نقش مهمي در به هم خوردن رژيم آبي رودكارون، خشكيدگي تالاب‌هاي خوزستان و افزايش ريزگردهاي جنوب غرب كشور دارد كه منجر به ناگوارتر شدن شرايط زيست در بخش جنوب غربي و بخشي از فلات مركزي كشور مي‌شود در حالي كه وظيفه اصلي سازمان حفاظت محيط‌زيست تأكيد و ترغيب بر مديريت مصرف آب و نه كمك به تأمين تقاضا به هر قيمتي است. صدور مجوز پرورش گونه مهاجم تيلاپيا ، صدور مجوز احداث پتروشيمي در مجاورت ميانكاله به‌عنوان يكي از بي‌نظيرترين اكوسيستم‌هاي خشكي-آبي شمال كشور به بهانه توسعه استان مازندران، موافقت با احداث واحدهاي پتروشيمي «سايت‌عمومي نفت خزر» در رودسر گيلان و همچنين در مجاورت دماوند نمونه‌هاي ديگري از اين تصميمات غيركارشناسي است.
3- رئيس سازمان حفاظت محيط زيست اخيراً گفته است؛ «مسئله آب را نبايد قرباني مسئله‌اي مانند يوزپلنگ كرد.» شكي نيست كه مسئله آب يكي از مهم‌ترين دغدغه‌هاي كشور ماست اما در يك نگاه كل گرايانه انقراض يك گونه‌اي كه در بالاي هرم چرخه طبيعت قرار دارد زنگ خطري جدي براي محيط‌زيست است و مي‌تواند به تغييرات شگرفي در ساختار طبيعت منجر شود. ضمن اينكه اين اظهارات باعث ياس و نااميدي كساني شد كه عمرشان را صرف نهادينه كردن فرهنگ حفاظت از منابع طبيعي و محيط‌زيست كشور كرده‌اند.